More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4037 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4037  lipoprotein signal peptidase  100 
 
 		 165 aa  321  3e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.424488 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4181  lipoprotein signal peptidase  89.09 
 
 		 165 aa  289  1e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.797741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4860  lipoprotein signal peptidase  81.6 
 
 		 164 aa  266  8.999999999999999e-71  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.777227  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3163  lipoprotein signal peptidase  76.69 
 
 		 164 aa  234  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2543  lipoprotein signal peptidase  76.87 
 
 		 165 aa  231  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1394  lipoprotein signal peptidase  80.42 
 
 		 190 aa  202  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.660722  normal  0.96884 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1715  lipoprotein signal peptidase  70.47 
 
 		 165 aa  177  8e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.488769  normal  0.154369 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1007  lipoprotein signal peptidase  53.05 
 
 		 167 aa  157  7e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2281  lipoprotein signal peptidase  50.65 
 
 		 171 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2326  lipoprotein signal peptidase  48.12 
 
 		 171 aa  136  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  0.6435 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0392  lipoprotein signal peptidase  50.65 
 
 		 165 aa  136  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.034269  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2861  lipoprotein signal peptidase  50 
 
 		 171 aa  133  9e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0978018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2603  lipoprotein signal peptidase  47.5 
 
 		 171 aa  133  9e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1799  lipoprotein signal peptidase  48.7 
 
 		 171 aa  127  6e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.408205  normal  0.0603455 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0288  lipoprotein signal peptidase  41.57 
 
 		 184 aa  122  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.869766 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2219  lipoprotein signal peptidase  47.4 
 
 		 165 aa  121  3e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.031599 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0632  lipoprotein signal peptidase  45.7 
 
 		 177 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.263263  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2967  lipoprotein signal peptidase  49.66 
 
 		 160 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0888295  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1410  lipoprotein signal peptidase  44.68 
 
 		 174 aa  109  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0614  lipoprotein signal peptidase  42.13 
 
 		 199 aa  109  2.0000000000000002e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.107984 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3203  lipoprotein signal peptidase  42.24 
 
 		 154 aa  106  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2146  signal peptidase II  41.06 
 
 		 159 aa  104  6e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2206  lipoprotein signal peptidase  50.79 
 
 		 177 aa  98.6  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.252335  normal  0.177631 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2356  lipoprotein signal peptidase  38.1 
 
 		 173 aa  94.7  5e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0383384 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4211  lipoprotein signal peptidase  39.73 
 
 		 174 aa  92.4  3e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4058  lipoprotein signal peptidase  40.24 
 
 		 169 aa  90.1  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.113935  normal  0.943732 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1183  signal peptidase II  35.86 
 
 		 180 aa  89  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0760  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 158 aa  87.8  6e-17  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.473173  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4439  signal peptidase II  38.16 
 
 		 165 aa  87.8  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1780  lipoprotein signal peptidase  38.99 
 
 		 178 aa  87  1e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.316682  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1858  signal peptidase II  37.93 
 
 		 157 aa  85.9  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0769  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  85.5  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63005  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2243  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.551645  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0970  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1121  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0966  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2659  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261426  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2113  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1034  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  84.7  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2555  lipoprotein signal peptidase  34.94 
 
 		 169 aa  84  8e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00974385 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0573  lipoprotein signal peptidase  36.99 
 
 		 166 aa  83.6  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00741417 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5845  lipoprotein signal peptidase  36.81 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0806  lipoprotein signal peptidase  37.67 
 
 		 172 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.699045 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2538  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.544386  hitchhiker  0.00000408677 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1902  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1195  lipoprotein signal peptidase  35.48 
 
 		 176 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0349853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2513  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142589  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0969  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 		 154 aa  82  0.000000000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3045  lipoprotein signal peptidase  39.74 
 
 		 159 aa  82  0.000000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.141498 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3160  lipoprotein signal peptidase  37.67 
 
 		 172 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.366988  normal  0.0125166 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4414  signal peptidase II  41.03 
 
 		 123 aa  82.4  0.000000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.849735  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2717  lipoprotein signal peptidase  34.97 
 
 		 227 aa  82  0.000000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1000  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0782  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  81.6  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000363425 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3217  lipoprotein signal peptidase  37.27 
 
 		 163 aa  81.3  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2431  lipoprotein signal peptidase  38.19 
 
 		 166 aa  80.5  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470208  hitchhiker  0.00000000640597 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0549  lipoprotein signal peptidase  40.58 
 
 		 170 aa  80.5  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.380101  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1292  lipoprotein signal peptidase  36.99 
 
 		 176 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2560  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 166 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4229  lipoprotein signal peptidase  37.67 
 
 		 168 aa  79.3  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.266217  hitchhiker  0.00107188 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2276  lipoprotein signal peptidase  33.55 
 
 		 154 aa  79.7  0.00000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2722  lipoprotein signal peptidase  32.65 
 
 		 182 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.214135  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3783  lipoprotein signal peptidase  35.76 
 
 		 172 aa  79.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.800649  normal  0.222823 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2655  lipoprotein signal peptidase  38.78 
 
 		 160 aa  78.6  0.00000000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2459  lipoprotein signal peptidase  36.36 
 
 		 173 aa  78.2  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.417163  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0925  lipoprotein signal peptidase  36.49 
 
 		 168 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0581  lipoprotein signal peptidase  34.48 
 
 		 171 aa  77.8  0.00000000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0620136  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3270  lipoprotein signal peptidase  32.3 
 
 		 173 aa  77.4  0.00000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3177  lipoprotein signal peptidase  34.93 
 
 		 164 aa  77.4  0.00000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2956  lipoprotein signal peptidase  34.46 
 
 		 170 aa  77.4  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0330316  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3038  lipoprotein signal peptidase  34.46 
 
 		 170 aa  77.4  0.00000000000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0554582  normal  0.30778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3135  lipoprotein signal peptidase  34.46 
 
 		 170 aa  77.4  0.00000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0352  lipoprotein signal peptidase  33.54 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.947194  normal  0.0144306 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0092  lipoprotein signal peptidase  34.23 
 
 		 160 aa  76.6  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.142417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1100  lipoprotein signal peptidase  35.62 
 
 		 170 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.955311  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3531  lipoprotein signal peptidase  33.78 
 
 		 170 aa  75.9  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1084  lipoprotein signal peptidase  36.17 
 
 		 170 aa  76.3  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2565  lipoprotein signal peptidase  37.16 
 
 		 150 aa  76.3  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.958403 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0487  lipoprotein signal peptidase  36.99 
 
 		 178 aa  75.9  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1267  lipoprotein signal peptidase  35.57 
 
 		 170 aa  76.3  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.131578  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2288  lipoprotein signal peptidase  35.62 
 
 		 191 aa  75.5  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.643499 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1126  lipoprotein signal peptidase  38.26 
 
 		 174 aa  75.5  0.0000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0588  lipoprotein signal peptidase  32.47 
 
 		 168 aa  75.5  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0215  lipoprotein signal peptidase  36.97 
 
 		 171 aa  75.1  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0133386  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2338  lipoprotein signal peptidase  34.69 
 
 		 174 aa  75.1  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.18883 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2727  lipoprotein signal peptidase  35.37 
 
 		 174 aa  75.1  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.149763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2746  lipoprotein signal peptidase  35.62 
 
 		 176 aa  74.7  0.0000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3400  lipoprotein signal peptidase  38 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.256213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2736  lipoprotein signal peptidase  38 
 
 		 165 aa  74.7  0.0000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.396586  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4493  lipoprotein signal peptidase  34.57 
 
 		 180 aa  74.3  0.0000000000006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.124328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0509  lipoprotein signal peptidase  34.67 
 
 		 163 aa  74.7  0.0000000000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0789  lipoprotein signal peptidase  38.36 
 
 		 169 aa  74.7  0.0000000000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.56712 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1671  lipoprotein signal peptidase  34.93 
 
 		 165 aa  74.3  0.0000000000006  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3587  lipoprotein signal peptidase  38.36 
 
 		 169 aa  74.7  0.0000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3274  lipoprotein signal peptidase  37.07 
 
 		 171 aa  74.3  0.0000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00894133  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1409  lipoprotein signal peptidase  36.24 
 
 		 170 aa  73.9  0.0000000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2630  peptidase A8, signal peptidase II  33.33 
 
 		 166 aa  73.9  0.0000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1257  lipoprotein signal peptidase  32.62 
 
 		 160 aa  73.9  0.0000000000009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3451  lipoprotein signal peptidase  35.37 
 
 		 169 aa  73.2  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10093  normal  0.187541 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3952  lipoprotein signal peptidase  35.62 
 
 		 157 aa  72.4  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.386002  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>