More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0092 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0092  lipoprotein signal peptidase  100 
 
 		 160 aa  313  6e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.142417  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0359  lipoprotein signal peptidase  56.49 
 
 		 158 aa  174  4e-43  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4043  signal peptidase II  49.02 
 
 		 157 aa  152  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2929  lipoprotein signal peptidase  58.62 
 
 		 186 aa  141  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0877107  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2717  lipoprotein signal peptidase  52.29 
 
 		 227 aa  140  9e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1099  lipoprotein signal peptidase  57.96 
 
 		 185 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2762  lipoprotein signal peptidase  57.32 
 
 		 185 aa  137  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2281  lipoprotein signal peptidase  43.23 
 
 		 171 aa  115  3e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2603  lipoprotein signal peptidase  45.19 
 
 		 171 aa  106  1e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2326  lipoprotein signal peptidase  45.19 
 
 		 171 aa  105  2e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  0.6435 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1799  lipoprotein signal peptidase  48.15 
 
 		 171 aa  100  8e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.408205  normal  0.0603455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03029  lipoprotein signal peptidase  34.19 
 
 		 182 aa  94.4  6e-19  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.810128  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0549  lipoprotein signal peptidase  38.96 
 
 		 170 aa  93.6  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.380101  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1183  signal peptidase II  35.57 
 
 		 180 aa  92.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0581  lipoprotein signal peptidase  35.48 
 
 		 171 aa  90.1  1e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0620136  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2967  lipoprotein signal peptidase  40.38 
 
 		 160 aa  89.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0888295  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2356  lipoprotein signal peptidase  36.76 
 
 		 173 aa  89.4  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0383384 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2722  lipoprotein signal peptidase  36.13 
 
 		 182 aa  88.6  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.214135  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0925  lipoprotein signal peptidase  32.03 
 
 		 168 aa  88.2  4e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4181  lipoprotein signal peptidase  36.54 
 
 		 165 aa  87.8  5e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.797741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0215  lipoprotein signal peptidase  36.42 
 
 		 171 aa  87.8  6e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0133386  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0392  lipoprotein signal peptidase  38.41 
 
 		 165 aa  87.4  7e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.034269  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4860  lipoprotein signal peptidase  35.9 
 
 		 164 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.777227  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3270  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 		 173 aa  84.7  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2276  lipoprotein signal peptidase  34.39 
 
 		 154 aa  84.7  4e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1007  lipoprotein signal peptidase  39.04 
 
 		 167 aa  84.3  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2219  lipoprotein signal peptidase  42.76 
 
 		 165 aa  84  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.031599 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2243  lipoprotein signal peptidase  36.77 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.551645  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1121  lipoprotein signal peptidase  36.77 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2659  lipoprotein signal peptidase  36.77 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261426  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2113  lipoprotein signal peptidase  36.77 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0970  lipoprotein signal peptidase  36.77 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4037  lipoprotein signal peptidase  35.03 
 
 		 165 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.424488 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3177  lipoprotein signal peptidase  33.1 
 
 		 164 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1034  lipoprotein signal peptidase  36.77 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2861  lipoprotein signal peptidase  39.44 
 
 		 171 aa  83.6  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0978018 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0966  lipoprotein signal peptidase  36.77 
 
 		 166 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0769  lipoprotein signal peptidase  36.77 
 
 		 166 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63005  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3400  lipoprotein signal peptidase  38.62 
 
 		 165 aa  82.8  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.256213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2736  lipoprotein signal peptidase  38.62 
 
 		 165 aa  82.4  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.396586  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2956  lipoprotein signal peptidase  29.68 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0330316  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3038  lipoprotein signal peptidase  29.68 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0554582  normal  0.30778 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3135  lipoprotein signal peptidase  29.68 
 
 		 170 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1431  lipoprotein signal peptidase  37.5 
 
 		 169 aa  82  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3531  lipoprotein signal peptidase  31.25 
 
 		 170 aa  81.6  0.000000000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0969  lipoprotein signal peptidase  33.11 
 
 		 154 aa  81.6  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00981  lipoprotein signal peptidase  34.84 
 
 		 168 aa  81.6  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1122  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1055  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3234  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 		 171 aa  81.3  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1000  lipoprotein signal peptidase  32.45 
 
 		 154 aa  80.9  0.000000000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3047  signal peptidase II  35.62 
 
 		 164 aa  80.1  0.00000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1157  lipoprotein signal peptidase  32.64 
 
 		 171 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.355443 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1084  lipoprotein signal peptidase  32.41 
 
 		 170 aa  80.1  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0050  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 166 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.612919  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0472  lipoprotein signal peptidase  39.47 
 
 		 186 aa  79.7  0.00000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0051  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 166 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004418  lipoprotein signal peptidase  33.55 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3274  lipoprotein signal peptidase  37.19 
 
 		 171 aa  79  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00894133  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0051  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 166 aa  79.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.322975 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1234  lipoprotein signal peptidase  35.22 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3217  lipoprotein signal peptidase  33.79 
 
 		 163 aa  79.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1060  lipoprotein signal peptidase  29.68 
 
 		 171 aa  79  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.189146  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1100  lipoprotein signal peptidase  32.26 
 
 		 170 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.955311  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2889  lipoprotein signal peptidase  31.76 
 
 		 170 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0332011  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3203  lipoprotein signal peptidase  40.13 
 
 		 154 aa  79.3  0.00000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0632  lipoprotein signal peptidase  39.58 
 
 		 177 aa  79.3  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.263263  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0052  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 166 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.876995  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0051  lipoprotein signal peptidase  40 
 
 		 166 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0475146 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4058  lipoprotein signal peptidase  36.08 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.113935  normal  0.943732 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2110  lipoprotein signal peptidase  35.06 
 
 		 167 aa  78.6  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.670579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1292  lipoprotein signal peptidase  32.41 
 
 		 176 aa  79  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0699  lipoprotein signal peptidase  39.47 
 
 		 169 aa  79  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390058  normal  0.0603607 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3451  lipoprotein signal peptidase  35.17 
 
 		 169 aa  78.2  0.00000000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.10093  normal  0.187541 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2746  lipoprotein signal peptidase  35.06 
 
 		 176 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2727  lipoprotein signal peptidase  35.33 
 
 		 174 aa  77.8  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.149763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0457  lipoprotein signal peptidase  38.6 
 
 		 186 aa  77.8  0.00000000000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1195  lipoprotein signal peptidase  31.41 
 
 		 176 aa  77.8  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0349853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3783  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 		 172 aa  77.8  0.00000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.800649  normal  0.222823 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1835  lipoprotein signal peptidase  34.35 
 
 		 157 aa  77.4  0.00000000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.672257  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0789  lipoprotein signal peptidase  35.86 
 
 		 169 aa  77.4  0.00000000000007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.56712 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3587  lipoprotein signal peptidase  35.86 
 
 		 169 aa  77.4  0.00000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2338  lipoprotein signal peptidase  34.67 
 
 		 174 aa  77.4  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.18883 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2459  lipoprotein signal peptidase  34.9 
 
 		 173 aa  77  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.417163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1893  lipoprotein signal peptidase  29.11 
 
 		 202 aa  76.6  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3652  lipoprotein signal peptidase  37.09 
 
 		 170 aa  77  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2555  lipoprotein signal peptidase  34.93 
 
 		 169 aa  76.6  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00974385 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2146  signal peptidase II  33.78 
 
 		 159 aa  76.3  0.0000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.137647  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00031  signal peptidase II  38.76 
 
 		 164 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00165346  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3572  lipoprotein signal peptidase  39.53 
 
 		 164 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.262738  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0031  lipoprotein signal peptidase  39.53 
 
 		 164 aa  75.9  0.0000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.112205  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0352  lipoprotein signal peptidase  37.86 
 
 		 162 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.947194  normal  0.0144306 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3258  signal peptidase II  37.11 
 
 		 171 aa  75.9  0.0000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.802617  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3459  lipoprotein signal peptidase  35.17 
 
 		 169 aa  76.3  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0475821  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0482  lipoprotein signal peptidase  38.74 
 
 		 181 aa  75.9  0.0000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0029  lipoprotein signal peptidase  38.76 
 
 		 164 aa  75.9  0.0000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0223845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3845  lipoprotein signal peptidase  37.09 
 
 		 170 aa  75.9  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00030  hypothetical protein  38.76 
 
 		 164 aa  76.3  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.0011292  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0588  lipoprotein signal peptidase  32.67 
 
 		 168 aa  75.5  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.510976  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3614  lipoprotein signal peptidase  44.29 
 
 		 157 aa  75.5  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.463393  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>