More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0359 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_0359  lipoprotein signal peptidase  100 
 
 
158 aa  311  1.9999999999999998e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2717  lipoprotein signal peptidase  56.58 
 
 
227 aa  169  2e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0092  lipoprotein signal peptidase  57.34 
 
 
160 aa  166  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.142417  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1099  lipoprotein signal peptidase  56.33 
 
 
185 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2762  lipoprotein signal peptidase  56.33 
 
 
185 aa  159  1e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.145338  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2929  lipoprotein signal peptidase  57.52 
 
 
186 aa  157  4e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0877107  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4043  signal peptidase II  53.69 
 
 
157 aa  157  6e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2281  lipoprotein signal peptidase  37.84 
 
 
171 aa  89  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.479979 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2326  lipoprotein signal peptidase  41.48 
 
 
171 aa  88.6  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.231394  normal  0.6435 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2603  lipoprotein signal peptidase  40.74 
 
 
171 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3203  lipoprotein signal peptidase  43.36 
 
 
154 aa  83.6  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0632  lipoprotein signal peptidase  42.18 
 
 
177 aa  82  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.263263  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2967  lipoprotein signal peptidase  38.93 
 
 
160 aa  81.3  0.000000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0888295  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0392  lipoprotein signal peptidase  37.75 
 
 
165 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.034269  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11790  lipoprotein signal peptidase  33.8 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0614  lipoprotein signal peptidase  32.76 
 
 
199 aa  78.6  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.107984 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3177  lipoprotein signal peptidase  37.25 
 
 
164 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3258  signal peptidase II  38.46 
 
 
171 aa  77.4  0.00000000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.802617  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2722  lipoprotein signal peptidase  33.56 
 
 
182 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.214135  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2889  lipoprotein signal peptidase  31.58 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0332011  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2219  lipoprotein signal peptidase  38.96 
 
 
165 aa  75.9  0.0000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.031599 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1799  lipoprotein signal peptidase  42.02 
 
 
171 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.408205  normal  0.0603455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03029  lipoprotein signal peptidase  32.7 
 
 
182 aa  76.3  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.810128  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60360  lipoprotein signal peptidase  32.21 
 
 
169 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000409977 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2356  lipoprotein signal peptidase  34.18 
 
 
173 aa  75.5  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0383384 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2243  lipoprotein signal peptidase  34.29 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.551645  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1121  lipoprotein signal peptidase  34.29 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.458352  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2113  lipoprotein signal peptidase  34.29 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0970  lipoprotein signal peptidase  34.29 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0966  lipoprotein signal peptidase  34.29 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2659  lipoprotein signal peptidase  34.29 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.261426  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1034  lipoprotein signal peptidase  34.29 
 
 
166 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5199  lipoprotein signal peptidase  31.54 
 
 
169 aa  74.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.864833  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2206  lipoprotein signal peptidase  36.13 
 
 
177 aa  74.3  0.0000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.252335  normal  0.177631 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3045  lipoprotein signal peptidase  34.93 
 
 
159 aa  74.3  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.141498 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0769  lipoprotein signal peptidase  34.29 
 
 
166 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.63005  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3783  lipoprotein signal peptidase  38.03 
 
 
172 aa  73.9  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.800649  normal  0.222823 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3531  lipoprotein signal peptidase  28.57 
 
 
170 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1007  lipoprotein signal peptidase  34 
 
 
167 aa  73.2  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0782  lipoprotein signal peptidase  34.29 
 
 
166 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000363425 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2431  lipoprotein signal peptidase  35 
 
 
166 aa  73.6  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.470208  hitchhiker  0.00000000640597 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2956  lipoprotein signal peptidase  29.22 
 
 
170 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0330316  normal  0.232232 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3038  lipoprotein signal peptidase  29.22 
 
 
170 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0554582  normal  0.30778 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2560  lipoprotein signal peptidase  35 
 
 
166 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3135  lipoprotein signal peptidase  29.22 
 
 
170 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1459  lipoprotein signal peptidase  37.16 
 
 
163 aa  72.8  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.419525 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1835  lipoprotein signal peptidase  37.09 
 
 
157 aa  71.6  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.672257  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0925  lipoprotein signal peptidase  32.89 
 
 
168 aa  72  0.000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4058  lipoprotein signal peptidase  34.21 
 
 
169 aa  72.4  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.113935  normal  0.943732 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1100  lipoprotein signal peptidase  32.45 
 
 
170 aa  72.4  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.955311  normal  0.240164 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1902  lipoprotein signal peptidase  36.09 
 
 
166 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2538  lipoprotein signal peptidase  36.09 
 
 
166 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.544386  hitchhiker  0.00000408677 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2513  lipoprotein signal peptidase  36.09 
 
 
166 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.142589  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2276  lipoprotein signal peptidase  33.77 
 
 
154 aa  71.6  0.000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0581  lipoprotein signal peptidase  32.89 
 
 
171 aa  71.6  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0620136  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1122  lipoprotein signal peptidase  30.32 
 
 
171 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3234  lipoprotein signal peptidase  30.32 
 
 
171 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1055  lipoprotein signal peptidase  30.32 
 
 
171 aa  71.2  0.000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0482  lipoprotein signal peptidase  33.6 
 
 
181 aa  71.2  0.000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4558  lipoprotein signal peptidase  33.56 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.21418  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4851  lipoprotein signal peptidase  32.64 
 
 
170 aa  70.9  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.589527 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1060  lipoprotein signal peptidase  29.03 
 
 
171 aa  70.9  0.000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.189146  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3047  signal peptidase II  33.1 
 
 
164 aa  70.5  0.000000000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.242579  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1893  lipoprotein signal peptidase  29.71 
 
 
202 aa  70.1  0.00000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4860  lipoprotein signal peptidase  30.82 
 
 
164 aa  70.1  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.777227  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1157  lipoprotein signal peptidase  29.68 
 
 
171 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.355443 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1741  lipoprotein signal peptidase  33.77 
 
 
162 aa  70.1  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3217  lipoprotein signal peptidase  34.44 
 
 
163 aa  70.1  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5845  lipoprotein signal peptidase  32.86 
 
 
166 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.469794  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3270  lipoprotein signal peptidase  30.87 
 
 
173 aa  69.3  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3163  lipoprotein signal peptidase  37.59 
 
 
164 aa  69.7  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_05536  lipoprotein signal peptidase  32.65 
 
 
166 aa  68.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.192233  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2338  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 
174 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.18883 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1126  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 
174 aa  68.9  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2364  lipoprotein signal peptidase  34.31 
 
 
158 aa  68.6  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1084  lipoprotein signal peptidase  33.99 
 
 
170 aa  68.6  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4181  lipoprotein signal peptidase  30.5 
 
 
165 aa  68.2  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.797741  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2727  lipoprotein signal peptidase  32.62 
 
 
174 aa  67.8  0.00000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.149763  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2861  lipoprotein signal peptidase  34.38 
 
 
171 aa  68.2  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0978018 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0549  lipoprotein signal peptidase  34.23 
 
 
170 aa  67.8  0.00000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.380101  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0288  lipoprotein signal peptidase  35.37 
 
 
184 aa  68.2  0.00000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.869766 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09320  lipoprotein signal peptidase  27.7 
 
 
145 aa  67.8  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00061275  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3614  lipoprotein signal peptidase  35.66 
 
 
157 aa  67.8  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.463393  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3952  lipoprotein signal peptidase  35.66 
 
 
157 aa  67.8  0.00000000006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.386002  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0853  signal peptidase II  32.33 
 
 
155 aa  67.8  0.00000000006  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1040  lipoprotein signal peptidase  31.37 
 
 
155 aa  67.4  0.00000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000244755  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1292  lipoprotein signal peptidase  33.82 
 
 
176 aa  67.4  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.107992 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0573  lipoprotein signal peptidase  33.33 
 
 
166 aa  67  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00741417 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0482  lipoprotein signal peptidase  32.73 
 
 
167 aa  67  0.00000000009  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0386  lipoprotein signal peptidase  33.76 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  decreased coverage  0.000832352  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1410  lipoprotein signal peptidase  35.44 
 
 
174 aa  67  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1780  lipoprotein signal peptidase  34.07 
 
 
178 aa  66.6  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.316682  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0185  lipoprotein signal peptidase  33.58 
 
 
165 aa  66.6  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2254  signal peptidase II  32.03 
 
 
158 aa  65.9  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0126401  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3587  lipoprotein signal peptidase  33.55 
 
 
169 aa  65.9  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0457  lipoprotein signal peptidase  31.65 
 
 
186 aa  66.2  0.0000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2746  lipoprotein signal peptidase  33.56 
 
 
176 aa  65.9  0.0000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0472  lipoprotein signal peptidase  32.03 
 
 
186 aa  65.9  0.0000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4037  lipoprotein signal peptidase  32.72 
 
 
165 aa  66.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.424488 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0645  lipoprotein signal peptidase  32.65 
 
 
171 aa  66.2  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.11552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>