99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3635 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3635  hypothetical protein  100 
 
 		 241 aa  496  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3808  protein of unknown function DUF159  75.52 
 
 		 246 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1134  protein of unknown function DUF159  75 
 
 		 241 aa  373  1e-102  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3432  hypothetical protein  72.5 
 
 		 244 aa  362  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.712178 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3320  hypothetical protein  72.38 
 
 		 244 aa  357  8e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.541454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0544  protein of unknown function DUF159  63.14 
 
 		 215 aa  297  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3876  protein of unknown function DUF159  57.5 
 
 		 217 aa  268  8e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.837785  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3586  hypothetical protein  56.67 
 
 		 217 aa  263  3e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3740  hypothetical protein  53.69 
 
 		 222 aa  252  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3995  hypothetical protein  53.23 
 
 		 226 aa  244  6e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0238  hypothetical protein  50.65 
 
 		 210 aa  236  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0010  hypothetical protein  50.59 
 
 		 230 aa  231  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5204  hypothetical protein  44.79 
 
 		 257 aa  223  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.649792  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3340  hypothetical protein  48.99 
 
 		 220 aa  217  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.417582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3296  hypothetical protein  50.64 
 
 		 244 aa  214  9e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.543717  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0811  hypothetical protein  46.22 
 
 		 229 aa  211  5.999999999999999e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.782351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3882  hypothetical protein  46.37 
 
 		 222 aa  209  2e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0171442 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0573  hypothetical protein  46.06 
 
 		 214 aa  202  3e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.100685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4176  protein of unknown function DUF159  46.09 
 
 		 219 aa  202  3e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.829162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3144  hypothetical protein  42.39 
 
 		 256 aa  200  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6423  protein of unknown function DUF159  45.23 
 
 		 215 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5645  protein of unknown function DUF159  45.27 
 
 		 215 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3770  hypothetical protein  70.23 
 
 		 151 aa  186  3e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4793  hypothetical protein  44.44 
 
 		 208 aa  155  8e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7622  protein of unknown function DUF159  46.75 
 
 		 232 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3283  hypothetical protein  36.64 
 
 		 208 aa  122  7e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.232935  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4144  hypothetical protein  35.6 
 
 		 223 aa  112  5e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0352175  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1849  hypothetical protein  34.13 
 
 		 219 aa  110  3e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0018  hypothetical protein  65.67 
 
 		 74 aa  93.2  4e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.185366 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3492  hypothetical protein  56.92 
 
 		 177 aa  69.7  0.00000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.205751 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2524  hypothetical protein  25.97 
 
 		 216 aa  65.5  0.0000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4810  hypothetical protein  79.49 
 
 		 98 aa  65.5  0.0000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4684  protein of unknown function DUF159  26.27 
 
 		 243 aa  59.3  0.00000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.945433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1998  hypothetical protein  61.36 
 
 		 77 aa  59.3  0.00000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1737  hypothetical protein  26.34 
 
 		 222 aa  59.3  0.00000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4315  hypothetical protein  26.69 
 
 		 255 aa  58.2  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.182894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0189  hypothetical protein  24.77 
 
 		 238 aa  57.4  0.0000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4099  hypothetical protein  29.77 
 
 		 222 aa  57.8  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1302  hypothetical protein  30.53 
 
 		 222 aa  57.4  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24308  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1864  hypothetical protein  26.87 
 
 		 232 aa  56.6  0.0000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00030061 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4832  protein of unknown function DUF159  25.62 
 
 		 254 aa  56.2  0.0000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.350202 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13240  hypothetical protein  24.03 
 
 		 197 aa  55.1  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00426355  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0489  hypothetical protein  25.52 
 
 		 222 aa  54.7  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0838  hypothetical protein  52.08 
 
 		 129 aa  54.3  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0318  protein of unknown function DUF159  30.34 
 
 		 210 aa  54.3  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.527161  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2559  protein of unknown function DUF159  27.88 
 
 		 221 aa  53.5  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0985  hypothetical protein  35.56 
 
 		 227 aa  53.5  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2685  hypothetical protein  26.72 
 
 		 221 aa  52.8  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.378433  hitchhiker  0.0016423 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2013  protein of unknown function DUF159  24.87 
 
 		 206 aa  52.4  0.000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1971  protein of unknown function DUF159  24.49 
 
 		 233 aa  52  0.000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.442457 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2375  hypothetical protein  24.76 
 
 		 241 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.22179  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2836  protein of unknown function DUF159  24.36 
 
 		 243 aa  51.6  0.00001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.195669  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2756  hypothetical protein  25.91 
 
 		 346 aa  51.6  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1305  hypothetical protein  23.67 
 
 		 217 aa  51.2  0.00002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1994  hypothetical protein  23.44 
 
 		 224 aa  51.2  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3892  hypothetical protein  24.44 
 
 		 233 aa  50.8  0.00002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3538  hypothetical protein  26.87 
 
 		 236 aa  50.1  0.00003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2284  hypothetical protein  23.58 
 
 		 196 aa  50.1  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.33945 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2616  protein of unknown function DUF159  28.9 
 
 		 220 aa  49.3  0.00005  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.163016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1130  hypothetical protein  25.84 
 
 		 259 aa  49.3  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0207355  normal  0.486659 
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2360  protein of unknown function DUF159  27.82 
 
 		 222 aa  47.8  0.0001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.680503  hitchhiker  0.0000951308 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2394  protein of unknown function DUF159  26.54 
 
 		 221 aa  48.5  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.19161e-31 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0767  hypothetical protein  26.63 
 
 		 244 aa  48.1  0.0001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.573199 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3372  hypothetical protein  28.57 
 
 		 224 aa  47.8  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1339  protein of unknown function DUF159  33.62 
 
 		 234 aa  47.4  0.0002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.455204  normal  0.858262 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0601  protein of unknown function DUF159  24.56 
 
 		 234 aa  47  0.0003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0208739  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0284  protein of unknown function DUF159  33.33 
 
 		 243 aa  46.6  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.69379  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7577  hypothetical protein  27.51 
 
 		 320 aa  46.2  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.478095 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3873  hypothetical protein  25.9 
 
 		 232 aa  45.8  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5153  protein of unknown function DUF159  24.7 
 
 		 196 aa  46.2  0.0005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.631725 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1328  protein of unknown function DUF159  24.64 
 
 		 224 aa  45.8  0.0006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2698  hypothetical protein  23.23 
 
 		 255 aa  45.8  0.0006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.107504  normal  0.966546 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1866  hypothetical protein  33.33 
 
 		 222 aa  45.8  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0971626  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1019  protein of unknown function DUF159  26.24 
 
 		 254 aa  45.4  0.0007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.100486  normal  0.338541 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1245  hypothetical protein  25.12 
 
 		 259 aa  45.4  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5191  hypothetical protein  25.69 
 
 		 239 aa  45.4  0.0009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.786619  normal  0.272593 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2783  protein of unknown function DUF159  30.58 
 
 		 197 aa  45.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1263  protein of unknown function DUF159  24.35 
 
 		 257 aa  44.7  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.805714  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2224  hypothetical protein  25.21 
 
 		 224 aa  45.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.542983 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3101  protein of unknown function DUF159  31.97 
 
 		 197 aa  45.1  0.001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2471  hypothetical protein  25.75 
 
 		 252 aa  44.3  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00656423 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3953  hypothetical protein  23.85 
 
 		 201 aa  43.9  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4098  hypothetical protein  21.9 
 
 		 239 aa  44.3  0.002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00942019 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1701  gp33  29.38 
 
 		 233 aa  43.9  0.003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.773392  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3891  hypothetical protein  24.06 
 
 		 235 aa  43.9  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.356516  normal  0.457869 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4011  hypothetical protein  23.62 
 
 		 254 aa  43.9  0.003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0924  hypothetical protein  22.54 
 
 		 218 aa  43.1  0.003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.562637 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0964  hypothetical protein  32.26 
 
 		 246 aa  43.1  0.004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1929  gp33  25.99 
 
 		 189 aa  43.1  0.004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.262341  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4539  protein of unknown function DUF159  26.8 
 
 		 310 aa  42.7  0.005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1384  protein of unknown function DUF159  24.88 
 
 		 234 aa  42.4  0.006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.243083  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1171  protein of unknown function DUF159  24.43 
 
 		 254 aa  42.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1054  hypothetical protein  29.5 
 
 		 231 aa  42.4  0.007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0049  hypothetical protein  24.04 
 
 		 232 aa  42.4  0.007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.435898  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1531  hypothetical protein  24.75 
 
 		 225 aa  42.4  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0209  hypothetical protein  24.9 
 
 		 238 aa  42  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.579459 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3812  hypothetical protein  31.67 
 
 		 199 aa  42  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.364494  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5255  hypothetical protein  22.86 
 
 		 196 aa  41.6  0.01  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.601003 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3273  protein of unknown function DUF159  24.6 
 
 		 248 aa  42  0.01  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.219423 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>