More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2122 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_3813  AAA ATPase central domain protein  70.88 
 
 		 674 aa  924    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2122  ATPase  100 
 
 		 673 aa  1338    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.317051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2272  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  99.85 
 
 		 673 aa  1336    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1979  AAA ATPase, central region  45.15 
 
 		 497 aa  295  1e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3063  ATPase  43.29 
 
 		 528 aa  199  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.454376  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1150  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  45.12 
 
 		 523 aa  188  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.428182  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3781  ATPase  42.05 
 
 		 538 aa  185  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1511  ATPase associated with various cellular activities AAA_5  48.4 
 
 		 225 aa  178  4e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2591  AAA ATPase central domain protein  41.86 
 
 		 601 aa  160  7e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3366  ATPase central domain-containing protein  35.52 
 
 		 491 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.869152  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0188  AAA ATPase central domain protein  37.22 
 
 		 535 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5305  ATP-dependent Lon protease-like protein  33.94 
 
 		 551 aa  122  3e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2657  ATP-dependent Lon protease-like protein  37.67 
 
 		 552 aa  107  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4218  HipA domain-containing protein  38.06 
 
 		 407 aa  95.5  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.234705  normal  0.0892557 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3951  AAA ATPase, central region  31.02 
 
 		 326 aa  92  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.640542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3667  ATPase central domain-containing protein  31.37 
 
 		 336 aa  90.9  8e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.945095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4327  AAA ATPase, central region  30.04 
 
 		 439 aa  89.7  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3241  ATP-dependent protease La  32.62 
 
 		 800 aa  89  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1019  ATP-dependent protease La  32.62 
 
 		 800 aa  89  3e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000720396  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5273  ATP-dependent protease La  39.86 
 
 		 805 aa  88.2  4e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18202  predicted protein  29.81 
 
 		 882 aa  88.6  4e-16  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.71122  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3216  ATPase central domain-containing protein  33.85 
 
 		 366 aa  88.2  4e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2926  AAA ATPase central domain protein  32.92 
 
 		 406 aa  87.8  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1690  AAA ATPase central domain protein  32.92 
 
 		 406 aa  87.8  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006686  CND03860  conserved hypothetical protein  34.53 
 
 		 1309 aa  87  9e-16  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.715002  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0591  La-like protease  33.69 
 
 		 814 aa  87  9e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000132222  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4210  ATP-dependent protease La  38.3 
 
 		 805 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3944  peptidase S16, ATP-dependent protease La  38.3 
 
 		 805 aa  86.3  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.036812 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6396  AAA ATPase, central region  30.32 
 
 		 326 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1557  ATPase central domain-containing protein  30.87 
 
 		 335 aa  85.5  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00134082 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2665  PIM1 peptidase  36.43 
 
 		 815 aa  85.1  0.000000000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.180346  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2435  AAA ATPase, central region  30 
 
 		 336 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1373  ATP-dependent Lon protease  36.05 
 
 		 433 aa  84.7  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1223  ATP-dependent protease La  36.88 
 
 		 798 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00879429 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1080  ATP-dependent protease La  36.88 
 
 		 808 aa  84.3  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3049  ATPase central domain-containing protein  30 
 
 		 326 aa  84.3  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4362  ATP-dependent protease La  36.88 
 
 		 805 aa  84.3  0.000000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.304845  normal  0.0378199 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1443  ATP-dependent protease La  36.88 
 
 		 805 aa  84  0.000000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.638027 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3068  ATPase central domain-containing protein  30 
 
 		 326 aa  84  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.39587 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4278  ATP-dependent protease La  36.88 
 
 		 805 aa  84  0.000000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5926  ATP-dependent protease La  36.6 
 
 		 803 aa  84  0.000000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_00122  mitochondrial ATP-dependent protease (Eurofung)  29.44 
 
 		 932 aa  83.2  0.00000000000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0111325  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2960  ATPase central domain-containing protein  30 
 
 		 326 aa  83.6  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.788064 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1548  ATP-dependent protease La  35.25 
 
 		 853 aa  83.2  0.00000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.984629  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3432  ATPase central domain-containing protein  31.67 
 
 		 337 aa  83.6  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00158843 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1892  ATP-dependent protease La  33.33 
 
 		 793 aa  82.8  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0163436  hitchhiker  0.00257453 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13920  ATP-dependent protease La  36.88 
 
 		 800 aa  83.2  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.235434  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4579  PIM1 peptidase  36.17 
 
 		 807 aa  82.4  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2444  Lon-A peptidase  35.21 
 
 		 809 aa  82.4  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.431002  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4740  putative ATP-dependent protease  36.88 
 
 		 799 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.337635  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3094  ATPase central domain-containing protein  29.22 
 
 		 326 aa  82.8  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54210  putative ATP-dependent protease  36.88 
 
 		 799 aa  82.8  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.38684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3332  ATP-dependent protease La  35 
 
 		 816 aa  82.8  0.00000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf627  heat shock ATP-dependent protease  29 
 
 		 835 aa  82.4  0.00000000000003  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  0.987281  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0623  Lon family protease  26.42 
 
 		 819 aa  82  0.00000000000004  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.209795  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1621  ATP-dependent protease La  33.15 
 
 		 815 aa  81.6  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1493  ATP-dependent protease La  31.22 
 
 		 797 aa  81.3  0.00000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0872  ATP-dependent protease La  32.17 
 
 		 788 aa  81.3  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0997  ATP-dependent protease La  32.17 
 
 		 788 aa  81.3  0.00000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000039605 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3140  putative ATPase  30.87 
 
 		 336 aa  80.9  0.00000000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000223512 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0516  ATP-dependent protease La  30.1 
 
 		 779 aa  80.5  0.00000000000009  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1790  ATP-dependent protease La  34.27 
 
 		 807 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4127  ATP dependent lon ATPase  33.77 
 
 		 393 aa  80.5  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1982  ATP-dependent protease La  34.04 
 
 		 796 aa  80.5  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2153  ATP-dependent protease La  34.93 
 
 		 813 aa  80.1  0.0000000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.582641  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2513  AAA ATPase central domain protein  31.29 
 
 		 405 aa  80.1  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.712281 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5873  ATP-dependent protease La  34.97 
 
 		 785 aa  79.7  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0104  ATPase central domain-containing protein  29.53 
 
 		 325 aa  79.7  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4335  putative ATP-dependent protease La  29.53 
 
 		 325 aa  79.3  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1866  ATP-dependent protease La  32.45 
 
 		 856 aa  79.3  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1535  ATP-dependent protease La  33.81 
 
 		 825 aa  79  0.0000000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7794  DNA-binding ATP-dependent protease La  34.97 
 
 		 786 aa  79  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0810999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0379  ATP-dependent protease La  34.27 
 
 		 809 aa  79  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00242685  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1572  AAA ATPase central domain protein  31.06 
 
 		 396 aa  78.6  0.0000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0053  ATP-dependent protease La  33.57 
 
 		 804 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000930171  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2110  ATP-dependent protease La  32.53 
 
 		 793 aa  78.6  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3439  ATP-dependent protease La  35.66 
 
 		 836 aa  78.6  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.105513 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1429  ATP-dependent protease La  34.97 
 
 		 825 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.067641  normal  0.0902926 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41620  predicted protein  31.06 
 
 		 936 aa  78.2  0.0000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_52138  predicted protein  31.06 
 
 		 936 aa  78.2  0.0000000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1605  ATP-dependent protease La  35.66 
 
 		 835 aa  78.2  0.0000000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.269536  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4970  AAA ATPase central domain protein  29.53 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0954175  normal  0.395306 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0534  PIM1 peptidase  33.57 
 
 		 809 aa  78.6  0.0000000000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3988  ATP-dependent protease La  34.72 
 
 		 769 aa  78.6  0.0000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.180349  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1106  ATP-dependent protease La  34.27 
 
 		 812 aa  78.2  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.521594  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2299  ATP-dependent protease La  35.66 
 
 		 778 aa  78.2  0.0000000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0027  ATP-dependent protease La  33.09 
 
 		 780 aa  78.2  0.0000000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5659  ATP-dependent protease La  34.27 
 
 		 854 aa  78.2  0.0000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.361913 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2204  ATP-dependent protease La  34.27 
 
 		 812 aa  78.2  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1099  ATP-dependent protease La  35.42 
 
 		 817 aa  78.2  0.0000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000182753  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0599  ATP-dependent protease La  35.42 
 
 		 804 aa  78.2  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.737999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1065  ATP-dependent protease La  34.27 
 
 		 812 aa  78.2  0.0000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.677641  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0386  AAA ATPase central domain protein  29.53 
 
 		 321 aa  78.2  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1532  ATP-dependent protease La  34.72 
 
 		 797 aa  77.4  0.0000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.801288  normal  0.268359 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1899  ATP-dependent protease La  29.68 
 
 		 874 aa  77.4  0.0000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.67239  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2125  ATP-dependent protease domain-containing protein  28.51 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000009  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0238  ATP-dependent protease domain-containing protein  28.51 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0715483  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0433  ATP-dependent protease domain-containing protein  28.51 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.216154  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0836  ATP-dependent protease La  30.29 
 
 		 846 aa  77  0.0000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0250  ATP-dependent protease domain-containing protein  28.51 
 
 		 326 aa  77.4  0.0000000000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>