More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4362 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002620  TC0623  Lon family protease  49.75 
 
 		 819 aa  768    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.209795  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1019  ATP-dependent protease La  52.9 
 
 		 800 aa  823    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000720396  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1443  ATP-dependent protease La  97.27 
 
 		 805 aa  1604    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.638027 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0670  ATP-dependent protease La  45.49 
 
 		 791 aa  660    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4362  ATP-dependent protease La  100 
 
 		 805 aa  1644    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.304845  normal  0.0378199 
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_52138  predicted protein  45.99 
 
 		 936 aa  681    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4210  ATP-dependent protease La  87.72 
 
 		 805 aa  1457    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4740  putative ATP-dependent protease  84.22 
 
 		 799 aa  1400    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.337635  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3944  peptidase S16, ATP-dependent protease La  87.84 
 
 		 805 aa  1457    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.036812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1252  PIM1 peptidase  65.09 
 
 		 797 aa  1033    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4579  PIM1 peptidase  88.6 
 
 		 807 aa  1478    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0591  La-like protease  52.66 
 
 		 814 aa  835    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000132222  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3241  ATP-dependent protease La  52.65 
 
 		 800 aa  823    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1535  ATP-dependent protease La  44.63 
 
 		 825 aa  680    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1548  ATP-dependent protease La  58.94 
 
 		 853 aa  954    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.984629  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3488  ATP-dependent protease La  61.83 
 
 		 812 aa  1013    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.438497  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13920  ATP-dependent protease La  80.99 
 
 		 800 aa  1335    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.235434  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1080  ATP-dependent protease La  95.17 
 
 		 808 aa  1578    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2665  PIM1 peptidase  66.96 
 
 		 815 aa  1093    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.180346  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4278  ATP-dependent protease La  97.27 
 
 		 805 aa  1603    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1223  ATP-dependent protease La  82.26 
 
 		 798 aa  1352    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00879429 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54210  putative ATP-dependent protease  84.72 
 
 		 799 aa  1397    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.38684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41620  predicted protein  45.99 
 
 		 936 aa  681    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0534  PIM1 peptidase  55.76 
 
 		 809 aa  883    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3332  ATP-dependent protease La  65.7 
 
 		 816 aa  1100    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18202  predicted protein  42.51 
 
 		 882 aa  634  1e-180  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.71122  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2299  ATP-dependent protease La  44.57 
 
 		 778 aa  617  1e-175  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0259  ATP-dependent protease La  41.38 
 
 		 806 aa  612  9.999999999999999e-175  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.485015  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06193  mitochondrial serine protease Pim1, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11740)  44.46 
 
 		 1104 aa  605  1.0000000000000001e-171  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.030325 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1099  ATP-dependent protease La  40.93 
 
 		 817 aa  594  1e-168  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000182753  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5273  ATP-dependent protease La  42.91 
 
 		 805 aa  593  1e-168  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0934  ATP-dependent protease La  42.39 
 
 		 775 aa  591  1e-167  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000076135  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0874  ATP-dependent protease La  42.56 
 
 		 806 aa  592  1e-167  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3353  ATP-dependent protease La  42.71 
 
 		 806 aa  586  1e-166  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.273973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1560  ATP-dependent protease La  41.19 
 
 		 792 aa  588  1e-166  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1626  ATP-dependent protease La  40.83 
 
 		 880 aa  588  1e-166  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.641257  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1644  ATP-dependent protease La  41.74 
 
 		 776 aa  588  1e-166  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265783  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1382  ATP-dependent protease La  41.5 
 
 		 776 aa  587  1e-166  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.122129  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3615  ATP-dependent protease La  42.05 
 
 		 788 aa  583  1.0000000000000001e-165  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0691  ATP-dependent protease La  41.27 
 
 		 817 aa  585  1.0000000000000001e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000937415  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0116  ATP-dependent protease La  41.61 
 
 		 800 aa  581  1e-164  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170632  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3193  ATP-dependent protease La  42.38 
 
 		 819 aa  580  1e-164  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1698  ATP-dependent protease La  42.51 
 
 		 840 aa  579  1e-164  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3214  Lon-A peptidase  42.34 
 
 		 823 aa  582  1e-164  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0115305  hitchhiker  0.000000048524 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2373  ATP-dependent protease La  42.24 
 
 		 807 aa  582  1e-164  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1700  ATP-dependent protease La  41.12 
 
 		 867 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.311837  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1158  ATP-dependent protease La  42.84 
 
 		 802 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.326096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1065  ATP-dependent protease La  41.71 
 
 		 812 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.677641  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2806  Lon-A peptidase  43.1 
 
 		 802 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2418  ATP-dependent protease La  42.06 
 
 		 806 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.805498 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6585  ATP-dependent protease La  42.41 
 
 		 806 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.339926 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2169  ATP-dependent protease La  42.7 
 
 		 821 aa  576  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  unclonable  0.000197845  unclonable  0.00000000135432 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0082  Lon-A peptidase  43.81 
 
 		 815 aa  575  1.0000000000000001e-163  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5136  ATP-dependent protease La  42.15 
 
 		 808 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53666  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1469  ATP-dependent protease La  42.36 
 
 		 823 aa  575  1.0000000000000001e-163  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00898612  normal  0.863404 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2681  ATP-dependent protease La  42.06 
 
 		 806 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.492035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3084  ATP-dependent protease La  41.37 
 
 		 898 aa  575  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.981667 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2915  ATP-dependent protease La  41.95 
 
 		 805 aa  574  1.0000000000000001e-162  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2051  ATP-dependent protease La  40.57 
 
 		 814 aa  575  1.0000000000000001e-162  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7407  ATP-dependent protease La  42.15 
 
 		 806 aa  575  1.0000000000000001e-162  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14505  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3307  ATP-dependent protease La  41.94 
 
 		 810 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1106  ATP-dependent protease La  41.5 
 
 		 812 aa  570  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.521594  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4570  ATP-dependent protease La  41.36 
 
 		 807 aa  570  1e-161  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2559  ATP-dependent protease La  40.66 
 
 		 810 aa  572  1e-161  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2182  ATP-dependent protease La  41.51 
 
 		 804 aa  570  1e-161  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.542449 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2565  ATP-dependent protease La  42.15 
 
 		 812 aa  572  1e-161  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.498787  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2892  ATP-dependent protease La  42.02 
 
 		 812 aa  569  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.169901 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1171  Lon-A peptidase  41.6 
 
 		 804 aa  570  1e-161  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618926  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1249  ATP-dependent protease La  40.76 
 
 		 805 aa  571  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3593  ATP-dependent protease La  41.62 
 
 		 805 aa  569  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.333831  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1340  ATP-dependent protease La  40.76 
 
 		 805 aa  571  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.501913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0618  ATP-dependent protease La  40.8 
 
 		 817 aa  571  1e-161  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.26983e-33 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0604  ATP-dependent protease La  40.8 
 
 		 816 aa  568  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1866  ATP-dependent protease La  39.62 
 
 		 856 aa  570  1e-161  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0560  ATP-dependent protease La  40.61 
 
 		 807 aa  568  1e-160  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2996  ATP-dependent protease La  40.83 
 
 		 815 aa  566  1e-160  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2227  ATP-dependent protease La  41.7 
 
 		 807 aa  566  1e-160  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1493  ATP-dependent protease La  42.97 
 
 		 802 aa  566  1e-160  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0489479  normal  0.577481 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2557  ATP-dependent protease La  42.53 
 
 		 802 aa  566  1e-160  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0122618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0548  ATP-dependent protease La  41.07 
 
 		 807 aa  567  1e-160  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0654617  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1777  ATP-dependent protease La  41.09 
 
 		 802 aa  562  1.0000000000000001e-159  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.169591  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4561  ATP-dependent protease La 1  40.49 
 
 		 773 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0493  ATP-dependent protease La  40.58 
 
 		 797 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.229233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4203  endopeptidase La (ATP-dependent protease La 1)  40.49 
 
 		 776 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000103757  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4214  endopeptidase La (ATP-dependent protease La 1)  40.49 
 
 		 776 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.000107008  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2778  ATP-dependent protease La  41.81 
 
 		 802 aa  562  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1897  peptidase S16, ATP-dependent protease La  41.43 
 
 		 808 aa  565  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1246  ATP-dependent protease La  40.76 
 
 		 772 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4702  ATP-dependent protease La 1  40.36 
 
 		 773 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09893  ATP-dependent protease  39.31 
 
 		 816 aa  563  1.0000000000000001e-159  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0700  ATP-dependent protease La  40.52 
 
 		 794 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000293647 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2204  ATP-dependent protease La  41.74 
 
 		 812 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2110  ATP-dependent protease La  42 
 
 		 793 aa  564  1.0000000000000001e-159  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4557  ATP-dependent protease La 1  40.49 
 
 		 776 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2585  ATP-dependent protease La  41.43 
 
 		 774 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000212252  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1429  ATP-dependent protease La  38.83 
 
 		 825 aa  565  1.0000000000000001e-159  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.067641  normal  0.0902926 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4606  ATP-dependent protease La 1  40.49 
 
 		 776 aa  563  1.0000000000000001e-159  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105653  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4315  ATP-dependent protease La  40.39 
 
 		 773 aa  561  1e-158  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3006  ATP-dependent protease La  41.06 
 
 		 797 aa  560  1e-158  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2394  ATP-dependent protease La  41.36 
 
 		 823 aa  560  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.118165 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>