More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1223 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002620  TC0623  Lon family protease  49.49 
 
 		 819 aa  756    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.209795  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1443  ATP-dependent protease La  82.95 
 
 		 805 aa  1340    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.768373  normal  0.638027 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0670  ATP-dependent protease La  45.36 
 
 		 791 aa  650    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4278  ATP-dependent protease La  81.12 
 
 		 805 aa  1340    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4210  ATP-dependent protease La  80.62 
 
 		 805 aa  1333    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13920  ATP-dependent protease La  84.82 
 
 		 800 aa  1381    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.235434  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3944  peptidase S16, ATP-dependent protease La  80.37 
 
 		 805 aa  1329    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.036812 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1252  PIM1 peptidase  65.7 
 
 		 797 aa  1032    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1535  ATP-dependent protease La  45.98 
 
 		 825 aa  686    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4579  PIM1 peptidase  81.2 
 
 		 807 aa  1338    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0591  La-like protease  53.26 
 
 		 814 aa  832    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000132222  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4362  ATP-dependent protease La  82.26 
 
 		 805 aa  1352    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.304845  normal  0.0378199 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1548  ATP-dependent protease La  60.61 
 
 		 853 aa  964    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.984629  n/a   
 
 
-
 
NC_009375  OSTLU_52138  predicted protein  51.24 
 
 		 936 aa  668    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_41620  predicted protein  51.24 
 
 		 936 aa  668    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2665  PIM1 peptidase  68.49 
 
 		 815 aa  1106    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.180346  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1223  ATP-dependent protease La  100 
 
 		 798 aa  1622    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00879429 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3488  ATP-dependent protease La  62.45 
 
 		 812 aa  1017    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.438497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4740  putative ATP-dependent protease  86.72 
 
 		 799 aa  1414    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.337635  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54210  putative ATP-dependent protease  86.84 
 
 		 799 aa  1417    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.38684  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0534  PIM1 peptidase  56.27 
 
 		 809 aa  877    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1019  ATP-dependent protease La  53.44 
 
 		 800 aa  844    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000720396  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1080  ATP-dependent protease La  82.94 
 
 		 808 aa  1358    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3332  ATP-dependent protease La  68.08 
 
 		 816 aa  1125    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3241  ATP-dependent protease La  53.69 
 
 		 800 aa  842    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_18202  predicted protein  47.72 
 
 		 882 aa  619  1e-176  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.71122  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06193  mitochondrial serine protease Pim1, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G11740)  45.48 
 
 		 1104 aa  612  1e-173  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.030325 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2299  ATP-dependent protease La  43.32 
 
 		 778 aa  609  1e-173  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0259  ATP-dependent protease La  41.16 
 
 		 806 aa  601  1e-170  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.485015  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1099  ATP-dependent protease La  40.54 
 
 		 817 aa  596  1e-169  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000182753  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0874  ATP-dependent protease La  42.82 
 
 		 806 aa  593  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5273  ATP-dependent protease La  43.43 
 
 		 805 aa  590  1e-167  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1700  ATP-dependent protease La  41.94 
 
 		 867 aa  587  1e-166  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.311837  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3006  ATP-dependent protease La  43.73 
 
 		 797 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0082  Lon-A peptidase  41.58 
 
 		 815 aa  581  1e-164  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0934  ATP-dependent protease La  40.99 
 
 		 775 aa  582  1e-164  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000076135  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3615  ATP-dependent protease La  42.29 
 
 		 788 aa  578  1e-164  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0560  ATP-dependent protease La  41.36 
 
 		 807 aa  579  1e-164  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1340  ATP-dependent protease La  40.89 
 
 		 805 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.501913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1065  ATP-dependent protease La  41.89 
 
 		 812 aa  576  1.0000000000000001e-163  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1171  Lon-A peptidase  41.55 
 
 		 804 aa  576  1.0000000000000001e-163  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.618926  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1644  ATP-dependent protease La  40.21 
 
 		 776 aa  577  1.0000000000000001e-163  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265783  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1382  ATP-dependent protease La  40.1 
 
 		 776 aa  577  1.0000000000000001e-163  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.122129  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09893  ATP-dependent protease  40.89 
 
 		 816 aa  577  1.0000000000000001e-163  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1249  ATP-dependent protease La  41.18 
 
 		 805 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1560  ATP-dependent protease La  40.15 
 
 		 792 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3353  ATP-dependent protease La  41.59 
 
 		 806 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.273973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2373  ATP-dependent protease La  42.2 
 
 		 807 aa  570  1e-161  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1106  ATP-dependent protease La  41.69 
 
 		 812 aa  572  1e-161  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.521594  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3052  DNA-binding ATP-dependent protease La  41.26 
 
 		 784 aa  570  1e-161  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000101207  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1698  ATP-dependent protease La  42.38 
 
 		 840 aa  570  1e-161  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0493  ATP-dependent protease La  41.12 
 
 		 797 aa  571  1e-161  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.229233  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3207  ATP-dependent protease La  41.85 
 
 		 771 aa  569  1e-161  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1626  ATP-dependent protease La  39.54 
 
 		 880 aa  568  1e-160  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.641257  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3193  ATP-dependent protease La  40.91 
 
 		 819 aa  568  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0116  ATP-dependent protease La  40.82 
 
 		 800 aa  567  1e-160  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000170632  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3066  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.6 
 
 		 787 aa  567  1e-160  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3090  DNA-binding ATP-dependent protease La  41.13 
 
 		 784 aa  567  1e-160  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  0.00000000000000593102  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2681  ATP-dependent protease La  41.92 
 
 		 806 aa  567  1e-160  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.492035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2418  ATP-dependent protease La  41.92 
 
 		 806 aa  567  1e-160  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.805498 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3307  ATP-dependent protease La  41.67 
 
 		 810 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2565  ATP-dependent protease La  41.41 
 
 		 812 aa  567  1e-160  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.498787  normal  0.726284 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1097  DNA-binding ATP-dependent protease La  41.25 
 
 		 784 aa  568  1e-160  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000612483  hitchhiker  0.00000716976 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3593  ATP-dependent protease La  41.05 
 
 		 805 aa  566  1e-160  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.333831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2249  ATP-dependent protease La  41.27 
 
 		 815 aa  566  1e-160  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.000000234366  normal  0.137049 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2051  ATP-dependent protease La  41.46 
 
 		 814 aa  567  1e-160  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0548  ATP-dependent protease La  40.76 
 
 		 807 aa  568  1e-160  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0654617  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0691  ATP-dependent protease La  40.15 
 
 		 817 aa  566  1e-160  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000937415  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00391  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3170  ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000172446  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0700  ATP-dependent protease La  43.06 
 
 		 794 aa  565  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000293647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4570  ATP-dependent protease La  41.21 
 
 		 807 aa  564  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0553  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00718767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00395  hypothetical protein  40.87 
 
 		 784 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3084  ATP-dependent protease La  40.57 
 
 		 898 aa  562  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.981667 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0618  ATP-dependent protease La  40.51 
 
 		 817 aa  563  1.0000000000000001e-159  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.26983e-33 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1892  ATP-dependent protease La  41.71 
 
 		 793 aa  565  1.0000000000000001e-159  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0163436  hitchhiker  0.00257453 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0509  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00343413  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0475  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000237635  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0362  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000116404  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3214  Lon-A peptidase  40.36 
 
 		 823 aa  564  1.0000000000000001e-159  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0115305  hitchhiker  0.000000048524 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2559  ATP-dependent protease La  42.65 
 
 		 810 aa  563  1.0000000000000001e-159  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0604  ATP-dependent protease La  40.51 
 
 		 816 aa  562  1.0000000000000001e-159  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0492  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00217408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7407  ATP-dependent protease La  42.2 
 
 		 806 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14505  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5136  ATP-dependent protease La  41.93 
 
 		 808 aa  565  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.53666  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2892  ATP-dependent protease La  41.28 
 
 		 812 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.169901 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2227  ATP-dependent protease La  41.28 
 
 		 807 aa  562  1.0000000000000001e-159  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2110  ATP-dependent protease La  40.79 
 
 		 793 aa  564  1.0000000000000001e-159  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0499  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00131573  hitchhiker  0.00467921 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0516  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000129427  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6585  ATP-dependent protease La  42.33 
 
 		 806 aa  562  1.0000000000000001e-159  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.339926 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2204  ATP-dependent protease La  41.56 
 
 		 812 aa  564  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3232  DNA-binding ATP-dependent protease La  41 
 
 		 784 aa  563  1.0000000000000001e-159  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3193  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000724307  hitchhiker  0.000504746 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0490  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  564  1.0000000000000001e-159  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000003188  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0482  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.87 
 
 		 784 aa  562  1.0000000000000001e-159  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000167472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1866  ATP-dependent protease La  40.15 
 
 		 856 aa  562  1.0000000000000001e-159  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1552  Lon-A peptidase  41.83 
 
 		 806 aa  560  1e-158  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0525  DNA-binding ATP-dependent protease La  40.74 
 
 		 799 aa  561  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000828536  normal  0.526776 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>