More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2688 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_2688  undecaprenyl pyrophosphate synthase  100 
 
 
239 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.414327  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0061  undecaprenyl pyrophosphate synthase  76.39 
 
 
245 aa  358  5e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.261711 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7856  undecaprenyl pyrophosphate synthase  71.13 
 
 
247 aa  335  5e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.855408  normal  0.187667 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4431  undecaprenyl pyrophosphate synthase  64.02 
 
 
236 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4063  undecaprenyl pyrophosphate synthase  63.6 
 
 
236 aa  278  6e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0802  undecaprenyl pyrophosphate synthase  60.91 
 
 
240 aa  266  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.858671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1631  undecaprenyl pyrophosphate synthase  63.25 
 
 
233 aa  265  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.523474  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0469  undecaprenyl pyrophosphate synthase  64.26 
 
 
238 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0276025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4545  undecaprenyl pyrophosphate synthase  64.78 
 
 
236 aa  261  8.999999999999999e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3136  undecaprenyl pyrophosphate synthase  55.7 
 
 
256 aa  241  7e-63  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.898885  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1590  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.3 
 
 
244 aa  226  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1656  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.18 
 
 
249 aa  216  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1417  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  45.1 
 
 
267 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0645618 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3157  di-trans, poly-cis-decaprenylcistransferase  48.26 
 
 
264 aa  213  1.9999999999999998e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0130117  normal  0.0586851 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2555  undecaprenyl diphosphate synthase  50.88 
 
 
254 aa  212  3.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0643288  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2423  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48.89 
 
 
257 aa  211  5.999999999999999e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.674946  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2035  undecaprenyl diphosphate synthase  50.89 
 
 
260 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6062  undecaprenyl diphosphate synthase  50.89 
 
 
260 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.385081  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2015  undecaprenyl diphosphate synthase  50.89 
 
 
260 aa  211  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3729  undecaprenyl pyrophosphate synthase  45.78 
 
 
256 aa  210  1e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000025897  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5325  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.34 
 
 
260 aa  210  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00863948  normal  0.440818 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0583  undecaprenyl diphosphate synthase  48.02 
 
 
264 aa  211  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07700  undecaprenyl diphosphate synthase  43.97 
 
 
240 aa  210  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.259122  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1334  undecaprenyl diphosphate synthase  50 
 
 
260 aa  210  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.863686  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3192  undecaprenyl diphosphate synthase  47.84 
 
 
254 aa  209  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0167  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.7 
 
 
252 aa  209  3e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00639838  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1143  di-trans,poly-cis-decaprenylcistransferase  48.44 
 
 
266 aa  209  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00716558  normal  0.11799 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00172  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.7 
 
 
253 aa  208  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0442077  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3486  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.7 
 
 
253 aa  208  5e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000338142  normal  0.111087 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0185  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.7 
 
 
253 aa  208  5e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0180399  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1489  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.12 
 
 
249 aa  208  5e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00866438 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00171  hypothetical protein  48.7 
 
 
253 aa  208  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0565957  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0184  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.7 
 
 
253 aa  208  5e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000545109  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3429  undecaprenyl diphosphate synthase  48.7 
 
 
252 aa  208  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00278251  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1071  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.47 
 
 
252 aa  208  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00176842  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3430  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.47 
 
 
252 aa  208  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00762584  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2752  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48 
 
 
249 aa  208  6e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.497548  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0176  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.7 
 
 
252 aa  208  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000145579  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1495  undecaprenyl diphosphate synthase  48.9 
 
 
243 aa  208  6e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.595804  normal  0.585413 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0640  undecaprenyl diphosphate synthase  43.84 
 
 
231 aa  208  6e-53  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000259882  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1018  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.47 
 
 
252 aa  208  6e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000425553  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0178  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.7 
 
 
252 aa  208  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000405538  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1051  undecaprenyl diphosphate synthase  48 
 
 
253 aa  208  7e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000164156  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01377  undecaprenyl diphosphate synthase  48.44 
 
 
261 aa  207  9e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0714251  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0946  undecaprenyl diphosphate synthase  48.94 
 
 
253 aa  207  1e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00394287  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1917  undecaprenyl diphosphate synthase  49.55 
 
 
260 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.430005 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3277  undecaprenyl diphosphate synthase  47.11 
 
 
264 aa  207  1e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000667775  hitchhiker  0.000316349 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3355  undecaprenyl diphosphate synthase  47.18 
 
 
253 aa  207  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0813466  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2593  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.67 
 
 
249 aa  207  1e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0126809  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1433  Undecaprenyl pyrophosphate synthetase  43.23 
 
 
247 aa  207  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0476223  normal  0.0410509 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2048  undecaprenyl diphosphate synthase  49.55 
 
 
260 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2631  undecaprenyl diphosphate synthase  48.89 
 
 
263 aa  207  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000342439  normal  0.527492 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1450  undecaprenyl diphosphate synthase  48.03 
 
 
255 aa  206  2e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.207922  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1686  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  49.11 
 
 
260 aa  206  2e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.184494 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0983  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  46.9 
 
 
241 aa  206  2e-52  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.017531  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1557  undecaprenyl diphosphate synthase  47.11 
 
 
254 aa  206  3e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.243823  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0486  undecaprenyl diphosphate synthase  48 
 
 
294 aa  206  3e-52  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.407745 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1558  undecaprenyl diphosphate synthase  47.56 
 
 
271 aa  206  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000445031  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0567  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  51.56 
 
 
252 aa  206  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.559226  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2704  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.56 
 
 
275 aa  206  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000108534  hitchhiker  0.00267943 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2451  undecaprenyl diphosphate synthase  48.66 
 
 
260 aa  206  4e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.351956  hitchhiker  0.00162806 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0259  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.13 
 
 
252 aa  205  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.324297 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0261  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.13 
 
 
252 aa  205  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00664761  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0243  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.13 
 
 
252 aa  205  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0246  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.13 
 
 
252 aa  205  5e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.704245 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1261  undecaprenyl diphosphate synthase  48.66 
 
 
260 aa  205  5e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.12657  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2881  undecaprenyl diphosphate synthase  48 
 
 
266 aa  204  7e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000000593074  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1633  undecaprenyl diphosphate synthase  47.56 
 
 
275 aa  204  8e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0617  undecaprenyl diphosphate synthase  43.67 
 
 
245 aa  204  8e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0712  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.26 
 
 
252 aa  204  9e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0743722  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1356  undecaprenyl diphosphate synthase  45.33 
 
 
240 aa  204  1e-51  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.162548  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2811  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.56 
 
 
275 aa  204  1e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000658443  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1252  undecaprenyl diphosphate synthase  41.15 
 
 
233 aa  204  1e-51  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2603  undecaprenyl diphosphate synthase  45.33 
 
 
247 aa  204  1e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2637  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  47.56 
 
 
275 aa  204  1e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000140247  normal  0.0415096 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0243  undecaprenyl pyrophosphate synthase  49.13 
 
 
252 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.296524 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3160  undecaprenyl diphosphate synthase  48.67 
 
 
253 aa  203  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.12634  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0331  undecaprenyl diphosphate synthase  44.89 
 
 
276 aa  203  2e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.163815  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1254  undecaprenyl pyrophosphate synthase  44.59 
 
 
246 aa  203  2e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000210939  hitchhiker  0.00135433 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1227  undecaprenyl diphosphate synthase  46.79 
 
 
244 aa  203  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0880446  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1346  undecaprenyl diphosphate synthase  47.86 
 
 
258 aa  203  2e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0661425  normal  0.552617 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1746  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  48 
 
 
253 aa  202  3e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2581  undecaprenyl diphosphate synthase  46.79 
 
 
244 aa  202  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.181567  normal  0.0357168 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1163  undecaprenyl diphosphate synthase  50.44 
 
 
261 aa  202  3e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2824  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.02 
 
 
252 aa  202  4e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.318228 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1282  undecaprenyl diphosphate synthase  47.44 
 
 
258 aa  202  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0391987  normal  0.222938 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1859  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  50.22 
 
 
257 aa  202  5e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.470988  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1847  undecaprenyl diphosphate synthase  45.33 
 
 
256 aa  201  6e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000092739  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2712  undecaprenyl pyrophosphate synthase  46.67 
 
 
246 aa  201  6e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.221115  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2972  undecaprenyl diphosphate synthase  44.59 
 
 
259 aa  201  7e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.906819 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04320  Undecaprenyl pyrophosphate synthase  43.81 
 
 
258 aa  201  7e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2853  undecaprenyl pyrophosphate synthase  48.02 
 
 
252 aa  201  7e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.299861  normal  0.452075 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3785  undecaprenyl diphosphate synthase  47.23 
 
 
252 aa  201  8e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.218276  hitchhiker  0.00197218 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1274  undecaprenyl diphosphate synthase  46.67 
 
 
274 aa  201  8e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.278229  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0355  undecaprenyl diphosphate synthase  44.39 
 
 
236 aa  201  9e-51  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.580646  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1281  undecaprenyl diphosphate synthase  45.74 
 
 
244 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000016343  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0661  undecaprenyl diphosphate synthase  49.11 
 
 
265 aa  201  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.896818  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2031  undecaprenyl diphosphate synthase  49.11 
 
 
260 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2457  undecaprenyl pyrophosphate synthetase  44.93 
 
 
241 aa  200  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000413258 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2975  undecaprenyl diphosphate synthase  46.96 
 
 
253 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>