More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0268 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0268  F0F1 ATP synthase subunit delta  100 
 
 
186 aa  361  3e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.397097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0556  F0F1 ATP synthase subunit delta  93.01 
 
 
186 aa  338  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0174  F0F1 ATP synthase subunit delta  91.4 
 
 
186 aa  333  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0177  F0F1 ATP synthase subunit delta  83.87 
 
 
186 aa  310  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0429  F0F1 ATP synthase subunit delta  81.72 
 
 
186 aa  303  8.000000000000001e-82  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675771  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0405  F0F1 ATP synthase subunit delta  81.18 
 
 
186 aa  296  9e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.973166  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0533  F0F1 ATP synthase subunit delta  77.96 
 
 
186 aa  289  2e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6638  ATP synthase F1, delta subunit  60.89 
 
 
190 aa  215  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2077  ATP synthase F1, delta subunit  59.44 
 
 
201 aa  214  8e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.589931  normal  0.284736 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1462  ATP synthase F1, delta subunit  60.11 
 
 
194 aa  213  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.47648  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7383  ATP synthase F1, delta subunit  59.22 
 
 
190 aa  211  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.705381  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1468  ATP synthase F1, delta subunit  56.83 
 
 
189 aa  205  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.260461 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3944  F0F1 ATP synthase subunit delta  56.18 
 
 
188 aa  200  8e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.754294  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3655  F0F1 ATP synthase subunit delta  55.62 
 
 
188 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1102  F0F1 ATP synthase subunit delta  53.76 
 
 
186 aa  198  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3215  F0F1 ATP synthase subunit delta  54.75 
 
 
180 aa  199  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.270872  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1747  ATP synthase F1, delta subunit  54.64 
 
 
189 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.409884  normal  0.151346 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1735  F0F1 ATP synthase subunit delta  52.15 
 
 
186 aa  195  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1802  F0F1 ATP synthase subunit delta  52.15 
 
 
186 aa  195  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.145572  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2925  F0F1 ATP synthase subunit delta  54.19 
 
 
188 aa  194  8.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4110  F0F1 ATP synthase subunit delta  54.19 
 
 
193 aa  192  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0606  ATP synthase F1, delta subunit  57.78 
 
 
190 aa  192  3e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.226386  normal  0.552551 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1469  ATP synthase F1, delta subunit  53.93 
 
 
179 aa  189  2e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.128586 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0340  ATP synthase F1, delta subunit  53.19 
 
 
188 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00843718 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2089  ATP synthase F1, delta subunit  49.19 
 
 
217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.449472  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0221  ATP synthase F1, delta subunit  47.06 
 
 
190 aa  159  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.1203 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2399  F0F1 ATP synthase subunit delta  49.13 
 
 
190 aa  158  5e-38  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1046  ATP synthase F1, delta subunit  44.32 
 
 
186 aa  158  5e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1223  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.85 
 
 
186 aa  157  1e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0620  F0F1 ATP synthase subunit delta  49.71 
 
 
184 aa  154  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2937  ATP synthase delta chain  45.51 
 
 
186 aa  153  1e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.213023  normal  0.0695694 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0971  ATP synthase F1, delta subunit  45.41 
 
 
186 aa  153  1e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2296  ATPase, delta (OSCP) subunit  45.41 
 
 
186 aa  153  1e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2204  ATP synthase F1, delta subunit  44.86 
 
 
186 aa  139  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2805  ATP synthase F1, delta subunit  45.98 
 
 
179 aa  135  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.365033  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3815  ATP synthase F1, delta subunit  45.45 
 
 
211 aa  130  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4741  ATP synthase F1, delta subunit  41.86 
 
 
196 aa  126  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.403531  hitchhiker  0.00506687 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0111  ATP synthase F1, delta subunit  40.22 
 
 
194 aa  120  9e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3461  ATP synthase F1, delta subunit  36.57 
 
 
179 aa  119  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.330748  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1678  ATP synthase F1, delta subunit  34.27 
 
 
197 aa  110  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3409  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.52 
 
 
180 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0895663  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0110  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.48 
 
 
180 aa  104  8e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2215  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.86 
 
 
179 aa  103  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.169697  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1316  ATP synthase F1, delta subunit  34.46 
 
 
198 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.665716 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4038  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.17 
 
 
180 aa  102  3e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00667961 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0600  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.57 
 
 
183 aa  102  4e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000223  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3953  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.9 
 
 
180 aa  101  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0498007  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2499  F0F1 ATP synthase subunit delta  35.26 
 
 
180 aa  101  7e-21  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4260  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.61 
 
 
180 aa  98.2  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0260987  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0080  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.71 
 
 
182 aa  98.2  6e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1641  ATP synthase F1, delta subunit  32.95 
 
 
179 aa  96.3  2e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2192  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.14 
 
 
183 aa  91.7  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2585  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.17 
 
 
183 aa  92  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.793853  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3363  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.25 
 
 
184 aa  90.9  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.19453  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4298  ATP synthase F1, delta subunit  32.78 
 
 
177 aa  90.5  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0142998  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2244  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.75 
 
 
180 aa  89.7  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2140  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.57 
 
 
182 aa  89.7  2e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4168  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.59 
 
 
182 aa  87.8  7e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0816987  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0988  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.14 
 
 
183 aa  87.8  8e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0577519  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0066  ATP synthase F1, delta subunit  29.38 
 
 
179 aa  87  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2385  ATP synthase F1 delta subunit  28.41 
 
 
182 aa  87  1e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06287  ATP synthase oligomycin sensitivity conferral protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12400)  33.51 
 
 
227 aa  85.5  4e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.822341  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6065  ATP synthase F1, delta subunit  27.33 
 
 
179 aa  84.3  8e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0314  ATP synthase F1, delta subunit  33.94 
 
 
192 aa  84.3  8e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.240984  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2706  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.25 
 
 
181 aa  84  0.000000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000642797  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1241  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.61 
 
 
182 aa  84.3  0.000000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4498  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.03 
 
 
179 aa  83.6  0.000000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0548987 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3173  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.27 
 
 
180 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.461622  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3153  F0F1 ATP synthase subunit delta  30 
 
 
181 aa  81.6  0.000000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2433  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.32 
 
 
178 aa  81.6  0.000000000000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270416  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2612  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.36 
 
 
183 aa  81.3  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.279079  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2095  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.41 
 
 
181 aa  81.3  0.000000000000008  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3077  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.33 
 
 
178 aa  80.1  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.26673  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2381  ATP synthase F1, delta subunit  29.05 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0533596 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2719  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.71 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3384  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.71 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000127487  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0059  ATP synthase F1, delta subunit  32.95 
 
 
177 aa  79.3  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1232  ATP synthase F1, delta subunit  28.16 
 
 
186 aa  79.3  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4621  ATP synthase F1, delta subunit  28.07 
 
 
176 aa  79  0.00000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4487  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.07 
 
 
179 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4506  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.46 
 
 
179 aa  79  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04821  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.12 
 
 
182 aa  79  0.00000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2200  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.65 
 
 
182 aa  78.2  0.00000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.506317  normal  0.426365 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5022  ATP synthase F1, delta subunit  31.64 
 
 
178 aa  77.8  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.557058  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4351  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.07 
 
 
193 aa  77.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2620  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.22 
 
 
184 aa  77.8  0.00000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006686  CND03280  conserved hypothetical protein  29.12 
 
 
208 aa  77.8  0.0000000000001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2800  F-type H+-transporting ATP synthase, delta (OSCP) subunit  28.99 
 
 
178 aa  77.4  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.31614  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2488  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.76 
 
 
181 aa  76.3  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.0000000000000402457  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0561  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.38 
 
 
180 aa  76.3  0.0000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.132233  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_500  ATP synthase F1, delta subunit  27.38 
 
 
180 aa  76.3  0.0000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0258764  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81978  F1F0-ATPase subunit  27.22 
 
 
205 aa  75.5  0.0000000000004  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.581266  normal  0.944639 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2828  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.07 
 
 
183 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15711  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.94 
 
 
182 aa  74.7  0.0000000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.572565  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2847  ATP synthase F1, delta subunit  26.01 
 
 
179 aa  74.3  0.0000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.187337 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2189  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.12 
 
 
182 aa  73.9  0.000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1491  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.77 
 
 
185 aa  74.3  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.154194  normal  0.935253 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1715  ATP synthase F1, delta subunit  29.14 
 
 
182 aa  73.6  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000459398  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2882  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.49 
 
 
178 aa  73.2  0.000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000839997  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0477  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.95 
 
 
183 aa  72.4  0.000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199048  normal  0.651283 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>