More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0174 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0174  F0F1 ATP synthase subunit delta  100 
 
 
186 aa  361  3e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0268  F0F1 ATP synthase subunit delta  91.4 
 
 
186 aa  333  5.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.397097 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0556  F0F1 ATP synthase subunit delta  89.78 
 
 
186 aa  325  3e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0177  F0F1 ATP synthase subunit delta  84.95 
 
 
186 aa  313  9e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0429  F0F1 ATP synthase subunit delta  84.95 
 
 
186 aa  312  1.9999999999999998e-84  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675771  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0405  F0F1 ATP synthase subunit delta  82.8 
 
 
186 aa  301  3.0000000000000004e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.973166  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0533  F0F1 ATP synthase subunit delta  78.49 
 
 
186 aa  289  1e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2077  ATP synthase F1, delta subunit  60 
 
 
201 aa  216  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.589931  normal  0.284736 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6638  ATP synthase F1, delta subunit  60.89 
 
 
190 aa  216  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1462  ATP synthase F1, delta subunit  60.66 
 
 
194 aa  213  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.47648  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7383  ATP synthase F1, delta subunit  59.22 
 
 
190 aa  210  1e-53  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.705381  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1468  ATP synthase F1, delta subunit  56.28 
 
 
189 aa  203  9e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.260461 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2925  F0F1 ATP synthase subunit delta  56.98 
 
 
188 aa  203  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1102  F0F1 ATP synthase subunit delta  55.38 
 
 
186 aa  203  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3944  F0F1 ATP synthase subunit delta  56.74 
 
 
188 aa  201  6e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.754294  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1802  F0F1 ATP synthase subunit delta  53.23 
 
 
186 aa  199  1.9999999999999998e-50  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.145572  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3655  F0F1 ATP synthase subunit delta  56.18 
 
 
188 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1735  F0F1 ATP synthase subunit delta  53.23 
 
 
186 aa  199  1.9999999999999998e-50  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3215  F0F1 ATP synthase subunit delta  54.19 
 
 
180 aa  197  7.999999999999999e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.270872  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1747  ATP synthase F1, delta subunit  54.1 
 
 
189 aa  196  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.409884  normal  0.151346 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4110  F0F1 ATP synthase subunit delta  54.75 
 
 
193 aa  192  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0606  ATP synthase F1, delta subunit  56.67 
 
 
190 aa  190  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.226386  normal  0.552551 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1469  ATP synthase F1, delta subunit  53.37 
 
 
179 aa  188  4e-47  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.128586 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0340  ATP synthase F1, delta subunit  52.13 
 
 
188 aa  179  2.9999999999999997e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00843718 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0221  ATP synthase F1, delta subunit  47.59 
 
 
190 aa  159  2e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.1203 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0620  F0F1 ATP synthase subunit delta  50.87 
 
 
184 aa  155  2e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2089  ATP synthase F1, delta subunit  46.49 
 
 
217 aa  155  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.449472  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2399  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.98 
 
 
190 aa  154  5.0000000000000005e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2296  ATPase, delta (OSCP) subunit  45.95 
 
 
186 aa  154  9e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0971  ATP synthase F1, delta subunit  45.95 
 
 
186 aa  154  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1223  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.31 
 
 
186 aa  153  1e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2937  ATP synthase delta chain  43.82 
 
 
186 aa  147  6e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.213023  normal  0.0695694 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1046  ATP synthase F1, delta subunit  41.62 
 
 
186 aa  147  7e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2805  ATP synthase F1, delta subunit  48.28 
 
 
179 aa  140  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.365033  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2204  ATP synthase F1, delta subunit  45.41 
 
 
186 aa  138  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3815  ATP synthase F1, delta subunit  43.75 
 
 
211 aa  129  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4741  ATP synthase F1, delta subunit  41.28 
 
 
196 aa  126  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.403531  hitchhiker  0.00506687 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0111  ATP synthase F1, delta subunit  40.78 
 
 
194 aa  119  3e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3461  ATP synthase F1, delta subunit  36.57 
 
 
179 aa  115  3e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.330748  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3409  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.71 
 
 
180 aa  113  2.0000000000000002e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0895663  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1678  ATP synthase F1, delta subunit  34.27 
 
 
197 aa  111  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0110  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.29 
 
 
180 aa  108  4.0000000000000004e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1316  ATP synthase F1, delta subunit  36.16 
 
 
198 aa  106  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.665716 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2215  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.29 
 
 
179 aa  103  1e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.169697  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0600  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.43 
 
 
183 aa  101  8e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000223  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1641  ATP synthase F1, delta subunit  34.1 
 
 
179 aa  100  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0080  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.29 
 
 
182 aa  99.8  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4038  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.05 
 
 
180 aa  97.8  8e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00667961 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3953  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.61 
 
 
180 aa  96.7  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0498007  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2499  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.53 
 
 
180 aa  95.5  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4260  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.37 
 
 
180 aa  94.4  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0260987  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2192  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.57 
 
 
183 aa  93.6  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2585  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.75 
 
 
183 aa  93.2  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.793853  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3363  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.25 
 
 
184 aa  91.7  6e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.19453  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0988  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.3 
 
 
183 aa  91.3  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0577519  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2140  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.57 
 
 
182 aa  90.9  9e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4298  ATP synthase F1, delta subunit  32.78 
 
 
177 aa  90.5  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0142998  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06287  ATP synthase oligomycin sensitivity conferral protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12400)  35.11 
 
 
227 aa  90.1  2e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.822341  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2244  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.58 
 
 
180 aa  87.4  1e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3153  F0F1 ATP synthase subunit delta  30 
 
 
181 aa  87.4  1e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6065  ATP synthase F1, delta subunit  27.33 
 
 
179 aa  87  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0066  ATP synthase F1, delta subunit  29.94 
 
 
179 aa  86.7  2e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4498  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.57 
 
 
179 aa  86.3  2e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0548987 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4168  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.77 
 
 
182 aa  86.3  3e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0816987  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2385  ATP synthase F1 delta subunit  27.43 
 
 
182 aa  85.9  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0314  ATP synthase F1, delta subunit  33.33 
 
 
192 aa  85.5  5e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.240984  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3173  F0F1 ATP synthase subunit delta  28.65 
 
 
180 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.461622  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2095  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.41 
 
 
181 aa  83.6  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0561  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.95 
 
 
180 aa  82.4  0.000000000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.132233  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_500  ATP synthase F1, delta subunit  30.95 
 
 
180 aa  82  0.000000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0258764  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4621  ATP synthase F1, delta subunit  27.49 
 
 
176 aa  82  0.000000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4487  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.14 
 
 
179 aa  82  0.000000000000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0059  ATP synthase F1, delta subunit  32.95 
 
 
177 aa  82  0.000000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3077  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.71 
 
 
178 aa  80.5  0.00000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.26673  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3384  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.99 
 
 
185 aa  80.5  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.000127487  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2719  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.99 
 
 
185 aa  80.5  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1241  F0F1 ATP synthase subunit delta  28.49 
 
 
182 aa  80.9  0.00000000000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2706  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.25 
 
 
181 aa  80.1  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00000642797  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4351  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.14 
 
 
193 aa  80.1  0.00000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4506  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.43 
 
 
179 aa  79.3  0.00000000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_81978  F1F0-ATPase subunit  28.89 
 
 
205 aa  78.6  0.00000000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.581266  normal  0.944639 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0173  ATP synthase F1, delta subunit  33.68 
 
 
209 aa  78.6  0.00000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0955649  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2433  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.56 
 
 
178 aa  77.8  0.00000000000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270416  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2847  ATP synthase F1, delta subunit  27.75 
 
 
179 aa  77.8  0.00000000000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.187337 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2800  F-type H+-transporting ATP synthase, delta (OSCP) subunit  27.81 
 
 
178 aa  77  0.0000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.31614  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2200  F0F1 ATP synthase subunit delta  28.82 
 
 
182 aa  77.4  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.506317  normal  0.426365 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1232  ATP synthase F1, delta subunit  27.59 
 
 
186 aa  76.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03055  ATP synthase subunit D  32.37 
 
 
184 aa  76.6  0.0000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.340236  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5022  ATP synthase F1, delta subunit  31.07 
 
 
178 aa  75.5  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.557058  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2828  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.94 
 
 
183 aa  75.1  0.0000000000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2381  ATP synthase F1, delta subunit  28.49 
 
 
178 aa  75.5  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0533596 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0535  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.76 
 
 
180 aa  75.1  0.0000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0191056  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND03280  conserved hypothetical protein  28.02 
 
 
208 aa  74.3  0.0000000000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2612  F0F1 ATP synthase subunit delta  28.57 
 
 
183 aa  74.7  0.0000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.279079  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2620  F0F1 ATP synthase subunit delta  26.67 
 
 
184 aa  74.3  0.0000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2760  ATP synthase F1, delta subunit  30.18 
 
 
187 aa  73.9  0.000000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1715  ATP synthase F1, delta subunit  28.57 
 
 
182 aa  74.3  0.000000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.0000459398  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3733  ATP synthase F1, delta subunit  29.55 
 
 
177 aa  73.2  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1491  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.59 
 
 
185 aa  73.2  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.154194  normal  0.935253 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_15711  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.94 
 
 
182 aa  73.2  0.000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.572565  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>