More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2089 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2089  ATP synthase F1, delta subunit  100 
 
 		 217 aa  426  1e-118  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.449472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1046  ATP synthase F1, delta subunit  63.98 
 
 		 186 aa  231  9e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2937  ATP synthase delta chain  59.14 
 
 		 186 aa  210  1e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.213023  normal  0.0695694 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2296  ATPase, delta (OSCP) subunit  55.91 
 
 		 186 aa  201  7e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0971  ATP synthase F1, delta subunit  55.91 
 
 		 186 aa  201  7e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3815  ATP synthase F1, delta subunit  52.36 
 
 		 211 aa  189  2.9999999999999997e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2204  ATP synthase F1, delta subunit  54.84 
 
 		 186 aa  186  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1735  F0F1 ATP synthase subunit delta  48.92 
 
 		 186 aa  175  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1802  F0F1 ATP synthase subunit delta  48.39 
 
 		 186 aa  173  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.145572  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1223  F0F1 ATP synthase subunit delta  48.02 
 
 		 186 aa  167  7e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1102  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.31 
 
 		 186 aa  167  1e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3944  F0F1 ATP synthase subunit delta  44.09 
 
 		 188 aa  162  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.754294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0268  F0F1 ATP synthase subunit delta  49.19 
 
 		 186 aa  162  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.397097 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4110  F0F1 ATP synthase subunit delta  45.79 
 
 		 193 aa  160  1e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3655  F0F1 ATP synthase subunit delta  43.55 
 
 		 188 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0556  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.03 
 
 		 186 aa  157  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0985785 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0533  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.19 
 
 		 186 aa  157  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2925  F0F1 ATP synthase subunit delta  43.55 
 
 		 188 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0174  F0F1 ATP synthase subunit delta  46.49 
 
 		 186 aa  155  4e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3215  F0F1 ATP synthase subunit delta  47.75 
 
 		 180 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.270872  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2077  ATP synthase F1, delta subunit  43.89 
 
 		 201 aa  152  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.589931  normal  0.284736 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0429  F0F1 ATP synthase subunit delta  44.94 
 
 		 186 aa  150  2e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1462  ATP synthase F1, delta subunit  46.02 
 
 		 194 aa  148  6e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.47648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0177  F0F1 ATP synthase subunit delta  44.32 
 
 		 186 aa  148  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0405  F0F1 ATP synthase subunit delta  43.82 
 
 		 186 aa  145  6e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.973166  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2399  F0F1 ATP synthase subunit delta  43.01 
 
 		 190 aa  141  9e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0620  F0F1 ATP synthase subunit delta  45.25 
 
 		 184 aa  137  2e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7383  ATP synthase F1, delta subunit  40.98 
 
 		 190 aa  134  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.705381  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1468  ATP synthase F1, delta subunit  40.91 
 
 		 189 aa  132  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.260461 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6638  ATP synthase F1, delta subunit  40.44 
 
 		 190 aa  131  9e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0504113 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0606  ATP synthase F1, delta subunit  41.76 
 
 		 190 aa  129  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.226386  normal  0.552551 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1747  ATP synthase F1, delta subunit  38.07 
 
 		 189 aa  129  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.409884  normal  0.151346 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1469  ATP synthase F1, delta subunit  37.5 
 
 		 179 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.128586 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0221  ATP synthase F1, delta subunit  40.1 
 
 		 190 aa  124  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.1203 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0111  ATP synthase F1, delta subunit  35.75 
 
 		 194 aa  122  3e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1316  ATP synthase F1, delta subunit  39.66 
 
 		 198 aa  121  9e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.665716 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1678  ATP synthase F1, delta subunit  38.07 
 
 		 197 aa  117  9e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0340  ATP synthase F1, delta subunit  39.34 
 
 		 188 aa  116  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00843718 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4741  ATP synthase F1, delta subunit  41.76 
 
 		 196 aa  115  5e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.403531  hitchhiker  0.00506687 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2805  ATP synthase F1, delta subunit  39.33 
 
 		 179 aa  105  5e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.365033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3461  ATP synthase F1, delta subunit  35.26 
 
 		 179 aa  103  2e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.330748  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2215  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.14 
 
 		 179 aa  97.4  1e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.169697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3153  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.1 
 
 		 181 aa  95.1  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4498  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.02 
 
 		 179 aa  94.4  1e-18  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0548987 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4750  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.1 
 
 		 177 aa  93.2  2e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3306  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.1 
 
 		 178 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00728321  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3953  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.89 
 
 		 180 aa  92.8  3e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0498007  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0600  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.03 
 
 		 183 aa  92.8  4e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000223  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2590  ATP synthase F1, delta subunit  36.09 
 
 		 178 aa  92  5e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.570122  normal  0.0802262 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6065  ATP synthase F1, delta subunit  29.65 
 
 		 179 aa  92.4  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4038  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.89 
 
 		 180 aa  91.7  7e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00667961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4133  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.95 
 
 		 177 aa  90.9  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0221987  normal  0.0205692 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4351  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.51 
 
 		 193 aa  90.5  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4020  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.95 
 
 		 177 aa  90.5  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183968  normal  0.914332 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0110  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.9 
 
 		 180 aa  90.1  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2612  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.32 
 
 		 183 aa  89.7  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.279079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3409  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.78 
 
 		 180 aa  89.7  3e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0895663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3418  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.46 
 
 		 178 aa  89.7  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0080  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.28 
 
 		 182 aa  89.4  3e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5416  F0F1 ATP synthase subunit delta  36.42 
 
 		 178 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.952329  hitchhiker  0.000678034 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0059  ATP synthase F1, delta subunit  33.52 
 
 		 177 aa  89.4  4e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5434  F0F1 ATP synthase subunit delta  36.42 
 
 		 178 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3928  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.95 
 
 		 177 aa  89.4  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0640299  hitchhiker  0.00610121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5298  F0F1 ATP synthase subunit delta  36.42 
 
 		 178 aa  89.4  4e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243387  normal  0.15096 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2244  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.95 
 
 		 180 aa  89.4  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4506  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.89 
 
 		 179 aa  89  5e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4168  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.55 
 
 		 182 aa  88.6  6e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0816987  normal  1 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06287  ATP synthase oligomycin sensitivity conferral protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G12400)  31.09 
 
 		 227 aa  88.2  8e-17  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.822341  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2192  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.64 
 
 		 183 aa  87.8  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0066  ATP synthase F1, delta subunit  33.33 
 
 		 179 aa  87.4  1e-16  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2140  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.46 
 
 		 182 aa  87  2e-16  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4901  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.21 
 
 		 177 aa  87  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00369053  normal  0.260895 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5203  F0F1 ATP synthase subunit delta  35.84 
 
 		 178 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.021535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4489  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.21 
 
 		 177 aa  85.9  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0316955  hitchhiker  0.00000555813 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4368  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.79 
 
 		 177 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0261207  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4510  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.79 
 
 		 177 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0612769  normal  0.0259653 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4369  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.79 
 
 		 177 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00752836  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4487  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.31 
 
 		 179 aa  85.5  6e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4313  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.79 
 
 		 177 aa  85.5  6e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.324517  hitchhiker  0.0000000000831878 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52190  F1 sector of membrane-bound ATP synthase, delta subunit  31.61 
 
 		 178 aa  84.3  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2872  F0F1 ATP synthase subunit delta  34.64 
 
 		 179 aa  84.7  0.000000000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6359  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.33 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.399454  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3848  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.64 
 
 		 177 aa  84  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000255174 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3308  H(+)-transporting two-sector ATPase  32.14 
 
 		 178 aa  84  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.276301  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3828  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.06 
 
 		 180 aa  84  0.000000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2433  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.56 
 
 		 178 aa  83.6  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270416  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73280  F0F1 ATP synthase subunit delta  33.33 
 
 		 178 aa  83.2  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0988  F0F1 ATP synthase subunit delta  31.43 
 
 		 183 aa  82.8  0.000000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0577519  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0067  F0F1 ATP synthase subunit delta  29.59 
 
 		 179 aa  82.4  0.000000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0741932  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5602  ATP synthase F1, delta subunit  32.18 
 
 		 178 aa  82  0.000000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4260  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.01 
 
 		 180 aa  82  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0260987  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3077  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.16 
 
 		 178 aa  82  0.000000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.26673  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3739  ATP synthase F1, delta subunit  28.57 
 
 		 182 aa  82  0.000000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5124  F0F1 ATP synthase subunit delta  32.18 
 
 		 178 aa  81.6  0.000000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.346499  normal  0.863545 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4243  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.06 
 
 		 177 aa  80.9  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000376424  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3363  F0F1 ATP synthase subunit delta  27.84 
 
 		 184 aa  81.3  0.00000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.19453  n/a   
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_44603  predicted protein  29.82 
 
 		 220 aa  80.9  0.00000000000001  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002027  ATP synthase delta chain  32.18 
 
 		 177 aa  80.5  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.002001  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3878  ATP synthase F1, delta subunit  30.95 
 
 		 178 aa  79.7  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.0000205385  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3959  F0F1 ATP synthase subunit delta  30.64 
 
 		 177 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.307164  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>