More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0186 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3972  amidohydrolase 3  79.42 
 
 		 625 aa  1055    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1344  hypothetical protein  60.23 
 
 		 603 aa  735    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5252  amidohydrolase 3  62.96 
 
 		 660 aa  809    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0239  hypothetical protein  63.71 
 
 		 612 aa  805    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1556  amidohydrolase 3  77.14 
 
 		 632 aa  1004    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3163  hypothetical protein  55.17 
 
 		 611 aa  715    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0639606  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6132  Amidohydrolase 3  59.42 
 
 		 626 aa  736    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3154  amidohydrolase family protein  55.01 
 
 		 611 aa  709    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2392  Amidohydrolase 3  94.09 
 
 		 626 aa  1234    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.333971  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0221  amidohydrolase 3  63.12 
 
 		 660 aa  810    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.891557 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5592  amidohydrolase 3  77.4 
 
 		 630 aa  1003    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2919  metal-dependent hydrolase  55.17 
 
 		 613 aa  716    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0520  Amidohydrolase 3  60.03 
 
 		 602 aa  752    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.47909  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42330  Metallo-dependent hydrolase  64.46 
 
 		 656 aa  820    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5594  hypothetical protein  86.88 
 
 		 625 aa  1128    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.567248  normal  0.326488 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4849  hypothetical protein  73.52 
 
 		 622 aa  953    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.294585  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5470  Amidohydrolase 3  85.14 
 
 		 629 aa  1100    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.660952  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0321  Amidohydrolase 3  58.25 
 
 		 631 aa  779    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1987  RC145  82.05 
 
 		 632 aa  1070    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.361708  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1966  hypothetical protein  63 
 
 		 612 aa  801    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5162  amidohydrolase 3  63.12 
 
 		 660 aa  808    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.264552  normal  0.0989014 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4539  metal-dependent hydrolase  77.72 
 
 		 629 aa  1009    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.294261 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3976  hypothetical protein  65.27 
 
 		 659 aa  827    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.156078  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3142  Amidohydrolase 3  83.47 
 
 		 629 aa  1057    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0186  amidohydrolase-like  100 
 
 		 625 aa  1290    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4811  amidohydrolase 3  65.99 
 
 		 634 aa  840    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2388  hypothetical protein  59.58 
 
 		 626 aa  737    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0184  hypothetical protein  80.13 
 
 		 630 aa  1040    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.372497  normal  0.380648 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1374  amidohydrolase 3  77.56 
 
 		 629 aa  982    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.12393  normal  0.0753754 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5721  amidohydrolase 3  61.8 
 
 		 626 aa  754    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.932631  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5313  hypothetical protein  72 
 
 		 621 aa  936    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.052467  normal  0.69768 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2664  amidohydrolase 3  63.45 
 
 		 660 aa  799    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2086  amidohydrolase family protein  55.02 
 
 		 611 aa  708    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0689  metal-dependent hydrolase  82.05 
 
 		 632 aa  1069    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.342967  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0914  amidohydrolase 3  77.4 
 
 		 629 aa  982    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.523901  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1485  amidohydrolase 3  77.72 
 
 		 629 aa  989    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3177  amidohydrolase family protein  54.85 
 
 		 611 aa  713    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1307  amidohydrolase 3  77.24 
 
 		 630 aa  999    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.318524 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5305  amidohydrolase 3  63.61 
 
 		 660 aa  812    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.683105 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7010  amidohydrolase 3  77.88 
 
 		 629 aa  991    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0816572 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1274  amidohydrolase 3  69.55 
 
 		 658 aa  891    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1273  amidohydrolase 3  77.08 
 
 		 630 aa  986    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5808  amidohydrolase 3  77.08 
 
 		 630 aa  985    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.800296 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5825  amidohydrolase 3  55 
 
 		 643 aa  636    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29230  hypothetical protein  64.94 
 
 		 612 aa  827    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1396  amidohydrolase 3  77.56 
 
 		 629 aa  984    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0598  amidohydrolase family protein  82.05 
 
 		 632 aa  1070    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6344  amidohydrolase 3  77.72 
 
 		 629 aa  989    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.438218  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1336  amidohydrolase 3  65.59 
 
 		 626 aa  830    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.370528 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3507  amidohydrolase 3  67.1 
 
 		 619 aa  872    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.379983 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1668  Amidohydrolase 3  79.78 
 
 		 660 aa  1061    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.6106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2334  Amidohydrolase 3  61.45 
 
 		 656 aa  753    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2383  amidohydrolase 3  55.95 
 
 		 655 aa  708    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.426658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0760  amidohydrolase 3  81.51 
 
 		 630 aa  1065    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.478777 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5608  amidohydrolase 3  55.11 
 
 		 626 aa  633  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0446868  normal  0.586515 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3389  Amidohydrolase 3  52.2 
 
 		 591 aa  600  1e-170  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.436297  normal  0.809006 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4274  amidohydrolase 3  50.97 
 
 		 595 aa  590  1e-167  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.209865  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2946  metal-dependent hydrolase with TIM-barrel fold, C-terminus  55.45 
 
 		 487 aa  580  1e-164  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.1515  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7017  amidohydrolase 3  52.99 
 
 		 629 aa  544  1e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0592148 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1477  amidohydrolase 3  53.36 
 
 		 661 aa  543  1e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.272178  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5457  Amidohydrolase 3  48.86 
 
 		 593 aa  543  1e-153  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.330446 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6351  amidohydrolase 3  53.36 
 
 		 661 aa  542  1e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.056207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0066  amidohydrolase 3  45.57 
 
 		 618 aa  512  1e-144  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6793  Amidohydrolase 3  47.08 
 
 		 546 aa  480  1e-134  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.548795 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0124  Amidohydrolase 3  37.8 
 
 		 557 aa  322  9.999999999999999e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.194416  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1702  putative amidohydrolase family  32.9 
 
 		 566 aa  264  3e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0262541  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1581  putative amidohydrolase family  32.72 
 
 		 566 aa  263  8.999999999999999e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.737211 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1640  putative amidohydrolase family  32.72 
 
 		 566 aa  261  2e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.376431  normal  0.936326 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1571  putative amidohydrolase family  32.53 
 
 		 566 aa  261  3e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0884579 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1871  putative amidohydrolase family protein  32.35 
 
 		 566 aa  258  2e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0576549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1934  Amidohydrolase 3  28.35 
 
 		 557 aa  200  6e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3443  amidohydrolase 3  29.4 
 
 		 556 aa  167  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.6586 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3171  amidohydrolase 3  25.8 
 
 		 539 aa  166  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.180837  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0803  Amidohydrolase 3  26.08 
 
 		 564 aa  155  1e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.379476 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1441  amidohydrolase 3  28.65 
 
 		 583 aa  155  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.822576  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3333  amidohydrolase 3  27.7 
 
 		 538 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.827227 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7493  amidohydrolase family  28.37 
 
 		 564 aa  150  7e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0605616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1859  amidohydrolase 3  27.24 
 
 		 549 aa  149  2.0000000000000003e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.909827 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3865  Amidohydrolase 3  28.17 
 
 		 535 aa  147  6e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2289  amidohydrolase 3  29.09 
 
 		 579 aa  146  1e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1321  Amidohydrolase 3  26.92 
 
 		 532 aa  144  6e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000608926 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3353  amidohydrolase 3  26.4 
 
 		 583 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.742336  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5168  amidohydrolase 3  27.77 
 
 		 541 aa  140  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.54245 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4653  putative metal-dependent amidohydrolase with the TIM-barrel fold  28.04 
 
 		 560 aa  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.707824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0005  twin-arginine translocation pathway signal  27.08 
 
 		 584 aa  139  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6181  putative amidohydrolase  27.03 
 
 		 542 aa  139  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0743865  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0032  Amidohydrolase 3  25.14 
 
 		 527 aa  138  3.0000000000000003e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2070  amidohydrolase 3  25.79 
 
 		 560 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2366  Amidohydrolase 3  27.13 
 
 		 553 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.662277  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3346  amidohydrolase family  25.35 
 
 		 568 aa  134  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2609  amidohydrolase 3  27.35 
 
 		 548 aa  134  6e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.506547 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1172  hypothetical protein  26.76 
 
 		 560 aa  133  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0178452  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2427  amidohydrolase 3  25.53 
 
 		 543 aa  133  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0799616  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3788  amidohydrolase 3  26.35 
 
 		 543 aa  132  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3417  Amidohydrolase 3  41.94 
 
 		 545 aa  132  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.151731 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3052  amidohydrolase 3  36.8 
 
 		 546 aa  132  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.35545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1075  exoenzymes regulatory protein aepa  26.83 
 
 		 543 aa  131  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00663021  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3458  hypothetical protein  26.21 
 
 		 601 aa  130  7.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.55725  normal  0.0698709 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4594  putative secreted protein  28.01 
 
 		 522 aa  130  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.693564  normal  0.0479417 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3242  amidohydrolase 3  23.87 
 
 		 573 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.077662  normal  0.0113117 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>