More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3708 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1680  sensor protein PhoQ  97.32 
 
 		 448 aa  855    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3708  sensor histidine kinase  100 
 
 		 448 aa  902    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642299  hitchhiker  0.00152873 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4239  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  75.39 
 
 		 450 aa  679    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1217  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.79 
 
 		 448 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  71.24 
 
 		 448 aa  581  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  70.56 
 
 		 448 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1199  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  71.24 
 
 		 448 aa  580  1e-164  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2975  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.54 
 
 		 460 aa  509  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4199  two-component sensor PhoQ  65.17 
 
 		 448 aa  506  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49170  two-component sensor PhoQ  65.17 
 
 		 448 aa  508  9.999999999999999e-143  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000325542 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3354  ribose 5-phosphate isomerase  33.04 
 
 		 456 aa  239  8e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000158163  normal  0.115638 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0167  histidine kinase  37.39 
 
 		 429 aa  228  2e-58  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1131  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.63 
 
 		 442 aa  222  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1389  sensor protein PhoQ  32.05 
 
 		 470 aa  218  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.812387  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.36 
 
 		 449 aa  216  8e-55  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1642  sensor protein PhoQ  32.2 
 
 		 487 aa  216  8e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1954  sensor protein PhoQ  32.43 
 
 		 487 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.443264  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1331  sensor protein PhoQ  32.43 
 
 		 487 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0246748  normal  0.298422 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1723  ATPase domain-containing protein  38.99 
 
 		 449 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124766 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1347  sensor protein PhoQ  32.43 
 
 		 487 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1309  sensor protein PhoQ  32.43 
 
 		 487 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2136  sensor protein PhoQ  32.43 
 
 		 487 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.062219 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2502  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.02 
 
 		 449 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2349  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.54 
 
 		 449 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000892956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.31 
 
 		 451 aa  211  2e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 449 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796582  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2615  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 449 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0121943 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1654  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.68 
 
 		 449 aa  210  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689547  hitchhiker  0.00033988 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1579  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.68 
 
 		 449 aa  210  4e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.15351 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01127  sensory histidine kinase in two-compoent regulatory system with PhoP  31.14 
 
 		 486 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01135  hypothetical protein  31.14 
 
 		 486 aa  210  5e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2474  sensor protein PhoQ  31.14 
 
 		 486 aa  209  7e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.701623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1249  sensor protein PhoQ  31.14 
 
 		 486 aa  209  7e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0281  sensor histidine kinase  30.69 
 
 		 475 aa  208  1e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.012454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3247  sensor histidine kinase  34.19 
 
 		 469 aa  209  1e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2150  sensor protein PhoQ  33.19 
 
 		 486 aa  208  1e-52  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0666594  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2518  histidine kinase  30.93 
 
 		 486 aa  208  2e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.208145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1292  sensor protein PhoQ  30.93 
 
 		 486 aa  208  2e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1307  sensor protein PhoQ  30.93 
 
 		 486 aa  208  2e-52  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1849  histidine kinase  37.11 
 
 		 449 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00571096  hitchhiker  0.00108599 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1945  sensor protein PhoQ  38.68 
 
 		 449 aa  207  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1996  sensor protein PhoQ  30.93 
 
 		 486 aa  207  3e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.687103 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1745  histidine kinase  38.99 
 
 		 450 aa  206  6e-52  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000105534  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.96 
 
 		 454 aa  206  7e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0442368  normal  0.692011 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2841  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.09 
 
 		 445 aa  206  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1590  sensor protein PhoQ  30.51 
 
 		 486 aa  204  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000452252 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1865  sensor protein PhoQ  32.48 
 
 		 484 aa  205  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2067  sensor protein PhoQ  32.77 
 
 		 483 aa  205  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.194184  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1607  sensor protein PhoQ  41.2 
 
 		 484 aa  203  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3304  sensor histidine kinase  34.08 
 
 		 466 aa  202  7e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3909  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 		 454 aa  202  7e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000571443  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2805  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 449 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00328953  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1938  sensor protein PhoQ  32.43 
 
 		 483 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.64 
 
 		 454 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00854299  decreased coverage  0.0034747 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02837  two-component system sensor protein required for AvrXa21activity H2 (raxH2)  33.48 
 
 		 456 aa  201  3e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2012  sensor protein PhoQ  41.73 
 
 		 485 aa  200  3.9999999999999996e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0783662 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3853  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 		 454 aa  199  6e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4648  sensor histidine kinase  30.38 
 
 		 454 aa  199  7e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1541  sensor protein PhoQ  38.36 
 
 		 450 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2856  sensor protein PhoQ  40.82 
 
 		 484 aa  199  1.0000000000000001e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1714  sensor protein PhoQ  40.82 
 
 		 468 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 454 aa  198  2.0000000000000003e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0526543  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02298  sensor histidine kinase  32.46 
 
 		 443 aa  196  5.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4026  ATPase domain-containing protein  31.87 
 
 		 454 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0243  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.75 
 
 		 440 aa  196  9e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4141  histidine kinase  31.14 
 
 		 454 aa  196  1e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2487  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.94 
 
 		 450 aa  192  7e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1841  two-component system, sensor protein  33.48 
 
 		 482 aa  192  1e-47  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775188  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1263  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.06 
 
 		 474 aa  192  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000081586  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1772  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.26 
 
 		 482 aa  190  4e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.480782  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2936  histidine kinase  28.49 
 
 		 517 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00120898  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3381  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.8 
 
 		 466 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00620745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.42 
 
 		 475 aa  179  8e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3684  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.66 
 
 		 455 aa  177  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.714122  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2696  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.09 
 
 		 484 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000110077  normal  0.128468 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.25 
 
 		 443 aa  176  9.999999999999999e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1957  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 		 443 aa  174  3.9999999999999995e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0083917  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003785  signal transduction histidine kinase  31.73 
 
 		 441 aa  169  9e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0077957  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02659  hypothetical protein  32.38 
 
 		 449 aa  162  1e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.72 
 
 		 459 aa  161  2e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29740  putative two-component sensor  38.17 
 
 		 445 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1948  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 		 439 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.014264 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1245  sensor histidine kinase  34.71 
 
 		 462 aa  152  1e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000271676  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2544  putative two-component sensor  38.58 
 
 		 444 aa  150  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0961662  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.58 
 
 		 463 aa  149  1.0000000000000001e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5572  putative two-component sensor histidine kinase  37.89 
 
 		 471 aa  147  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.118515 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.22 
 
 		 463 aa  147  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0631  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.41 
 
 		 459 aa  144  3e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0181536  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.34 
 
 		 439 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0848259  normal  0.136137 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0659  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.02 
 
 		 441 aa  141  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000460347  hitchhiker  0.000037431 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1434  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 		 465 aa  140  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3512  histidine kinase  35.27 
 
 		 441 aa  141  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00937623  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.93 
 
 		 439 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.98279  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1359  two component sensor kinase  29.24 
 
 		 471 aa  140  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.316901  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3453  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.82 
 
 		 464 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3068  putative two-component sensor histidine kinase  28.6 
 
 		 458 aa  140  7e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.691387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1684  histidine kinase  29.71 
 
 		 471 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1409  ATPase domain-containing protein  29.71 
 
 		 471 aa  139  8.999999999999999e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.137041 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1978  signal transduction protein, histidine kinase  26 
 
 		 444 aa  139  1e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.16 
 
 		 471 aa  139  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.102052 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>