More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_1131 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_1131  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 442 aa  901    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3247  sensor histidine kinase  64.88 
 
 		 469 aa  546  1e-154  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0281  sensor histidine kinase  58.67 
 
 		 475 aa  546  1e-154  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.012454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.73 
 
 		 454 aa  541  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0442368  normal  0.692011 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4141  histidine kinase  59.73 
 
 		 454 aa  522  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.73 
 
 		 454 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0526543  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1263  ATP-binding region, ATPase-like protein  58.21 
 
 		 474 aa  518  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000081586  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3853  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  59.95 
 
 		 454 aa  509  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4648  sensor histidine kinase  58.82 
 
 		 454 aa  486  1e-136  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4026  ATPase domain-containing protein  59.28 
 
 		 454 aa  486  1e-136  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  59.05 
 
 		 454 aa  482  1e-135  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00854299  decreased coverage  0.0034747 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3909  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  59.05 
 
 		 454 aa  483  1e-135  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000571443  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2936  histidine kinase  51.9 
 
 		 517 aa  479  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00120898  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2696  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  54.68 
 
 		 484 aa  473  1e-132  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000110077  normal  0.128468 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3381  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  60 
 
 		 466 aa  471  1.0000000000000001e-131  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00620745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3304  sensor histidine kinase  48.86 
 
 		 466 aa  427  1e-118  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1389  sensor protein PhoQ  50.33 
 
 		 470 aa  415  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.812387  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2841  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 		 445 aa  293  6e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02298  sensor histidine kinase  37.36 
 
 		 443 aa  290  3e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3354  ribose 5-phosphate isomerase  34 
 
 		 456 aa  268  1e-70  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000158163  normal  0.115638 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02837  two-component system sensor protein required for AvrXa21activity H2 (raxH2)  31.94 
 
 		 456 aa  240  2.9999999999999997e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1841  two-component system, sensor protein  31.24 
 
 		 482 aa  239  5.999999999999999e-62  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775188  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.35 
 
 		 475 aa  238  1e-61  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1772  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 		 482 aa  237  4e-61  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.480782  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0167  histidine kinase  32.74 
 
 		 429 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.93 
 
 		 443 aa  233  6e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3684  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.48 
 
 		 455 aa  222  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.714122  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3708  sensor histidine kinase  32.89 
 
 		 448 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642299  hitchhiker  0.00152873 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1957  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.89 
 
 		 443 aa  220  3e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0083917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1680  sensor protein PhoQ  32.89 
 
 		 448 aa  217  4e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4239  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 		 450 aa  216  7e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.74 
 
 		 448 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1217  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.29 
 
 		 448 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 		 448 aa  211  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1199  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.3 
 
 		 448 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2975  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 		 460 aa  202  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0243  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.62 
 
 		 440 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1996  sensor protein PhoQ  30.33 
 
 		 486 aa  195  1e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.687103 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2518  histidine kinase  30.12 
 
 		 486 aa  193  5e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.208145  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1292  sensor protein PhoQ  30.12 
 
 		 486 aa  193  5e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1307  sensor protein PhoQ  30.12 
 
 		 486 aa  193  5e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01127  sensory histidine kinase in two-compoent regulatory system with PhoP  30.12 
 
 		 486 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01135  hypothetical protein  30.12 
 
 		 486 aa  192  8e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2349  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.46 
 
 		 449 aa  192  1e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000892956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1590  sensor protein PhoQ  30.12 
 
 		 486 aa  192  1e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000452252 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.42 
 
 		 459 aa  192  1e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1249  sensor protein PhoQ  29.92 
 
 		 486 aa  191  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2474  sensor protein PhoQ  29.92 
 
 		 486 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.701623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1607  sensor protein PhoQ  30.6 
 
 		 484 aa  190  5e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1642  sensor protein PhoQ  29.59 
 
 		 487 aa  189  5.999999999999999e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1347  sensor protein PhoQ  29.65 
 
 		 487 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1309  sensor protein PhoQ  29.65 
 
 		 487 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2136  sensor protein PhoQ  29.65 
 
 		 487 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.062219 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1331  sensor protein PhoQ  29.65 
 
 		 487 aa  189  7e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0246748  normal  0.298422 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2856  sensor protein PhoQ  30.39 
 
 		 484 aa  187  3e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1954  sensor protein PhoQ  29.23 
 
 		 487 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.443264  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1714  sensor protein PhoQ  30.74 
 
 		 468 aa  187  4e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1938  sensor protein PhoQ  28.95 
 
 		 483 aa  186  7e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.78 
 
 		 451 aa  184  4.0000000000000006e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2805  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.4 
 
 		 449 aa  182  7e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00328953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1745  histidine kinase  34.47 
 
 		 450 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000105534  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.37 
 
 		 449 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796582  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2615  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.37 
 
 		 449 aa  176  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0121943 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1849  histidine kinase  34.37 
 
 		 449 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00571096  hitchhiker  0.00108599 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2502  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.37 
 
 		 449 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3068  putative two-component sensor histidine kinase  27.25 
 
 		 458 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.691387  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1541  sensor protein PhoQ  33.81 
 
 		 450 aa  173  5e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2012  sensor protein PhoQ  31.67 
 
 		 485 aa  172  9e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0783662 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2067  sensor protein PhoQ  27.59 
 
 		 483 aa  172  9e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.194184  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4199  two-component sensor PhoQ  30.55 
 
 		 448 aa  172  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.57 
 
 		 449 aa  171  2e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1723  ATPase domain-containing protein  34.67 
 
 		 449 aa  170  4e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124766 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49170  two-component sensor PhoQ  30.11 
 
 		 448 aa  170  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000325542 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1654  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 		 449 aa  169  8e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689547  hitchhiker  0.00033988 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0631  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.84 
 
 		 459 aa  169  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0181536  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1579  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.06 
 
 		 449 aa  168  2e-40  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.15351 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003785  signal transduction histidine kinase  29.89 
 
 		 441 aa  168  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0077957  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1945  sensor protein PhoQ  34.67 
 
 		 449 aa  167  4e-40  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1865  sensor protein PhoQ  36.19 
 
 		 484 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02659  hypothetical protein  28.26 
 
 		 449 aa  164  3e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2150  sensor protein PhoQ  34.96 
 
 		 486 aa  164  3e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0666594  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.06 
 
 		 463 aa  163  5.0000000000000005e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3453  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.07 
 
 		 464 aa  160  4e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.76 
 
 		 463 aa  160  6e-38  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1434  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.91 
 
 		 465 aa  159  9e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0895  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.39 
 
 		 461 aa  159  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2487  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 		 450 aa  158  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1948  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 		 439 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.014264 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 		 471 aa  154  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.102052 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.1 
 
 		 472 aa  154  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000206747 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1409  ATPase domain-containing protein  26.7 
 
 		 471 aa  153  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.137041 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1684  histidine kinase  26.7 
 
 		 471 aa  153  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1831  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.43 
 
 		 458 aa  153  8e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0398387  normal  0.55748 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1188  Signal transduction histidine kinase  30.07 
 
 		 465 aa  152  1e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4435  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 		 490 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.713299 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29740  putative two-component sensor  33.85 
 
 		 445 aa  149  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1998  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.59 
 
 		 465 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.374305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1355  Signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 		 441 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2544  putative two-component sensor  27.07 
 
 		 444 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0961662  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0435  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.68 
 
 		 481 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.711544 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>