More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1187 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 448 aa  889    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1199  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  90.62 
 
 		 448 aa  745    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4239  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  74.38 
 
 		 450 aa  650    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  95.98 
 
 		 448 aa  784    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1217  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  98.88 
 
 		 448 aa  880    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1680  sensor protein PhoQ  71.24 
 
 		 448 aa  617  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3708  sensor histidine kinase  70.56 
 
 		 448 aa  617  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642299  hitchhiker  0.00152873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4199  two-component sensor PhoQ  67.87 
 
 		 448 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49170  two-component sensor PhoQ  67.42 
 
 		 448 aa  537  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000325542 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2975  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  63.21 
 
 		 460 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3354  ribose 5-phosphate isomerase  33.92 
 
 		 456 aa  239  6.999999999999999e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000158163  normal  0.115638 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01127  sensory histidine kinase in two-compoent regulatory system with PhoP  33.97 
 
 		 486 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01135  hypothetical protein  33.97 
 
 		 486 aa  233  4.0000000000000004e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2474  sensor protein PhoQ  33.97 
 
 		 486 aa  232  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.701623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1249  sensor protein PhoQ  33.97 
 
 		 486 aa  232  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2518  histidine kinase  33.76 
 
 		 486 aa  231  2e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.208145  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1996  sensor protein PhoQ  33.76 
 
 		 486 aa  231  2e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.687103 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1307  sensor protein PhoQ  33.76 
 
 		 486 aa  231  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1292  sensor protein PhoQ  33.76 
 
 		 486 aa  231  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0167  histidine kinase  37.16 
 
 		 429 aa  229  8e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1590  sensor protein PhoQ  33.55 
 
 		 486 aa  229  1e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000452252 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.46 
 
 		 454 aa  227  3e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0442368  normal  0.692011 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1331  sensor protein PhoQ  33.62 
 
 		 487 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0246748  normal  0.298422 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1309  sensor protein PhoQ  33.62 
 
 		 487 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1347  sensor protein PhoQ  33.62 
 
 		 487 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2136  sensor protein PhoQ  33.62 
 
 		 487 aa  226  5.0000000000000005e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.062219 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1954  sensor protein PhoQ  33.62 
 
 		 487 aa  226  6e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.443264  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1642  sensor protein PhoQ  33.33 
 
 		 487 aa  224  2e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1131  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 		 442 aa  224  2e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4648  sensor histidine kinase  32.31 
 
 		 454 aa  224  3e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2349  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.29 
 
 		 449 aa  219  7.999999999999999e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000892956  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2067  sensor protein PhoQ  32.91 
 
 		 483 aa  218  1e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.194184  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2012  sensor protein PhoQ  33.33 
 
 		 485 aa  218  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0783662 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1938  sensor protein PhoQ  33.33 
 
 		 483 aa  218  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 		 454 aa  217  2.9999999999999998e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0526543  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4141  histidine kinase  31.42 
 
 		 454 aa  217  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.24 
 
 		 451 aa  216  8e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02298  sensor histidine kinase  33.7 
 
 		 443 aa  216  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1607  sensor protein PhoQ  32.22 
 
 		 484 aa  216  9e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3909  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 		 454 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000571443  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4026  ATPase domain-containing protein  32.09 
 
 		 454 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.87 
 
 		 454 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00854299  decreased coverage  0.0034747 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2502  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 		 449 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1389  sensor protein PhoQ  29.7 
 
 		 470 aa  212  1e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.812387  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2150  sensor protein PhoQ  33.96 
 
 		 486 aa  212  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0666594  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3853  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.65 
 
 		 454 aa  212  1e-53  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2841  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.78 
 
 		 445 aa  210  3e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1723  ATPase domain-containing protein  32.9 
 
 		 449 aa  210  4e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124766 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1849  histidine kinase  31.45 
 
 		 449 aa  210  4e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00571096  hitchhiker  0.00108599 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1865  sensor protein PhoQ  33.33 
 
 		 484 aa  210  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2856  sensor protein PhoQ  32.02 
 
 		 484 aa  210  5e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2615  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 		 449 aa  209  9e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0121943 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.59 
 
 		 449 aa  209  9e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796582  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1654  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 		 449 aa  209  9e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689547  hitchhiker  0.00033988 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1579  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.54 
 
 		 449 aa  208  1e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.15351 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.89 
 
 		 449 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1714  sensor protein PhoQ  42.01 
 
 		 468 aa  207  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3304  sensor histidine kinase  33.18 
 
 		 466 aa  206  1e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0281  sensor histidine kinase  30.52 
 
 		 475 aa  204  2e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.012454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1745  histidine kinase  35.31 
 
 		 450 aa  201  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000105534  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2805  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.34 
 
 		 449 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00328953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3247  sensor histidine kinase  32.03 
 
 		 469 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098482  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0243  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.56 
 
 		 440 aa  198  2.0000000000000003e-49  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1945  sensor protein PhoQ  34.7 
 
 		 449 aa  197  3e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02837  two-component system sensor protein required for AvrXa21activity H2 (raxH2)  32.03 
 
 		 456 aa  194  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1841  two-component system, sensor protein  32.61 
 
 		 482 aa  193  6e-48  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775188  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1772  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 		 482 aa  191  2e-47  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.480782  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1541  sensor protein PhoQ  34.72 
 
 		 450 aa  189  9e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3381  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.49 
 
 		 466 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00620745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2696  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.99 
 
 		 484 aa  187  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000110077  normal  0.128468 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2487  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.34 
 
 		 450 aa  186  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.61 
 
 		 443 aa  186  6e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003785  signal transduction histidine kinase  31.02 
 
 		 441 aa  185  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0077957  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1263  ATP-binding region, ATPase-like protein  28.85 
 
 		 474 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000081586  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3684  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.45 
 
 		 455 aa  185  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.714122  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1245  sensor histidine kinase  33.25 
 
 		 462 aa  182  9.000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000271676  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.7 
 
 		 459 aa  182  1e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2936  histidine kinase  29.1 
 
 		 517 aa  182  1e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00120898  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 		 475 aa  177  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1957  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.76 
 
 		 443 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0083917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02659  hypothetical protein  30.7 
 
 		 449 aa  174  3.9999999999999995e-42  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5129  putative two-component sensor histidine kinase  29.09 
 
 		 448 aa  158  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.60361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5572  putative two-component sensor histidine kinase  31.8 
 
 		 471 aa  158  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.118515 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1978  signal transduction protein, histidine kinase  27.31 
 
 		 444 aa  157  3e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.85 
 
 		 472 aa  155  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000206747 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0649  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.18 
 
 		 442 aa  155  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000150109  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.76 
 
 		 460 aa  154  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.378674  normal  0.194122 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3415  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 		 442 aa  153  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.147478  normal  0.210462 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0615  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.95 
 
 		 442 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.27687  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0614  ATPase domain-containing protein  28.95 
 
 		 442 aa  152  1e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.617782  normal  0.375325 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3693  histidine kinase  28.51 
 
 		 442 aa  152  2e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0575  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 		 442 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.139912  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 		 463 aa  152  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29740  putative two-component sensor  36.68 
 
 		 445 aa  151  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0604  sensor histidine kinase  29.98 
 
 		 436 aa  150  4e-35  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3750  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.29 
 
 		 442 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1434  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.32 
 
 		 465 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0895  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.74 
 
 		 461 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3876  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.51 
 
 		 442 aa  149  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.213045  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3059  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.29 
 
 		 453 aa  149  1.0000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>