More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1865 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1938  sensor protein PhoQ  76.97 
 
 		 483 aa  763    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2067  sensor protein PhoQ  78.33 
 
 		 483 aa  770    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.194184  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2012  sensor protein PhoQ  67.84 
 
 		 485 aa  667    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0783662 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2150  sensor protein PhoQ  95.03 
 
 		 486 aa  927    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0666594  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1865  sensor protein PhoQ  100 
 
 		 484 aa  989    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1714  sensor protein PhoQ  67.1 
 
 		 468 aa  645    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2856  sensor protein PhoQ  67.52 
 
 		 484 aa  662    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1607  sensor protein PhoQ  67.73 
 
 		 484 aa  667    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1642  sensor protein PhoQ  60.62 
 
 		 487 aa  616  1e-175  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1331  sensor protein PhoQ  60.54 
 
 		 487 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0246748  normal  0.298422 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2136  sensor protein PhoQ  60.54 
 
 		 487 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.062219 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1309  sensor protein PhoQ  60.54 
 
 		 487 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1347  sensor protein PhoQ  60.54 
 
 		 487 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1954  sensor protein PhoQ  60.54 
 
 		 487 aa  611  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.443264  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01127  sensory histidine kinase in two-compoent regulatory system with PhoP  61.81 
 
 		 486 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1996  sensor protein PhoQ  61.6 
 
 		 486 aa  606  9.999999999999999e-173  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.687103 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1292  sensor protein PhoQ  61.6 
 
 		 486 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2518  histidine kinase  61.6 
 
 		 486 aa  605  9.999999999999999e-173  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.208145  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01135  hypothetical protein  61.81 
 
 		 486 aa  607  9.999999999999999e-173  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1307  sensor protein PhoQ  61.6 
 
 		 486 aa  605  9.999999999999999e-173  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1249  sensor protein PhoQ  61.6 
 
 		 486 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2474  sensor protein PhoQ  61.6 
 
 		 486 aa  604  9.999999999999999e-173  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.701623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1590  sensor protein PhoQ  61.18 
 
 		 486 aa  601  1.0000000000000001e-171  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000452252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4239  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  34.48 
 
 		 450 aa  218  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2975  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.68 
 
 		 460 aa  213  7.999999999999999e-54  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3708  sensor histidine kinase  32.48 
 
 		 448 aa  210  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642299  hitchhiker  0.00152873 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1680  sensor protein PhoQ  33.33 
 
 		 448 aa  207  4e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  43.12 
 
 		 448 aa  203  7e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.65 
 
 		 448 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1217  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.49 
 
 		 448 aa  199  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1199  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.83 
 
 		 448 aa  193  6e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2936  histidine kinase  36.97 
 
 		 517 aa  192  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00120898  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3354  ribose 5-phosphate isomerase  36.68 
 
 		 456 aa  190  4e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000158163  normal  0.115638 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3304  sensor histidine kinase  40.44 
 
 		 466 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3247  sensor histidine kinase  36.99 
 
 		 469 aa  179  8e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098482  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3853  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.35 
 
 		 454 aa  178  2e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 		 454 aa  177  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0526543  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1131  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.33 
 
 		 442 aa  177  4e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.77 
 
 		 454 aa  177  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0442368  normal  0.692011 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2696  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 		 484 aa  176  7e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000110077  normal  0.128468 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0167  histidine kinase  39.31 
 
 		 429 aa  176  9.999999999999999e-43  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0281  sensor histidine kinase  35.4 
 
 		 475 aa  176  9.999999999999999e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.012454  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4141  histidine kinase  36.43 
 
 		 454 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1263  ATP-binding region, ATPase-like protein  35.74 
 
 		 474 aa  174  5e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000081586  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4648  sensor histidine kinase  35.36 
 
 		 454 aa  172  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1723  ATPase domain-containing protein  37.69 
 
 		 449 aa  172  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124766 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2502  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.68 
 
 		 449 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2349  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.64 
 
 		 449 aa  171  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000892956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1579  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.69 
 
 		 449 aa  170  4e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.15351 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3909  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.47 
 
 		 454 aa  170  5e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000571443  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 		 454 aa  169  8e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00854299  decreased coverage  0.0034747 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1654  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.31 
 
 		 449 aa  169  1e-40  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689547  hitchhiker  0.00033988 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4026  ATPase domain-containing protein  36.5 
 
 		 454 aa  169  1e-40  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2615  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 		 449 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0121943 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 		 449 aa  168  2e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796582  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1745  histidine kinase  37.45 
 
 		 450 aa  167  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000105534  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3684  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.36 
 
 		 455 aa  166  6.9999999999999995e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.714122  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1849  histidine kinase  35.91 
 
 		 449 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00571096  hitchhiker  0.00108599 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2841  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  36.7 
 
 		 445 aa  165  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  36.29 
 
 		 449 aa  165  2.0000000000000002e-39  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 		 451 aa  164  4.0000000000000004e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1841  two-component system, sensor protein  35.59 
 
 		 482 aa  164  4.0000000000000004e-39  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775188  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1948  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.74 
 
 		 439 aa  163  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.014264 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1772  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 		 482 aa  162  2e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.480782  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02837  two-component system sensor protein required for AvrXa21activity H2 (raxH2)  35.29 
 
 		 456 aa  161  2e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003785  signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 		 441 aa  160  4e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0077957  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3381  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.32 
 
 		 466 aa  160  6e-38  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00620745  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02298  sensor histidine kinase  29.48 
 
 		 443 aa  159  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2805  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.11 
 
 		 449 aa  157  3e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00328953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02659  hypothetical protein  31.95 
 
 		 449 aa  156  6e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1945  sensor protein PhoQ  35.14 
 
 		 449 aa  155  2e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.77 
 
 		 475 aa  155  2e-36  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1541  sensor protein PhoQ  35.25 
 
 		 450 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  37.6 
 
 		 443 aa  152  1e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2487  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.84 
 
 		 450 aa  152  1e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1389  sensor protein PhoQ  33.23 
 
 		 470 aa  151  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.812387  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1245  sensor histidine kinase  32.5 
 
 		 462 aa  150  6e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000271676  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0435  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.25 
 
 		 481 aa  149  1.0000000000000001e-34  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.711544 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1957  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.65 
 
 		 443 aa  149  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0083917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29740  putative two-component sensor  34.96 
 
 		 445 aa  149  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.53 
 
 		 459 aa  148  3e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2544  putative two-component sensor  35.27 
 
 		 444 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0961662  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.35 
 
 		 463 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1684  histidine kinase  31.23 
 
 		 471 aa  144  3e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.091412  normal  0.96111 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1409  ATPase domain-containing protein  31.23 
 
 		 471 aa  144  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.137041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4113  ATPase domain-containing protein  33.21 
 
 		 448 aa  144  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.779025  normal  0.819443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1404  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.23 
 
 		 471 aa  143  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.102052 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3068  putative two-component sensor histidine kinase  29.15 
 
 		 458 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.691387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4481  histidine kinase  32.5 
 
 		 448 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.410421  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 		 439 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0848259  normal  0.136137 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0123  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.28 
 
 		 442 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0605  sensor histidine kinase  28.95 
 
 		 432 aa  139  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.972928  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3895  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 		 460 aa  139  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.378674  normal  0.194122 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3453  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  31.44 
 
 		 464 aa  139  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0604  sensor histidine kinase  29.32 
 
 		 436 aa  139  1e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5100  histidine kinase  32.31 
 
 		 482 aa  138  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.368053  normal  0.11003 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1831  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.74 
 
 		 458 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0398387  normal  0.55748 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.57 
 
 		 472 aa  137  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000206747 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1355  Signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 		 441 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4310  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  30.68 
 
 		 445 aa  136  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0398387  normal  0.0265162 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>