More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3818 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4648  sensor histidine kinase  94.7 
 
 		 454 aa  807    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3853  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  85.65 
 
 		 454 aa  726    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3818  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 454 aa  922    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00854299  decreased coverage  0.0034747 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3909  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  99.34 
 
 		 454 aa  918    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000571443  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4213  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  87.2 
 
 		 454 aa  767    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0526543  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4026  ATPase domain-containing protein  95.59 
 
 		 454 aa  808    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4345  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  87.42 
 
 		 454 aa  793    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0442368  normal  0.692011 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4141  histidine kinase  87.2 
 
 		 454 aa  767    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0281  sensor histidine kinase  60.71 
 
 		 475 aa  581  1e-164  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.012454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3247  sensor histidine kinase  65.92 
 
 		 469 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000098482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3381  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  61.95 
 
 		 466 aa  519  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00620745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1131  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  59.05 
 
 		 442 aa  510  1e-143  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2936  histidine kinase  54.6 
 
 		 517 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00120898  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1263  ATP-binding region, ATPase-like protein  56.46 
 
 		 474 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000081586  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2696  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  52.5 
 
 		 484 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000110077  normal  0.128468 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1389  sensor protein PhoQ  49.02 
 
 		 470 aa  417  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.812387  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3304  sensor histidine kinase  48.18 
 
 		 466 aa  410  1e-113  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.232472 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3354  ribose 5-phosphate isomerase  34.66 
 
 		 456 aa  278  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000158163  normal  0.115638 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02298  sensor histidine kinase  34.74 
 
 		 443 aa  268  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2841  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.32 
 
 		 445 aa  264  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02837  two-component system sensor protein required for AvrXa21activity H2 (raxH2)  33.41 
 
 		 456 aa  239  5.999999999999999e-62  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0167  histidine kinase  35.51 
 
 		 429 aa  231  2e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0230  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.4 
 
 		 475 aa  228  2e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.587392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2504  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.53 
 
 		 443 aa  226  6e-58  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1957  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.02 
 
 		 443 aa  225  1e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0083917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4239  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  31.3 
 
 		 450 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3708  sensor histidine kinase  32.02 
 
 		 448 aa  219  6e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.642299  hitchhiker  0.00152873 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1772  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  30.34 
 
 		 482 aa  217  2.9999999999999998e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.480782  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1841  two-component system, sensor protein  30.04 
 
 		 482 aa  216  5e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.775188  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3684  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  32.96 
 
 		 455 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.714122  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1680  sensor protein PhoQ  32.24 
 
 		 448 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4229  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.39 
 
 		 448 aa  213  7e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1187  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 		 448 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2349  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.68 
 
 		 449 aa  211  2e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000892956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1790  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.36 
 
 		 451 aa  209  6e-53  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1217  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 		 448 aa  208  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0243  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.07 
 
 		 440 aa  206  5e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.37468  normal  0.182435 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1745  histidine kinase  37.62 
 
 		 450 aa  201  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000105534  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1199  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 		 448 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1849  histidine kinase  36.68 
 
 		 449 aa  199  6e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00571096  hitchhiker  0.00108599 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2495  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.77 
 
 		 449 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.796582  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2615  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.77 
 
 		 449 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0121943 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2502  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.77 
 
 		 449 aa  196  6e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0929  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  32.03 
 
 		 459 aa  194  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1541  sensor protein PhoQ  36.48 
 
 		 450 aa  195  2e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 		 449 aa  194  4e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1723  ATPase domain-containing protein  35.85 
 
 		 449 aa  189  8e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.124766 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1579  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  35.22 
 
 		 449 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.15351 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1654  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  34.91 
 
 		 449 aa  186  9e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0689547  hitchhiker  0.00033988 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1945  sensor protein PhoQ  34.89 
 
 		 449 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2975  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.36 
 
 		 460 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.241819 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2805  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.85 
 
 		 449 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00328953  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1607  sensor protein PhoQ  32.37 
 
 		 484 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2856  sensor protein PhoQ  32.37 
 
 		 484 aa  182  1e-44  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1714  sensor protein PhoQ  32.37 
 
 		 468 aa  182  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4199  two-component sensor PhoQ  31.74 
 
 		 448 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.528574  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49170  two-component sensor PhoQ  31.45 
 
 		 448 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000325542 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1642  sensor protein PhoQ  34.95 
 
 		 487 aa  174  3.9999999999999995e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2150  sensor protein PhoQ  33.93 
 
 		 486 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0666594  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1954  sensor protein PhoQ  32.01 
 
 		 487 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.443264  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2136  sensor protein PhoQ  32.01 
 
 		 487 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.062219 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1331  sensor protein PhoQ  32.01 
 
 		 487 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0246748  normal  0.298422 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1309  sensor protein PhoQ  32.01 
 
 		 487 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.591966 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1347  sensor protein PhoQ  32.01 
 
 		 487 aa  173  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1865  sensor protein PhoQ  33.73 
 
 		 484 aa  172  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1948  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.17 
 
 		 439 aa  172  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.014264 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2487  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  33.77 
 
 		 450 aa  171  2e-41  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1996  sensor protein PhoQ  32.04 
 
 		 486 aa  171  3e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.687103 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1938  sensor protein PhoQ  34.04 
 
 		 483 aa  171  3e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1249  sensor protein PhoQ  32.04 
 
 		 486 aa  170  5e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2474  sensor protein PhoQ  32.04 
 
 		 486 aa  170  5e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.701623  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2067  sensor protein PhoQ  33.86 
 
 		 483 aa  170  6e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.194184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2518  histidine kinase  31.74 
 
 		 486 aa  169  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.208145  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1307  sensor protein PhoQ  31.74 
 
 		 486 aa  169  1e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1292  sensor protein PhoQ  31.74 
 
 		 486 aa  169  1e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01127  sensory histidine kinase in two-compoent regulatory system with PhoP  31.4 
 
 		 486 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01135  hypothetical protein  31.4 
 
 		 486 aa  168  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3068  putative two-component sensor histidine kinase  29.32 
 
 		 458 aa  167  4e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.691387  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1590  sensor protein PhoQ  31.4 
 
 		 486 aa  167  5e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000452252 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2127  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.97 
 
 		 463 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003785  signal transduction histidine kinase  28.92 
 
 		 441 aa  164  3e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0077957  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2012  sensor protein PhoQ  34.46 
 
 		 485 aa  164  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0783662 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1434  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 		 465 aa  163  6e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3453  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.75 
 
 		 464 aa  160  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.239363 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02659  hypothetical protein  27.07 
 
 		 449 aa  159  8e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.79 
 
 		 439 aa  156  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.98279  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2348  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.4 
 
 		 439 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000231827 
 
 
-
 
NC_004310  BR0605  sensor histidine kinase  32.33 
 
 		 432 aa  154  2e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.972928  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0604  sensor histidine kinase  32.67 
 
 		 436 aa  155  2e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3177  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.58 
 
 		 475 aa  155  2e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0501501 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1788  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.79 
 
 		 439 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0848259  normal  0.136137 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5100  histidine kinase  35.29 
 
 		 482 aa  154  2.9999999999999998e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.368053  normal  0.11003 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29740  putative two-component sensor  35.91 
 
 		 445 aa  152  8.999999999999999e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1831  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.16 
 
 		 458 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0398387  normal  0.55748 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0631  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.32 
 
 		 459 aa  152  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0181536  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1886  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.48 
 
 		 484 aa  152  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1998  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.56 
 
 		 465 aa  151  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.374305  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2673  histidine kinase  32.5 
 
 		 436 aa  150  3e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3430  histidine kinase  29.5 
 
 		 464 aa  150  4e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4435  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.1 
 
 		 490 aa  150  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.713299 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>