More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3445 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3445  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
349 aa  713    Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00422056  hitchhiker  0.00254132 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2325  2-dehydropantoate 2-reductase  96.83 
 
 
315 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.79299  hitchhiker  0.0000420215 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1926  2-dehydropantoate 2-reductase  91.72 
 
 
315 aa  559  1e-158  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000062548  hitchhiker  0.000000000000153659 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1766  2-dehydropantoate 2-reductase  80.51 
 
 
315 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.411691  hitchhiker  0.000000000967397 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4006  2-dehydropantoate 2-reductase  73.4 
 
 
317 aa  437  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41900  2-dehydropantoate 2-reductase  67.3 
 
 
315 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2276  2-dehydropantoate 2-reductase  67.09 
 
 
323 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00122842  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2074  2-dehydropantoate 2-reductase  65.83 
 
 
323 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.136591  normal  0.0111283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3556  2-dehydropantoate 2-reductase  68.01 
 
 
315 aa  387  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2549  2-dehydropantoate 2-reductase  66.56 
 
 
317 aa  374  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0215033  hitchhiker  0.00000000817655 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  45.1 
 
 
313 aa  258  1e-67  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1293  2-dehydropantoate 2-reductase  39.87 
 
 
312 aa  244  1.9999999999999999e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.519384  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  41.56 
 
 
319 aa  242  7.999999999999999e-63  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  38.61 
 
 
302 aa  209  6e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2230  2-dehydropantoate 2-reductase  37.22 
 
 
305 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000157651  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  38.74 
 
 
302 aa  202  5e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  39.8 
 
 
312 aa  189  9e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  35.05 
 
 
311 aa  176  5e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  36.27 
 
 
312 aa  169  8e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0552  2-dehydropantoate 2-reductase  36.63 
 
 
319 aa  160  3e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_39578  predicted protein  29.94 
 
 
414 aa  144  2e-33  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 
345 aa  100  3e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  30.38 
 
 
325 aa  99.8  6e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  28.83 
 
 
307 aa  97.1  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  28.24 
 
 
319 aa  96.3  8e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  27.87 
 
 
305 aa  95.1  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  28.24 
 
 
319 aa  94.7  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  28.47 
 
 
307 aa  93.2  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  27.46 
 
 
318 aa  92.8  8e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  26.62 
 
 
298 aa  91.7  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  23.53 
 
 
300 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  23.53 
 
 
299 aa  90.9  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  30.56 
 
 
311 aa  90.1  5e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  24.26 
 
 
301 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  26.91 
 
 
306 aa  89  1e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02389  ketopantoate reductase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14497)  25.27 
 
 
426 aa  87.8  2e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  29.58 
 
 
315 aa  87.4  3e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08494  conserved hypothetical protein  25.97 
 
 
389 aa  86.3  7e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  25.41 
 
 
295 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0016  2-dehydropantoate 2-reductase  26.07 
 
 
307 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  25.41 
 
 
317 aa  82.8  0.000000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  23.61 
 
 
313 aa  82.8  0.000000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  25.96 
 
 
306 aa  82.4  0.00000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08718  2-dehydropantoate 2-reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02620)  22.6 
 
 
711 aa  81.6  0.00000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  26.62 
 
 
299 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0186  2-dehydropantoate 2-reductase  26.32 
 
 
306 aa  81.6  0.00000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  26.89 
 
 
307 aa  82  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  23.87 
 
 
316 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10126  2-dehydropantoate 2-reductase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G00740)  24.27 
 
 
367 aa  80.1  0.00000000000006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00458095  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  25.27 
 
 
329 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3162  2-dehydropantoate 2-reductase  29.19 
 
 
312 aa  79.7  0.00000000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2936  2-dehydropantoate 2-reductase  27.36 
 
 
312 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.178942 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3118  2-dehydropantoate 2-reductase  28.53 
 
 
312 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.782034 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3535  2-dehydropantoate 2-reductase  26.89 
 
 
311 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40675  hitchhiker  0.0000949952 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0708  2-dehydropantoate 2-reductase  27.54 
 
 
311 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  26.73 
 
 
315 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01220  conserved hypothetical protein  27.05 
 
 
295 aa  78.2  0.0000000000002  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  27.53 
 
 
324 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1796  2-dehydropantoate 2-reductase  28.39 
 
 
341 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.275897 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  25.17 
 
 
306 aa  77  0.0000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  27.33 
 
 
313 aa  76.6  0.0000000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3603  2-dehydropantoate 2-reductase  26.89 
 
 
311 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  26.51 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0163  2-dehydropantoate 2-reductase  27.3 
 
 
306 aa  76.3  0.0000000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  25.98 
 
 
331 aa  76.3  0.0000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6167  2-dehydropantoate 2-reductase  27.48 
 
 
314 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5770  2-dehydropantoate 2-reductase  28.99 
 
 
307 aa  75.9  0.000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  26.1 
 
 
325 aa  74.7  0.000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2669  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 
310 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0588922  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3361  2-dehydropantoate 2-reductase  28.16 
 
 
325 aa  74.3  0.000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  25.3 
 
 
337 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1818  2-dehydropantoate 2-reductase  25.23 
 
 
327 aa  73.9  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  23.93 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2967  2-dehydropantoate 2-reductase  28.08 
 
 
311 aa  74.3  0.000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53344  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  24.27 
 
 
314 aa  74.3  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5382  2-dehydropantoate 2-reductase  26.99 
 
 
327 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324063  normal  0.227406 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0600  2-dehydropantoate 2-reductase  25.4 
 
 
314 aa  73.2  0.000000000007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000137771  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1405  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34207  2-dehydropantoate 2-reductase (Ketopantoate reductase) (KPA reductase) (KPR)  23.05 
 
 
351 aa  72.8  0.000000000009  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.391649  normal  0.984982 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0882  2-dehydropantoate 2-reductase  26.57 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.277426 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1558  2-dehydropantoate 2-reductase  29.55 
 
 
447 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  24.62 
 
 
335 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4110  2-dehydropantoate 2-reductase  27.42 
 
 
336 aa  71.6  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.661509  normal  0.957383 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02788  2-dehydropantoate 2-reductase  28.82 
 
 
312 aa  71.2  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0105  2-dehydropantoate 2-reductase  21.52 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000116334  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0021  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 
306 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  23.69 
 
 
335 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  23.69 
 
 
335 aa  71.2  0.00000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  23.62 
 
 
301 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0193  2-dehydropantoate 2-reductase  21.97 
 
 
285 aa  70.5  0.00000000004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0380974  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  25.55 
 
 
324 aa  70.5  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0833  2-dehydropantoate 2-reductase  27.39 
 
 
297 aa  70.5  0.00000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000476059 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  23.95 
 
 
301 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  25.78 
 
 
335 aa  70.1  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5461  2-dehydropantoate 2-reductase  25.87 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.853784  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2895  2-dehydropantoate 2-reductase  27.08 
 
 
306 aa  69.7  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0400281  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3040  2-dehydropantoate 2-reductase  26.67 
 
 
324 aa  68.9  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0383  2-dehydropantoate 2-reductase  26.91 
 
 
280 aa  68.9  0.0000000001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0693726 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4726  2-dehydropantoate 2-reductase  25.44 
 
 
315 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.14221 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1724  2-dehydropantoate 2-reductase  25.4 
 
 
331 aa  68.9  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>