More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4956 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
298 aa  598  1e-170  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  76.41 
 
 
313 aa  448  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  73.75 
 
 
317 aa  431  1e-120  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  72.64 
 
 
295 aa  428  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  72.58 
 
 
345 aa  418  1e-116  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  68.46 
 
 
299 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  71.67 
 
 
325 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  63.58 
 
 
305 aa  372  1e-102  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  67.46 
 
 
319 aa  369  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  67.46 
 
 
319 aa  367  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  57.58 
 
 
301 aa  347  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  58.16 
 
 
299 aa  342  5e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  56.9 
 
 
300 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  55.52 
 
 
301 aa  308  5e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  55.52 
 
 
301 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  58.51 
 
 
296 aa  293  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  40 
 
 
311 aa  221  8e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  37.38 
 
 
316 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  37.38 
 
 
316 aa  171  2e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  37.95 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  37.95 
 
 
316 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  35.31 
 
 
313 aa  159  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  35.78 
 
 
335 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  36.79 
 
 
307 aa  157  2e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  36.04 
 
 
306 aa  156  3e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  37.95 
 
 
316 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  36.3 
 
 
316 aa  155  7e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  33.99 
 
 
341 aa  153  4e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  34.53 
 
 
312 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  35.64 
 
 
315 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 
309 aa  145  8.000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  35.97 
 
 
323 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  34.98 
 
 
315 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  34.98 
 
 
315 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  32.12 
 
 
329 aa  143  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  34.19 
 
 
314 aa  143  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  32.45 
 
 
309 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  32.57 
 
 
306 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  33.77 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  33.11 
 
 
307 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  33.77 
 
 
307 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  30.03 
 
 
305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  30.42 
 
 
305 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  29.77 
 
 
305 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  29.77 
 
 
305 aa  134  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  31.79 
 
 
309 aa  135  9.999999999999999e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  29.45 
 
 
305 aa  133  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  31.37 
 
 
316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  29.74 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  29.69 
 
 
339 aa  127  3e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1519  2-dehydropantoate 2-reductase  28.76 
 
 
309 aa  125  9e-28  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.982841  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  29.17 
 
 
310 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  29.33 
 
 
302 aa  124  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  31.06 
 
 
332 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3892  2-dehydropantoate 2-reductase  30.61 
 
 
310 aa  124  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  31.46 
 
 
332 aa  123  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  31.91 
 
 
296 aa  122  7e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4927  2-dehydropantoate 2-reductase  31.71 
 
 
306 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332007  normal  0.934837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  32.19 
 
 
337 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  30.1 
 
 
309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  29.47 
 
 
342 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  31.66 
 
 
338 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  30.94 
 
 
336 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  29.43 
 
 
346 aa  119  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  28.03 
 
 
312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  29.65 
 
 
324 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  26.56 
 
 
306 aa  119  7.999999999999999e-26  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  28.39 
 
 
324 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3687  2-dehydropantoate 2-reductase  32.45 
 
 
302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  29.56 
 
 
353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  30 
 
 
327 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0902  2-dehydropantoate 2-reductase  33.77 
 
 
294 aa  117  3e-25  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4110  2-dehydropantoate 2-reductase  31.15 
 
 
336 aa  117  3e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.661509  normal  0.957383 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  32.69 
 
 
310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0382  2-dehydropantoate 2-reductase  31.76 
 
 
351 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.876847  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 
335 aa  115  6e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  28.79 
 
 
335 aa  115  6e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  30.06 
 
 
314 aa  115  6e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  28.79 
 
 
335 aa  115  6e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  30.49 
 
 
309 aa  115  6.9999999999999995e-25  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  31 
 
 
311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  26.54 
 
 
316 aa  115  7.999999999999999e-25  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1224  2-dehydropantoate 2-reductase  30.31 
 
 
327 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318793 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  29.86 
 
 
312 aa  115  8.999999999999998e-25  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0791  2-dehydropantoate 2-reductase  30.65 
 
 
303 aa  115  8.999999999999998e-25  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1100  2-dehydropantoate 2-reductase  35.31 
 
 
302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0140808  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1351  2-dehydropantoate 2-reductase  26.84 
 
 
307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  29.73 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  29.33 
 
 
318 aa  114  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  30.54 
 
 
312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1681  2-dehydropantoate 2-reductase  29.97 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1605  2-dehydropantoate 2-reductase  29.97 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.799177  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  28.34 
 
 
325 aa  113  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  26.33 
 
 
311 aa  113  3e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  25.56 
 
 
319 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  27.76 
 
 
324 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2500  2-dehydropantoate 2-reductase  31.03 
 
 
314 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.637616 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4708  2-dehydropantoate 2-reductase  29.05 
 
 
289 aa  112  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.392544 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2270  2-dehydropantoate 2-reductase  30.28 
 
 
326 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191181  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  25.8 
 
 
313 aa  110  3e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>