More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2325 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2325  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
315 aa  640    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.79299  hitchhiker  0.0000420215 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3445  2-dehydropantoate 2-reductase  96.83 
 
 
349 aa  595  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00422056  hitchhiker  0.00254132 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1926  2-dehydropantoate 2-reductase  91.4 
 
 
315 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000062548  hitchhiker  0.000000000000153659 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1766  2-dehydropantoate 2-reductase  81.15 
 
 
315 aa  496  1e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.411691  hitchhiker  0.000000000967397 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4006  2-dehydropantoate 2-reductase  74.15 
 
 
317 aa  436  1e-121  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2276  2-dehydropantoate 2-reductase  67.62 
 
 
323 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00122842  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41900  2-dehydropantoate 2-reductase  67.3 
 
 
315 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2074  2-dehydropantoate 2-reductase  66.04 
 
 
323 aa  394  1e-108  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.136591  normal  0.0111283 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3556  2-dehydropantoate 2-reductase  68.35 
 
 
315 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2549  2-dehydropantoate 2-reductase  67.31 
 
 
317 aa  373  1e-102  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0215033  hitchhiker  0.00000000817655 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  44.77 
 
 
313 aa  261  8.999999999999999e-69  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1293  2-dehydropantoate 2-reductase  41.39 
 
 
312 aa  246  3e-64  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.519384  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  41.23 
 
 
319 aa  241  2e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  38.61 
 
 
302 aa  207  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2230  2-dehydropantoate 2-reductase  37.7 
 
 
305 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000157651  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  38.74 
 
 
302 aa  203  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  40.13 
 
 
312 aa  190  2e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  34.88 
 
 
311 aa  171  1e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  36.93 
 
 
312 aa  168  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0552  2-dehydropantoate 2-reductase  36.96 
 
 
319 aa  163  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_39578  predicted protein  29.94 
 
 
414 aa  145  8.000000000000001e-34  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  27.97 
 
 
345 aa  102  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  29.87 
 
 
325 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  28.18 
 
 
307 aa  98.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  27.84 
 
 
307 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  27.3 
 
 
305 aa  94.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  27.65 
 
 
319 aa  94  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  30.56 
 
 
311 aa  93.6  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  27.65 
 
 
319 aa  92.8  6e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  23.65 
 
 
299 aa  92.4  8e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  26.3 
 
 
298 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  29.58 
 
 
315 aa  90.9  3e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  27.67 
 
 
306 aa  90.1  4e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  23.53 
 
 
300 aa  89.7  6e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  27.02 
 
 
318 aa  89  8e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  28.52 
 
 
315 aa  88.2  2e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08494  conserved hypothetical protein  26.37 
 
 
389 aa  87.4  3e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  25.73 
 
 
317 aa  87  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02389  ketopantoate reductase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14497)  25.64 
 
 
426 aa  86.7  5e-16  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0016  2-dehydropantoate 2-reductase  26.73 
 
 
307 aa  86.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  23.61 
 
 
313 aa  85.9  7e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  23.81 
 
 
301 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  24.84 
 
 
295 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10126  2-dehydropantoate 2-reductase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G00740)  25.73 
 
 
367 aa  84  0.000000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00458095  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  25.96 
 
 
306 aa  84  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08718  2-dehydropantoate 2-reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02620)  22.29 
 
 
711 aa  83.6  0.000000000000004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  26.97 
 
 
307 aa  82.4  0.000000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  26.78 
 
 
325 aa  80.9  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  24.38 
 
 
316 aa  81.3  0.00000000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  25.98 
 
 
329 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3118  2-dehydropantoate 2-reductase  28.85 
 
 
312 aa  80.1  0.00000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.782034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  26.32 
 
 
299 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2967  2-dehydropantoate 2-reductase  29.11 
 
 
311 aa  79.7  0.00000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53344  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  28.81 
 
 
324 aa  79.3  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01220  conserved hypothetical protein  27.64 
 
 
295 aa  79.3  0.00000000000008  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  28.43 
 
 
313 aa  79  0.00000000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5382  2-dehydropantoate 2-reductase  28.13 
 
 
327 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324063  normal  0.227406 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  24.36 
 
 
314 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2936  2-dehydropantoate 2-reductase  26.67 
 
 
312 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.178942 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0186  2-dehydropantoate 2-reductase  26.32 
 
 
306 aa  78.2  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3162  2-dehydropantoate 2-reductase  27.91 
 
 
312 aa  77.8  0.0000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1796  2-dehydropantoate 2-reductase  29.25 
 
 
341 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.275897 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1818  2-dehydropantoate 2-reductase  25.78 
 
 
327 aa  76.6  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  26.91 
 
 
326 aa  76.3  0.0000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4110  2-dehydropantoate 2-reductase  27.74 
 
 
336 aa  75.9  0.0000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.661509  normal  0.957383 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0708  2-dehydropantoate 2-reductase  26.69 
 
 
311 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  25.76 
 
 
337 aa  75.1  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  23.96 
 
 
316 aa  75.1  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34207  2-dehydropantoate 2-reductase (Ketopantoate reductase) (KPA reductase) (KPR)  23.15 
 
 
351 aa  75.5  0.000000000001  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.391649  normal  0.984982 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2669  2-dehydropantoate 2-reductase  28.92 
 
 
310 aa  75.1  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0588922  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0163  2-dehydropantoate 2-reductase  28.39 
 
 
306 aa  74.7  0.000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0383  2-dehydropantoate 2-reductase  26.26 
 
 
280 aa  74.7  0.000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0693726 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5770  2-dehydropantoate 2-reductase  29.41 
 
 
307 aa  73.9  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  26.09 
 
 
335 aa  73.9  0.000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3535  2-dehydropantoate 2-reductase  26.05 
 
 
311 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40675  hitchhiker  0.0000949952 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3040  2-dehydropantoate 2-reductase  27.53 
 
 
324 aa  73.9  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  24.53 
 
 
335 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  24.53 
 
 
335 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 
335 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1724  2-dehydropantoate 2-reductase  26.03 
 
 
331 aa  73.2  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0882  2-dehydropantoate 2-reductase  26.92 
 
 
315 aa  72.8  0.000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.277426 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02788  2-dehydropantoate 2-reductase  29.21 
 
 
312 aa  72.8  0.000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3361  2-dehydropantoate 2-reductase  28.16 
 
 
325 aa  72.8  0.000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  25.88 
 
 
310 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0833  2-dehydropantoate 2-reductase  27.06 
 
 
297 aa  72.4  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000476059 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6167  2-dehydropantoate 2-reductase  27.15 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1558  2-dehydropantoate 2-reductase  29.67 
 
 
447 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2895  2-dehydropantoate 2-reductase  27.64 
 
 
306 aa  71.6  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0400281  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  25.24 
 
 
301 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3603  2-dehydropantoate 2-reductase  26.05 
 
 
311 aa  72  0.00000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  25.39 
 
 
331 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  24.83 
 
 
306 aa  71.2  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0105  2-dehydropantoate 2-reductase  21.19 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000116334  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 
333 aa  70.9  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0193  2-dehydropantoate 2-reductase  21.53 
 
 
285 aa  70.9  0.00000000003  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0380974  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1405  2-dehydropantoate 2-reductase  25.32 
 
 
307 aa  70.9  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1677  2-dehydropantoate 2-reductase  28.52 
 
 
319 aa  70.1  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  23.93 
 
 
309 aa  70.5  0.00000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  23.78 
 
 
301 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5461  2-dehydropantoate 2-reductase  26.22 
 
 
315 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.853784  normal  0.141843 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>