More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0603 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 299 aa  600  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  84.95 
 
 		 300 aa  510  1e-144  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  73.91 
 
 		 301 aa  453  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  58.16 
 
 		 298 aa  327  2.0000000000000001e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  56.27 
 
 		 345 aa  315  8e-85  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  55.03 
 
 		 313 aa  310  2e-83  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  54.27 
 
 		 295 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  54.21 
 
 		 319 aa  305  6e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  55.15 
 
 		 317 aa  301  1e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  53.54 
 
 		 319 aa  300  2e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  53.92 
 
 		 299 aa  298  1e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  56.03 
 
 		 296 aa  295  7e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  55.44 
 
 		 325 aa  290  2e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  51.16 
 
 		 305 aa  287  2e-76  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  51.02 
 
 		 301 aa  285  5.999999999999999e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  51.02 
 
 		 301 aa  283  3.0000000000000004e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  42.43 
 
 		 311 aa  228  9e-59  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  38.62 
 
 		 306 aa  186  4e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  36.72 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  37.38 
 
 		 316 aa  170  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  36.72 
 
 		 316 aa  169  5e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  37.38 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  37.38 
 
 		 316 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  36.69 
 
 		 341 aa  163  3e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  36.16 
 
 		 335 aa  162  8.000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  37.7 
 
 		 323 aa  159  4e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  35.71 
 
 		 312 aa  156  3e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  34.75 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  34.43 
 
 		 315 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  37.38 
 
 		 316 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  36.48 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  37.87 
 
 		 307 aa  150  2e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  33.77 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  31.8 
 
 		 309 aa  149  7e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  34.98 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  36.73 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  30.69 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  34.65 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  30.69 
 
 		 305 aa  142  8e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  36.73 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  30.69 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  30.36 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  30.36 
 
 		 305 aa  139  6e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  33.68 
 
 		 315 aa  139  7e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  30.37 
 
 		 339 aa  139  7.999999999999999e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  33.91 
 
 		 311 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  31.25 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  33 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  30.13 
 
 		 312 aa  135  7.000000000000001e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  32.01 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  31.45 
 
 		 324 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  30.72 
 
 		 342 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  31.96 
 
 		 338 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3687  2-dehydropantoate 2-reductase  37.21 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  34.31 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  32.8 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  31.79 
 
 		 332 aa  125  6e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  31.27 
 
 		 331 aa  126  6e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  31.39 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  29.51 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  30.46 
 
 		 346 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  29.57 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4708  2-dehydropantoate 2-reductase  34.72 
 
 		 289 aa  124  2e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.392544 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  31.58 
 
 		 332 aa  123  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  32.9 
 
 		 309 aa  122  6e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1224  2-dehydropantoate 2-reductase  31.8 
 
 		 327 aa  122  9e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318793 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1100  2-dehydropantoate 2-reductase  34.97 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0140808  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  30.13 
 
 		 309 aa  122  9e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  30.65 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  31.29 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1519  2-dehydropantoate 2-reductase  29.55 
 
 		 309 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.982841  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  31.29 
 
 		 325 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2858  2-dehydropantoate 2-reductase  30.94 
 
 		 322 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  30.5 
 
 		 333 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  31.37 
 
 		 324 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5382  2-dehydropantoate 2-reductase  31.8 
 
 		 327 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324063  normal  0.227406 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  25.48 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1772  2-dehydropantoate 2-reductase  30.09 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  28.39 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0095  2-dehydropantoate 2-reductase  33.66 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0453394  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0889  2-dehydropantoate 2-reductase  33.66 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.298016  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  29.5 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2482  2-dehydropantoate 2-reductase  33.66 
 
 		 318 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.386001  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0647  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00836625  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1293  2-dehydropantoate 2-reductase  22.7 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.519384  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0348  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1861  2-dehydropantoate 2-reductase  29.66 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2518  2-dehydropantoate 2-reductase  29.22 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254196  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2470  2-dehydropantoate 2-reductase  29.22 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  31.61 
 
 		 327 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 		 306 aa  117  3e-25  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1477  ketopantoate reductase  27.4 
 
 		 337 aa  117  3e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2354  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.307611 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  30.82 
 
 		 335 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  30.82 
 
 		 335 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0296  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 		 309 aa  116  5e-25  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.961677  normal  0.11487 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  29.01 
 
 		 353 aa  116  5e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2307  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.198557  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  25.9 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>