More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_4507 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
335 aa  672    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  72.03 
 
 
312 aa  422  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  67.43 
 
 
316 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  67.1 
 
 
316 aa  397  1e-109  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  66.45 
 
 
315 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  66.45 
 
 
315 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  66.45 
 
 
341 aa  379  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  65.8 
 
 
316 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  65.8 
 
 
316 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  68.83 
 
 
316 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  66.12 
 
 
323 aa  370  1e-101  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  64.5 
 
 
316 aa  355  7.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  36.16 
 
 
299 aa  162  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  34.92 
 
 
309 aa  161  1e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  32.36 
 
 
329 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  35.81 
 
 
300 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  34.1 
 
 
306 aa  156  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  40.58 
 
 
310 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  35.48 
 
 
301 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  35.78 
 
 
298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  36.36 
 
 
295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  33.12 
 
 
301 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  36.98 
 
 
307 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  34.41 
 
 
314 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  32.79 
 
 
301 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  33.55 
 
 
307 aa  142  7e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  33.55 
 
 
315 aa  142  7e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  36.01 
 
 
299 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  34.26 
 
 
345 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  34.73 
 
 
309 aa  140  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  33.65 
 
 
310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  37.14 
 
 
313 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  35.35 
 
 
317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  34.73 
 
 
305 aa  136  4e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 
307 aa  135  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  29.65 
 
 
305 aa  135  9.999999999999999e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  33.66 
 
 
325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0889  2-dehydropantoate 2-reductase  37.58 
 
 
318 aa  134  3e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.298016  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2482  2-dehydropantoate 2-reductase  37.58 
 
 
318 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.386001  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0095  2-dehydropantoate 2-reductase  37.58 
 
 
318 aa  134  3e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0453394  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  29.65 
 
 
305 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  34.33 
 
 
306 aa  132  6.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  29.65 
 
 
305 aa  132  6.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  29.65 
 
 
305 aa  132  7.999999999999999e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0348  2-dehydropantoate 2-reductase  37.62 
 
 
313 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0647  2-dehydropantoate 2-reductase  37.26 
 
 
318 aa  132  9e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00836625  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  33.74 
 
 
332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  29.65 
 
 
305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  33.76 
 
 
313 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  34.04 
 
 
332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  32.55 
 
 
318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  33.76 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  33.13 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  27.59 
 
 
316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  30.56 
 
 
309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  32.1 
 
 
335 aa  127  3e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0892  2-dehydropantoate 2-reductase  36.94 
 
 
318 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4530  2-dehydropantoate 2-reductase  30.77 
 
 
355 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.247613 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  30.69 
 
 
302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  33.74 
 
 
314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  30.5 
 
 
311 aa  126  5e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  31.72 
 
 
312 aa  126  6e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1051  2-dehydropantoate 2-reductase  36.77 
 
 
310 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  30.25 
 
 
309 aa  122  6e-27  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  31.27 
 
 
333 aa  122  7e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2629  2-dehydropantoate 2-reductase  34.49 
 
 
314 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  26.25 
 
 
316 aa  121  9.999999999999999e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2991  2-dehydropantoate 2-reductase  33.78 
 
 
337 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.1296  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  31.17 
 
 
325 aa  120  3e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1688  2-dehydropantoate 2-reductase  29.01 
 
 
351 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.754321  normal  0.201139 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  30.46 
 
 
336 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  31.56 
 
 
307 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2793  2-dehydropantoate 2-reductase  31.21 
 
 
336 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  33.96 
 
 
314 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1970  2-dehydropantoate 2-reductase  33.74 
 
 
314 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.181266  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2581  2-dehydropantoate 2-reductase  33.74 
 
 
314 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.331281  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  30.77 
 
 
337 aa  119  7.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  38 
 
 
296 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2500  2-dehydropantoate 2-reductase  33.54 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.637616 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  29.75 
 
 
353 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  29.49 
 
 
316 aa  116  6e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  31.56 
 
 
307 aa  116  6e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  27.04 
 
 
318 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1893  2-dehydropantoate 2-reductase  33.45 
 
 
310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00746651  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  31.68 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1285  2-dehydropantoate 2-reductase  28.93 
 
 
311 aa  115  2.0000000000000002e-24  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  31.17 
 
 
342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  30.8 
 
 
315 aa  114  3e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3780  2-dehydropantoate 2-reductase  31.8 
 
 
337 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146686  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4857  2-dehydropantoate 2-reductase  31.8 
 
 
337 aa  114  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2858  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  30.92 
 
 
312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  32.01 
 
 
311 aa  112  6e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1422  2-dehydropantoate 2-reductase  28.99 
 
 
322 aa  112  7.000000000000001e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  29.94 
 
 
346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0105  2-dehydropantoate 2-reductase  27.51 
 
 
307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000116334  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  30.15 
 
 
324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  31.27 
 
 
338 aa  110  3e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  28.92 
 
 
335 aa  110  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1677  2-dehydropantoate 2-reductase  30.79 
 
 
319 aa  110  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>