257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_1772 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008228  Patl_1772  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
355 aa  726    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  39.2 
 
 
338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0800  2-dehydropantoate 2-reductase  34.26 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2587  2-dehydropantoate 2-reductase  37.22 
 
 
351 aa  178  1e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.438378  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1081  2-dehydropantoate 2-reductase  34.87 
 
 
337 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117992  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2457  2-dehydropantoate 2-reductase  36.59 
 
 
351 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000431048 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  32.53 
 
 
339 aa  172  9e-42  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4857  2-dehydropantoate 2-reductase  35.67 
 
 
337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3780  2-dehydropantoate 2-reductase  35.67 
 
 
337 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146686  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2563  2-dehydropantoate 2-reductase  33.84 
 
 
351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0895867  normal  0.0341922 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5870  2-dehydropantoate 2-reductase  35.56 
 
 
348 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166245  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2264  2-dehydropantoate 2-reductase  35.42 
 
 
340 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.584343  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0940  2-dehydropantoate 2-reductase  35.42 
 
 
340 aa  159  8e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2141  2-dehydropantoate 2-reductase  35.42 
 
 
340 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0561  2-dehydropantoate 2-reductase  35.42 
 
 
340 aa  159  8e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.896479  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1092  2-dehydropantoate 2-reductase  35.42 
 
 
340 aa  159  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.109673  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0936  2-dehydropantoate 2-reductase  35.42 
 
 
340 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.235019  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3493  2-dehydropantoate 2-reductase  33.65 
 
 
336 aa  152  8.999999999999999e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.240886  normal  0.0518644 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0749  2-dehydropantoate 2-reductase  34.91 
 
 
340 aa  152  1e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.770799  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  32.79 
 
 
370 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.795027  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2539  2-dehydropantoate 2-reductase  32.79 
 
 
376 aa  149  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0470171  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4737  2-dehydropantoate 2-reductase  31.91 
 
 
330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3175  2-dehydropantoate 2-reductase  33.43 
 
 
344 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  30.09 
 
 
299 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  28.05 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  27.05 
 
 
301 aa  106  5e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  26.83 
 
 
313 aa  104  2e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  29.47 
 
 
298 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  28.08 
 
 
345 aa  101  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  27.27 
 
 
325 aa  94  3e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  25.63 
 
 
295 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  27.36 
 
 
319 aa  89.4  9e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  26.79 
 
 
299 aa  87.8  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  26.98 
 
 
313 aa  87.8  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  26.44 
 
 
319 aa  84.7  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0382  2-dehydropantoate 2-reductase  28.44 
 
 
351 aa  84.7  0.000000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.876847  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  24.84 
 
 
301 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  25.15 
 
 
309 aa  83.2  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  24.84 
 
 
301 aa  79.7  0.00000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  26.41 
 
 
305 aa  79.3  0.0000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  24.69 
 
 
317 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3892  2-dehydropantoate 2-reductase  26.27 
 
 
310 aa  76.6  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  24.7 
 
 
312 aa  73.2  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2382  2-dehydropantoate 2-reductase  28.69 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  27.71 
 
 
296 aa  72  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  24.19 
 
 
329 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  25.46 
 
 
296 aa  71.6  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  24.38 
 
 
311 aa  72  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  22.29 
 
 
316 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  23.72 
 
 
311 aa  70.5  0.00000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2462  2-dehydropantoate 2-reductase  24.64 
 
 
323 aa  70.1  0.00000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  22.69 
 
 
316 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  26.32 
 
 
325 aa  69.7  0.00000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  22.89 
 
 
335 aa  68.9  0.0000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  24.44 
 
 
307 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  24.31 
 
 
341 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3165  2-dehydropantoate 2-reductase  23.94 
 
 
305 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  24.13 
 
 
326 aa  68.6  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0105  2-dehydropantoate 2-reductase  21.41 
 
 
307 aa  68.6  0.0000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000116334  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  24 
 
 
307 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2991  2-dehydropantoate 2-reductase  26.6 
 
 
337 aa  67.8  0.0000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.1296  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  23.89 
 
 
335 aa  67.8  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  21.98 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0958  2-dehydropantoate 2-reductase  28.84 
 
 
294 aa  67.8  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2159  2-dehydropantoate 2-reductase  28.83 
 
 
312 aa  66.2  0.0000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  23.61 
 
 
335 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01220  conserved hypothetical protein  25.42 
 
 
295 aa  65.9  0.0000000009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  24.5 
 
 
324 aa  66.2  0.0000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  23.61 
 
 
335 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1790  2-dehydropantoate 2-reductase  27.27 
 
 
332 aa  65.9  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  24.41 
 
 
316 aa  65.5  0.000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  25.38 
 
 
309 aa  65.9  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  24.78 
 
 
332 aa  65.5  0.000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  23.62 
 
 
316 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1362  2-dehydropantoate 2-reductase  24.61 
 
 
294 aa  65.9  0.000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.274866  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  23.62 
 
 
316 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2408  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 
306 aa  64.7  0.000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0790989 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  22.44 
 
 
316 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  22.6 
 
 
318 aa  64.7  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1719  2-dehydropantoate 2-reductase  26.56 
 
 
312 aa  64.3  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11731  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1796  2-dehydropantoate 2-reductase  25.5 
 
 
341 aa  64.3  0.000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.275897 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  25.44 
 
 
305 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3817  2-dehydropantoate 2-reductase  24.78 
 
 
327 aa  63.9  0.000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  25.21 
 
 
332 aa  63.9  0.000000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  22.74 
 
 
302 aa  63.5  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  25.57 
 
 
333 aa  63.5  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3116  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 
343 aa  63.2  0.000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4116  2-dehydropantoate 2-reductase  25.15 
 
 
308 aa  62.8  0.000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.605632 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1845  2-dehydropantoate 2-reductase  24.51 
 
 
332 aa  62  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.995272  normal  0.0110748 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  26.75 
 
 
316 aa  62  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  24.09 
 
 
316 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  23.49 
 
 
315 aa  61.6  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  25.15 
 
 
305 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3158  2-dehydropantoate 2-reductase  23.51 
 
 
326 aa  61.6  0.00000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  25.38 
 
 
310 aa  61.2  0.00000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  25.15 
 
 
305 aa  61.6  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  23.69 
 
 
323 aa  60.8  0.00000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3896  ketopantoate reductase ApbA/PanE  23.88 
 
 
337 aa  60.5  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1422  2-dehydropantoate 2-reductase  22.91 
 
 
322 aa  60.1  0.00000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  23.34 
 
 
307 aa  60.5  0.00000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>