More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1422 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1422  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 322 aa  663    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2858  2-dehydropantoate 2-reductase  97.52 
 
 		 322 aa  653    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  29.07 
 
 		 316 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  29.07 
 
 		 316 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  31.91 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  28.83 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  28.83 
 
 		 316 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  30.94 
 
 		 299 aa  116  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  30.82 
 
 		 323 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  27.16 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  28.39 
 
 		 341 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  28.99 
 
 		 335 aa  112  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  27.12 
 
 		 309 aa  112  7.000000000000001e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  28.83 
 
 		 316 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  26.8 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  30.12 
 
 		 345 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  26.62 
 
 		 314 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  26.82 
 
 		 309 aa  106  6e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  30.77 
 
 		 332 aa  105  9e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  25.64 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2991  2-dehydropantoate 2-reductase  31.32 
 
 		 337 aa  104  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.1296  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  29.34 
 
 		 329 aa  102  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  28.79 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1351  2-dehydropantoate 2-reductase  24.75 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  28.79 
 
 		 335 aa  102  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  24.76 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  24.76 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  27.41 
 
 		 319 aa  101  2e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  24.76 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  30.12 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  26.52 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  28.29 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  27.51 
 
 		 319 aa  100  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  29.47 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  27.63 
 
 		 301 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  26.89 
 
 		 315 aa  99.4  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  24.43 
 
 		 305 aa  99.4  7e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  24.43 
 
 		 305 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  26.86 
 
 		 311 aa  98.6  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2022  2-dehydropantoate 2-reductase  25.41 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.29792  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  25.24 
 
 		 310 aa  99  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  28.34 
 
 		 313 aa  98.2  2e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4530  2-dehydropantoate 2-reductase  27.57 
 
 		 355 aa  97.8  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.247613 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0105  2-dehydropantoate 2-reductase  24.5 
 
 		 307 aa  98.2  2e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000116334  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1445  2-dehydropantoate 2-reductase  26.43 
 
 		 312 aa  97.1  3e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.219462  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2518  2-dehydropantoate 2-reductase  26.21 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254196  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2470  2-dehydropantoate 2-reductase  26.21 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2382  2-dehydropantoate 2-reductase  30.42 
 
 		 314 aa  95.5  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 314 aa  94.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  27.65 
 
 		 305 aa  94.4  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  24.76 
 
 		 318 aa  94.4  3e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  28.34 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1893  2-dehydropantoate 2-reductase  28.76 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00746651  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 		 326 aa  93.2  5e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  29.45 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  29.08 
 
 		 325 aa  93.2  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  26.56 
 
 		 325 aa  92.8  7e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  27.79 
 
 		 331 aa  92.8  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  29.58 
 
 		 312 aa  92.4  8e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  26.92 
 
 		 313 aa  91.7  1e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  28.23 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  27.3 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  28.8 
 
 		 301 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1477  ketopantoate reductase  24.12 
 
 		 337 aa  91.3  2e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  28.53 
 
 		 333 aa  90.5  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1970  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.181266  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2581  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.331281  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  27.03 
 
 		 335 aa  90.1  4e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  25.72 
 
 		 306 aa  90.1  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 314 aa  89.7  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  28.03 
 
 		 316 aa  89.4  7e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  27.86 
 
 		 324 aa  89  9e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  27.06 
 
 		 309 aa  89  1e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  26.28 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1677  2-dehydropantoate 2-reductase  30.29 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0791  2-dehydropantoate 2-reductase  27.65 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  25.73 
 
 		 306 aa  87  4e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  29.39 
 
 		 309 aa  86.7  5e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  27.3 
 
 		 307 aa  86.7  5e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  29.29 
 
 		 302 aa  86.7  5e-16  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  27.86 
 
 		 335 aa  86.3  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1950  2-dehydropantoate 2-reductase  27.69 
 
 		 332 aa  86.3  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0818482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6152  2-dehydropantoate 2-reductase  27.69 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.262393  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  27.69 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193569  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0889  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.298016  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1964  2-dehydropantoate 2-reductase  27.64 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.734659  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1471  2-dehydropantoate 2-reductase  27.64 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1285  2-dehydropantoate 2-reductase  25.47 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1238  2-dehydropantoate 2-reductase  27.64 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0647  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00836625  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2482  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.386001  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0095  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0453394  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  28.51 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0348  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 		 313 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  24.25 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  28.94 
 
 		 310 aa  83.6  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1519  2-dehydropantoate 2-reductase  24.68 
 
 		 309 aa  83.2  0.000000000000005  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.982841  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  25.6 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3341  2-dehydropantoate 2-reductase  27.59 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>