More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2858 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1422  2-dehydropantoate 2-reductase  97.52 
 
 		 322 aa  653    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2858  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 322 aa  664    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  29.07 
 
 		 316 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  29.07 
 
 		 316 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  31.91 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  30.94 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  30.49 
 
 		 323 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  26.54 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  28.22 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  28.22 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 		 335 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  27.45 
 
 		 309 aa  113  4.0000000000000004e-24  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  27.76 
 
 		 341 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  30.43 
 
 		 345 aa  109  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  26.8 
 
 		 309 aa  108  8.000000000000001e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  26.82 
 
 		 309 aa  107  2e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  28.22 
 
 		 316 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  27.73 
 
 		 319 aa  106  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2991  2-dehydropantoate 2-reductase  30.99 
 
 		 337 aa  105  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.1296  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  27.74 
 
 		 319 aa  105  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  25.65 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  30.46 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  25 
 
 		 315 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 		 295 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4530  2-dehydropantoate 2-reductase  28.15 
 
 		 355 aa  103  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.247613 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  28.43 
 
 		 311 aa  102  7e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  27.21 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  29.47 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  24.43 
 
 		 305 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  24.43 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  29.81 
 
 		 332 aa  100  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  24.43 
 
 		 305 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 		 310 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1445  2-dehydropantoate 2-reductase  27.07 
 
 		 312 aa  100  3e-20  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.219462  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  27.63 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  26.43 
 
 		 315 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  28.71 
 
 		 329 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1351  2-dehydropantoate 2-reductase  23.92 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 		 313 aa  99.4  7e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 		 335 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 		 335 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0105  2-dehydropantoate 2-reductase  24.5 
 
 		 307 aa  99  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000116334  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  24.1 
 
 		 305 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2022  2-dehydropantoate 2-reductase  25.57 
 
 		 310 aa  99  9e-20  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.29792  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  24.1 
 
 		 305 aa  99  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  29.87 
 
 		 312 aa  98.6  1e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  27.63 
 
 		 317 aa  97.8  2e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2470  2-dehydropantoate 2-reductase  25.82 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  28.29 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2518  2-dehydropantoate 2-reductase  25.82 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254196  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2382  2-dehydropantoate 2-reductase  31.07 
 
 		 314 aa  97.1  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 		 318 aa  96.7  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  27.15 
 
 		 313 aa  96.3  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  28.17 
 
 		 335 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  27.33 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  25.23 
 
 		 314 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  26.88 
 
 		 325 aa  95.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  30.1 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  29.08 
 
 		 325 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  29.23 
 
 		 326 aa  94.4  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  27.79 
 
 		 331 aa  93.6  4e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  28.34 
 
 		 316 aa  93.2  6e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  29.45 
 
 		 301 aa  92.8  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1677  2-dehydropantoate 2-reductase  30.65 
 
 		 319 aa  92.4  8e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  28.24 
 
 		 309 aa  92.8  8e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  27.93 
 
 		 337 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  25.23 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  26.6 
 
 		 310 aa  92.4  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1477  ketopantoate reductase  24.12 
 
 		 337 aa  92  1e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1893  2-dehydropantoate 2-reductase  29.49 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00746651  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  26.05 
 
 		 306 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1970  2-dehydropantoate 2-reductase  24.23 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.181266  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2581  2-dehydropantoate 2-reductase  24.23 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.331281  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  26.71 
 
 		 302 aa  89.7  7e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  26.77 
 
 		 324 aa  88.6  1e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  27.33 
 
 		 335 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  28.22 
 
 		 333 aa  87.8  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  30.69 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0791  2-dehydropantoate 2-reductase  27.01 
 
 		 303 aa  87.8  2e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0348  2-dehydropantoate 2-reductase  23.99 
 
 		 313 aa  87.8  3e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  25.94 
 
 		 335 aa  87.4  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  29.71 
 
 		 309 aa  87  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1964  2-dehydropantoate 2-reductase  28.26 
 
 		 329 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.734659  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1471  2-dehydropantoate 2-reductase  28.26 
 
 		 329 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1238  2-dehydropantoate 2-reductase  28.26 
 
 		 329 aa  87  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0095  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0453394  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2482  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.386001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0889  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 		 318 aa  86.7  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.298016  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0647  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 		 318 aa  86.3  6e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00836625  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  26.98 
 
 		 307 aa  85.9  9e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3341  2-dehydropantoate 2-reductase  28.21 
 
 		 324 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2487  2-dehydropantoate 2-reductase  27.95 
 
 		 329 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1950  2-dehydropantoate 2-reductase  27.69 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0818482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  28.51 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  23.92 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1786  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 		 278 aa  84.7  0.000000000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  0.43842 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  25.73 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6152  2-dehydropantoate 2-reductase  27.69 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.262393  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  27.69 
 
 		 332 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193569  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2500  2-dehydropantoate 2-reductase  25.16 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.637616 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>