More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0218 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
300 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  84.95 
 
 
299 aa  510  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  76.92 
 
 
301 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  56.9 
 
 
298 aa  321  8e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  57.77 
 
 
345 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  54.58 
 
 
295 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  54.49 
 
 
313 aa  305  8.000000000000001e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  54.55 
 
 
319 aa  303  2.0000000000000002e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  54.55 
 
 
319 aa  301  1e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  54.95 
 
 
299 aa  300  2e-80  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  54.82 
 
 
317 aa  295  7e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  57 
 
 
325 aa  291  1e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  52.36 
 
 
301 aa  290  1e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  52.32 
 
 
305 aa  289  4e-77  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  52.36 
 
 
301 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  55.87 
 
 
296 aa  280  3e-74  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  40.13 
 
 
311 aa  221  9.999999999999999e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  38.61 
 
 
316 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  36.63 
 
 
316 aa  166  5e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  36.63 
 
 
316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  37.45 
 
 
306 aa  163  3e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  37.29 
 
 
316 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  37.29 
 
 
316 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  36.27 
 
 
341 aa  158  9e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  36.96 
 
 
323 aa  157  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  35.81 
 
 
335 aa  157  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  35.64 
 
 
315 aa  151  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  35.03 
 
 
312 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  34.98 
 
 
315 aa  150  3e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  37.01 
 
 
316 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  34.65 
 
 
313 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  37.21 
 
 
307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  36.12 
 
 
309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  36.77 
 
 
307 aa  143  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  36.77 
 
 
307 aa  140  3e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  34.07 
 
 
315 aa  139  3.9999999999999997e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  33.99 
 
 
315 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  31.15 
 
 
309 aa  139  4.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  35.46 
 
 
310 aa  139  7e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  34.71 
 
 
310 aa  139  7e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  30.49 
 
 
305 aa  138  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  30.49 
 
 
305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  34.54 
 
 
306 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  30.49 
 
 
305 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  30.46 
 
 
312 aa  136  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  30.77 
 
 
339 aa  135  7.000000000000001e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  30.16 
 
 
305 aa  135  9e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  30.16 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  33.21 
 
 
311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  31.91 
 
 
329 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  37.26 
 
 
310 aa  132  6e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  33.44 
 
 
318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  33.01 
 
 
314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1100  2-dehydropantoate 2-reductase  35.62 
 
 
302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.0140808  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  32.18 
 
 
324 aa  129  6e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1477  ketopantoate reductase  28.39 
 
 
337 aa  126  4.0000000000000003e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  32.46 
 
 
296 aa  126  6e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  31.05 
 
 
324 aa  125  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  30.97 
 
 
302 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  32.35 
 
 
338 aa  125  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1224  2-dehydropantoate 2-reductase  33.99 
 
 
327 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318793 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  32.32 
 
 
327 aa  123  3e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 
311 aa  123  3e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3687  2-dehydropantoate 2-reductase  36.3 
 
 
302 aa  123  4e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  33.44 
 
 
309 aa  122  5e-27  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0902  2-dehydropantoate 2-reductase  35.29 
 
 
294 aa  122  6e-27  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2858  2-dehydropantoate 2-reductase  31.91 
 
 
322 aa  122  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  30.41 
 
 
342 aa  122  8e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  29.41 
 
 
302 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  30.39 
 
 
324 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2482  2-dehydropantoate 2-reductase  35.13 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.386001  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  31.5 
 
 
332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0095  2-dehydropantoate 2-reductase  35.13 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0453394  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0889  2-dehydropantoate 2-reductase  35.13 
 
 
318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.298016  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  31.48 
 
 
331 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1051  2-dehydropantoate 2-reductase  35.78 
 
 
310 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1422  2-dehydropantoate 2-reductase  31.91 
 
 
322 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2470  2-dehydropantoate 2-reductase  29.22 
 
 
311 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2518  2-dehydropantoate 2-reductase  29.22 
 
 
311 aa  120  3e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254196  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  32.33 
 
 
325 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0647  2-dehydropantoate 2-reductase  34.81 
 
 
318 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00836625  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0348  2-dehydropantoate 2-reductase  34.81 
 
 
313 aa  119  7e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  31.6 
 
 
353 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0892  2-dehydropantoate 2-reductase  35.46 
 
 
318 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  29.97 
 
 
346 aa  116  3.9999999999999997e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  30.54 
 
 
306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1681  2-dehydropantoate 2-reductase  31.17 
 
 
326 aa  116  5e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1605  2-dehydropantoate 2-reductase  31.17 
 
 
326 aa  115  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.799177  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1772  2-dehydropantoate 2-reductase  28.05 
 
 
355 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2408  2-dehydropantoate 2-reductase  32.35 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0790989 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1861  2-dehydropantoate 2-reductase  30.74 
 
 
317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3780  2-dehydropantoate 2-reductase  31.33 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146686  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  29.6 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4857  2-dehydropantoate 2-reductase  31.33 
 
 
337 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5382  2-dehydropantoate 2-reductase  32.69 
 
 
327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324063  normal  0.227406 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2270  2-dehydropantoate 2-reductase  31.48 
 
 
326 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191181  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0296  2-dehydropantoate 2-reductase  34.63 
 
 
309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.961677  normal  0.11487 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002696  2-dehydropantoate 2-reductase  27.21 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  31.5 
 
 
332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>