More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03188 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
338 aa  662    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4857  2-dehydropantoate 2-reductase  71.81 
 
 
337 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3780  2-dehydropantoate 2-reductase  71.81 
 
 
337 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146686  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2457  2-dehydropantoate 2-reductase  69.28 
 
 
351 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000431048 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2587  2-dehydropantoate 2-reductase  68.98 
 
 
351 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.438378  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0561  2-dehydropantoate 2-reductase  68.93 
 
 
340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.896479  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2264  2-dehydropantoate 2-reductase  68.93 
 
 
340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.584343  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0749  2-dehydropantoate 2-reductase  68.81 
 
 
340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.770799  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0940  2-dehydropantoate 2-reductase  68.93 
 
 
340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2141  2-dehydropantoate 2-reductase  68.93 
 
 
340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1092  2-dehydropantoate 2-reductase  68.64 
 
 
340 aa  404  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.109673  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2563  2-dehydropantoate 2-reductase  67.88 
 
 
351 aa  404  1e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0895867  normal  0.0341922 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0936  2-dehydropantoate 2-reductase  68.64 
 
 
340 aa  402  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.235019  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5870  2-dehydropantoate 2-reductase  69.88 
 
 
348 aa  395  1e-109  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166245  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3493  2-dehydropantoate 2-reductase  60.78 
 
 
336 aa  353  2e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.240886  normal  0.0518644 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2539  2-dehydropantoate 2-reductase  64.78 
 
 
376 aa  352  4e-96  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0470171  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  64.78 
 
 
370 aa  351  8e-96  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.795027  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  40.59 
 
 
339 aa  255  7e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3175  2-dehydropantoate 2-reductase  49.68 
 
 
344 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4737  2-dehydropantoate 2-reductase  45.6 
 
 
330 aa  211  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1772  2-dehydropantoate 2-reductase  39.2 
 
 
355 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0800  2-dehydropantoate 2-reductase  35.42 
 
 
321 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1081  2-dehydropantoate 2-reductase  38.51 
 
 
337 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117992  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  32.49 
 
 
301 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  33.96 
 
 
301 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  33.96 
 
 
301 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  31.96 
 
 
299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  32.35 
 
 
300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  32.38 
 
 
313 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  31.27 
 
 
335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  33.96 
 
 
319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  30.96 
 
 
316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  34.18 
 
 
319 aa  119  7e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  32.1 
 
 
315 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  32.71 
 
 
317 aa  117  3e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  31.27 
 
 
315 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  32.49 
 
 
325 aa  116  3.9999999999999997e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  31.85 
 
 
295 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  31.66 
 
 
298 aa  116  5e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  32.51 
 
 
316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  32.51 
 
 
316 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  30.03 
 
 
316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  31.83 
 
 
299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  34.65 
 
 
305 aa  113  5e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  31.27 
 
 
316 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  31.12 
 
 
312 aa  108  2e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  32.18 
 
 
345 aa  107  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 
311 aa  105  9e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  32.51 
 
 
316 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  31.9 
 
 
307 aa  103  4e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  30.65 
 
 
341 aa  102  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  33.66 
 
 
296 aa  100  3e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  33.14 
 
 
310 aa  97.4  3e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  30 
 
 
311 aa  97.1  4e-19  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  28.88 
 
 
313 aa  96.3  6e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 
309 aa  95.1  1e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  24.53 
 
 
318 aa  94  4e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  30.56 
 
 
323 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0382  2-dehydropantoate 2-reductase  31.83 
 
 
351 aa  89.7  6e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.876847  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  25.85 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  30.28 
 
 
310 aa  87  5e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  28.44 
 
 
313 aa  86.3  7e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2470  2-dehydropantoate 2-reductase  23.84 
 
 
311 aa  85.9  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2518  2-dehydropantoate 2-reductase  23.84 
 
 
311 aa  85.9  8e-16  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.254196  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  27.65 
 
 
311 aa  82.8  0.000000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  27.96 
 
 
306 aa  82  0.00000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  34.52 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  28.7 
 
 
309 aa  81.3  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  29.57 
 
 
312 aa  81.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  30.93 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  24.32 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1861  2-dehydropantoate 2-reductase  28.8 
 
 
317 aa  80.5  0.00000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  25.61 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  25.61 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  25.99 
 
 
307 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  25.61 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  27.95 
 
 
329 aa  79.7  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  30.63 
 
 
310 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1519  2-dehydropantoate 2-reductase  23.93 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.982841  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  25.3 
 
 
305 aa  77.8  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  27.27 
 
 
309 aa  78.2  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  28.1 
 
 
306 aa  77.8  0.0000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  25.3 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0791  2-dehydropantoate 2-reductase  27.93 
 
 
303 aa  77.4  0.0000000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  26.75 
 
 
326 aa  76.6  0.0000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  27.11 
 
 
327 aa  77  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  23.24 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1677  2-dehydropantoate 2-reductase  31.4 
 
 
319 aa  76.6  0.0000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  26.87 
 
 
307 aa  76.3  0.0000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  27.34 
 
 
302 aa  75.9  0.0000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  26.53 
 
 
307 aa  75.9  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  33.5 
 
 
314 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  25.24 
 
 
318 aa  75.5  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  27.74 
 
 
335 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  26.56 
 
 
307 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0902  2-dehydropantoate 2-reductase  31.69 
 
 
294 aa  74.7  0.000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1095  2-dehydropantoate 2-reductase  26.64 
 
 
312 aa  74.3  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.82934  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03288  2-dehydropantoate 2-reductase  25.38 
 
 
296 aa  73.6  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  27.25 
 
 
335 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  25.37 
 
 
302 aa  73.6  0.000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>