More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0800 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0800  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 321 aa  664    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1081  2-dehydropantoate 2-reductase  59.69 
 
 		 337 aa  367  1e-100  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117992  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  35.42 
 
 		 338 aa  209  3e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  36.62 
 
 		 339 aa  205  8e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3493  2-dehydropantoate 2-reductase  38.36 
 
 		 336 aa  199  7e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.240886  normal  0.0518644 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1772  2-dehydropantoate 2-reductase  34.26 
 
 		 355 aa  197  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2587  2-dehydropantoate 2-reductase  35.13 
 
 		 351 aa  195  9e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.438378  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3780  2-dehydropantoate 2-reductase  36.99 
 
 		 337 aa  192  9e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4857  2-dehydropantoate 2-reductase  36.99 
 
 		 337 aa  192  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2457  2-dehydropantoate 2-reductase  34.18 
 
 		 351 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000431048 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1092  2-dehydropantoate 2-reductase  35.62 
 
 		 340 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.109673  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2264  2-dehydropantoate 2-reductase  35.62 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.584343  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2141  2-dehydropantoate 2-reductase  35.62 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0940  2-dehydropantoate 2-reductase  35.62 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0561  2-dehydropantoate 2-reductase  35.62 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.896479  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0749  2-dehydropantoate 2-reductase  33.75 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.770799  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0936  2-dehydropantoate 2-reductase  34.97 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.235019  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5870  2-dehydropantoate 2-reductase  34.07 
 
 		 348 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166245  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2563  2-dehydropantoate 2-reductase  33.23 
 
 		 351 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0895867  normal  0.0341922 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4737  2-dehydropantoate 2-reductase  32.19 
 
 		 330 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  33.55 
 
 		 370 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.795027  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2539  2-dehydropantoate 2-reductase  33.55 
 
 		 376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0470171  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3175  2-dehydropantoate 2-reductase  29.5 
 
 		 344 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  27.5 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  24.84 
 
 		 301 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  24.23 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  24.23 
 
 		 316 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  26.99 
 
 		 312 aa  95.5  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  25.99 
 
 		 335 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  24.77 
 
 		 309 aa  94  3e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  26.46 
 
 		 345 aa  93.2  5e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  23.36 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  24.3 
 
 		 301 aa  92.8  8e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  27.22 
 
 		 316 aa  92.4  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  26.43 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  26.72 
 
 		 332 aa  92  1e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  23.99 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  27.22 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  27.01 
 
 		 332 aa  91.7  2e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  27.22 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  28.36 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  26.99 
 
 		 323 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  27.22 
 
 		 315 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  26.91 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  22.29 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  29.57 
 
 		 313 aa  87.4  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  24.07 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  24.61 
 
 		 295 aa  86.7  5e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  23.89 
 
 		 326 aa  85.1  0.000000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  27.44 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  23.24 
 
 		 317 aa  84  0.000000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  24.69 
 
 		 310 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  27.83 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2559  2-dehydropantoate 2-reductase  24.77 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.195971 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3116  2-dehydropantoate 2-reductase  25.84 
 
 		 343 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  24.61 
 
 		 319 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  22.91 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  23.56 
 
 		 314 aa  79.3  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 319 aa  78.6  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  23.72 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  23.46 
 
 		 329 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  23.71 
 
 		 333 aa  77.8  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  23.62 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  23.55 
 
 		 341 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  24.46 
 
 		 316 aa  77.4  0.0000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3687  2-dehydropantoate 2-reductase  25.83 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  27.91 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  24.7 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1422  2-dehydropantoate 2-reductase  24.85 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  24.32 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0942  2-dehydropantoate 2-reductase  26.23 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0958  2-dehydropantoate 2-reductase  26.32 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  25.07 
 
 		 335 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  25.07 
 
 		 335 aa  72.8  0.000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  24.78 
 
 		 335 aa  72.4  0.000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2858  2-dehydropantoate 2-reductase  25.3 
 
 		 322 aa  71.2  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1285  2-dehydropantoate 2-reductase  25.48 
 
 		 311 aa  71.2  0.00000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  24.46 
 
 		 310 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1970  2-dehydropantoate 2-reductase  23.4 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.181266  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0382  2-dehydropantoate 2-reductase  23.01 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.876847  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2581  2-dehydropantoate 2-reductase  23.4 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.331281  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2895  2-dehydropantoate 2-reductase  25.55 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0400281  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2052  2-dehydropantoate 2-reductase  24.85 
 
 		 344 aa  70.1  0.00000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  25.81 
 
 		 336 aa  70.5  0.00000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  25.76 
 
 		 311 aa  70.1  0.00000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3040  2-dehydropantoate 2-reductase  22.97 
 
 		 324 aa  70.1  0.00000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  23.89 
 
 		 325 aa  70.1  0.00000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  26.54 
 
 		 307 aa  70.1  0.00000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  23.05 
 
 		 315 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  24.4 
 
 		 318 aa  69.7  0.00000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  23.56 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  23.46 
 
 		 307 aa  69.3  0.00000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  22.52 
 
 		 335 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  22.97 
 
 		 324 aa  68.6  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  24.85 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0942  2-dehydropantoate 2-reductase  25.48 
 
 		 297 aa  67.8  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0768  2-dehydropantoate 2-reductase  23.91 
 
 		 324 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000150905  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1688  2-dehydropantoate 2-reductase  22.42 
 
 		 351 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.754321  normal  0.201139 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1519  2-dehydropantoate 2-reductase  27.13 
 
 		 309 aa  67  0.0000000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.982841  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1677  2-dehydropantoate 2-reductase  23.77 
 
 		 319 aa  67  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>