More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_2587 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008390  Bamb_2587  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 351 aa  680    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.438378  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2457  2-dehydropantoate 2-reductase  97.72 
 
 		 351 aa  632  1e-180  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000431048 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2563  2-dehydropantoate 2-reductase  85.84 
 
 		 351 aa  544  1e-154  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0895867  normal  0.0341922 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5870  2-dehydropantoate 2-reductase  87.18 
 
 		 348 aa  531  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166245  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  85.71 
 
 		 370 aa  462  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.795027  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2539  2-dehydropantoate 2-reductase  85.71 
 
 		 376 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0470171  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  68.98 
 
 		 338 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2141  2-dehydropantoate 2-reductase  70.88 
 
 		 340 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2264  2-dehydropantoate 2-reductase  70.88 
 
 		 340 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.584343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1092  2-dehydropantoate 2-reductase  71.18 
 
 		 340 aa  410  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.109673  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0940  2-dehydropantoate 2-reductase  70.88 
 
 		 340 aa  409  1e-113  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0561  2-dehydropantoate 2-reductase  70.88 
 
 		 340 aa  409  1e-113  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.896479  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0936  2-dehydropantoate 2-reductase  70.59 
 
 		 340 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.235019  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3780  2-dehydropantoate 2-reductase  69.28 
 
 		 337 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146686  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4857  2-dehydropantoate 2-reductase  69.28 
 
 		 337 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0749  2-dehydropantoate 2-reductase  69.75 
 
 		 340 aa  394  1e-108  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.770799  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3493  2-dehydropantoate 2-reductase  58.04 
 
 		 336 aa  337  1.9999999999999998e-91  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.240886  normal  0.0518644 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  40.74 
 
 		 339 aa  251  2e-65  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3175  2-dehydropantoate 2-reductase  52.41 
 
 		 344 aa  239  6.999999999999999e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4737  2-dehydropantoate 2-reductase  47.74 
 
 		 330 aa  213  3.9999999999999995e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1772  2-dehydropantoate 2-reductase  37.22 
 
 		 355 aa  202  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0800  2-dehydropantoate 2-reductase  35.13 
 
 		 321 aa  200  3e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1081  2-dehydropantoate 2-reductase  39.48 
 
 		 337 aa  193  4e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117992  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  35.17 
 
 		 301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  35.17 
 
 		 301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  33.65 
 
 		 301 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  34.71 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  32.41 
 
 		 315 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  33.14 
 
 		 313 aa  126  7e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  31.79 
 
 		 315 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  32.09 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  30.86 
 
 		 335 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  34.18 
 
 		 295 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  34.46 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  31.38 
 
 		 316 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  31.38 
 
 		 316 aa  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  33.33 
 
 		 299 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  33.93 
 
 		 317 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  30.98 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  34.74 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  29.05 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  34.17 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  32 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  33.23 
 
 		 319 aa  109  8.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  30.77 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  30.82 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  28.13 
 
 		 316 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  32.48 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  32.71 
 
 		 305 aa  99.4  8e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  30.25 
 
 		 309 aa  96.7  5e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  27.16 
 
 		 311 aa  96.7  6e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  27.9 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  25.83 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  28.92 
 
 		 323 aa  95.1  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1104  2-dehydropantoate 2-reductase  31.06 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000227981 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  30.77 
 
 		 310 aa  89.4  9e-17  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0382  2-dehydropantoate 2-reductase  31.98 
 
 		 351 aa  89  1e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.876847  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  28.75 
 
 		 309 aa  89  1e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 		 296 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 		 329 aa  84.3  0.000000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2382  2-dehydropantoate 2-reductase  31.87 
 
 		 314 aa  83.6  0.000000000000004  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  32.04 
 
 		 313 aa  83.6  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 		 307 aa  80.9  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  27.81 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  27.33 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3687  2-dehydropantoate 2-reductase  32.43 
 
 		 302 aa  79.3  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  28.1 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  26.22 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5461  2-dehydropantoate 2-reductase  35.11 
 
 		 315 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.853784  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3781  2-dehydropantoate 2-reductase  34.22 
 
 		 312 aa  77.4  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0449567 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  23.26 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000003  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  30.12 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  29.71 
 
 		 312 aa  77  0.0000000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  25.24 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  26.42 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  27.61 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3545  2-dehydropantoate 2-reductase  34.57 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16372  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4822  2-dehydropantoate 2-reductase  34.57 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.117223 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0707  2-dehydropantoate 2-reductase  31.37 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.102156  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2052  2-dehydropantoate 2-reductase  30.96 
 
 		 344 aa  74.7  0.000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4726  2-dehydropantoate 2-reductase  34.76 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.14221 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3234  2-dehydropantoate 2-reductase  31.46 
 
 		 325 aa  75.1  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  26.33 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  26.33 
 
 		 335 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  26.41 
 
 		 336 aa  73.9  0.000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  25.99 
 
 		 326 aa  73.6  0.000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  26.05 
 
 		 335 aa  73.6  0.000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0902  2-dehydropantoate 2-reductase  29.97 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  25.85 
 
 		 307 aa  73.2  0.000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2500  2-dehydropantoate 2-reductase  35.18 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.637616 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  20.94 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2629  2-dehydropantoate 2-reductase  34.67 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3361  2-dehydropantoate 2-reductase  34.11 
 
 		 325 aa  72.8  0.000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  31.47 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2159  2-dehydropantoate 2-reductase  31.47 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  30.97 
 
 		 332 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 		 311 aa  71.6  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4203  2-dehydropantoate 2-reductase  34.22 
 
 		 315 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.379422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 		 324 aa  72  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>