More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3234 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3234  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 325 aa  653    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3558  2-dehydropantoate 2-reductase  97.54 
 
 		 325 aa  638    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3361  2-dehydropantoate 2-reductase  84 
 
 		 325 aa  546  1e-154  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1724  2-dehydropantoate 2-reductase  61.73 
 
 		 331 aa  392  1e-108  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2270  2-dehydropantoate 2-reductase  62.96 
 
 		 326 aa  388  1e-107  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191181  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1605  2-dehydropantoate 2-reductase  62.65 
 
 		 326 aa  387  1e-106  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.799177  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1681  2-dehydropantoate 2-reductase  62.35 
 
 		 326 aa  386  1e-106  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  60.25 
 
 		 331 aa  364  1e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  58.33 
 
 		 327 aa  362  4e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0153  2-dehydropantoate 2-reductase  61.98 
 
 		 351 aa  353  2e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5382  2-dehydropantoate 2-reductase  58.02 
 
 		 327 aa  348  5e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324063  normal  0.227406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1796  2-dehydropantoate 2-reductase  57.27 
 
 		 341 aa  348  6e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275897 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1224  2-dehydropantoate 2-reductase  58.02 
 
 		 327 aa  348  8e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318793 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0197  2-dehydropantoate 2-reductase  57.41 
 
 		 324 aa  344  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.431306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0135  2-dehydropantoate 2-reductase  57.1 
 
 		 324 aa  339  4e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.878184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0234  2-dehydropantoate 2-reductase  57.54 
 
 		 325 aa  331  1e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2487  2-dehydropantoate 2-reductase  53.85 
 
 		 329 aa  319  5e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1345  2-dehydropantoate 2-reductase  52.78 
 
 		 332 aa  317  1e-85  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162184  normal  0.0787128 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3341  2-dehydropantoate 2-reductase  53.4 
 
 		 324 aa  315  5e-85  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1471  2-dehydropantoate 2-reductase  53.4 
 
 		 329 aa  315  7e-85  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1964  2-dehydropantoate 2-reductase  53.4 
 
 		 329 aa  315  7e-85  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.734659  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1238  2-dehydropantoate 2-reductase  53.4 
 
 		 329 aa  315  7e-85  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2115  2-dehydropantoate 2-reductase  52.78 
 
 		 329 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2371  2-dehydropantoate 2-reductase  52.28 
 
 		 333 aa  310  2e-83  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6152  2-dehydropantoate 2-reductase  51.83 
 
 		 332 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.262393  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  51.83 
 
 		 332 aa  309  4e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193569  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2330  2-dehydropantoate 2-reductase  51.65 
 
 		 337 aa  308  5.9999999999999995e-83  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.787912  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5228  2-dehydropantoate 2-reductase  51.54 
 
 		 332 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1950  2-dehydropantoate 2-reductase  52.13 
 
 		 332 aa  305  8.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0818482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1915  2-dehydropantoate 2-reductase  51.54 
 
 		 332 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1845  2-dehydropantoate 2-reductase  50.31 
 
 		 332 aa  297  2e-79  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.995272  normal  0.0110748 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  48.92 
 
 		 324 aa  279  6e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  44.75 
 
 		 353 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  47.2 
 
 		 332 aa  266  2.9999999999999995e-70  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  47.08 
 
 		 332 aa  263  2e-69  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  43.03 
 
 		 346 aa  261  1e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  43.21 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2153  2-dehydropantoate 2-reductase  42.33 
 
 		 326 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.998843  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  43.21 
 
 		 324 aa  260  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  43.17 
 
 		 335 aa  254  9e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3040  2-dehydropantoate 2-reductase  46.75 
 
 		 324 aa  252  5.000000000000001e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  42.72 
 
 		 342 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  42.86 
 
 		 325 aa  249  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  43.44 
 
 		 333 aa  249  5e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2793  2-dehydropantoate 2-reductase  43.55 
 
 		 336 aa  246  3e-64  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  45.54 
 
 		 325 aa  246  3e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  44.14 
 
 		 336 aa  245  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2259  2-dehydropantoate 2-reductase  41.77 
 
 		 325 aa  242  5e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  43.26 
 
 		 326 aa  242  5e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6024  2-dehydropantoate 2-reductase  40.82 
 
 		 325 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.578091  normal  0.113365 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  41.61 
 
 		 337 aa  239  5e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  43.48 
 
 		 335 aa  239  5.999999999999999e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  42.24 
 
 		 335 aa  230  3e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  42.24 
 
 		 335 aa  228  8e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  42.24 
 
 		 335 aa  228  8e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2462  2-dehydropantoate 2-reductase  40.31 
 
 		 323 aa  226  4e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1558  2-dehydropantoate 2-reductase  48.59 
 
 		 447 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3657  ketopantoate reductase ApbA/PanE  58.92 
 
 		 223 aa  211  1e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.7671 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0191  2-dehydropantoate 2-reductase  38.03 
 
 		 339 aa  202  5e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00418767  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1818  2-dehydropantoate 2-reductase  34.91 
 
 		 327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1471  2-dehydropantoate 2-reductase  39.59 
 
 		 334 aa  194  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4110  2-dehydropantoate 2-reductase  36.86 
 
 		 336 aa  182  6e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.661509  normal  0.957383 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45590  hypothetical protein  36.08 
 
 		 359 aa  172  5.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3888  2-dehydropantoate 2-reductase  35.94 
 
 		 324 aa  169  6e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0769062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  33.66 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  33.66 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  31 
 
 		 313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  30.63 
 
 		 316 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03720  2-dehydropantoate 2-reductase  31.35 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.389364  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  32.92 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  30.41 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  30.63 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  29.27 
 
 		 329 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  29.32 
 
 		 299 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  27.5 
 
 		 312 aa  107  2e-22  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  30.41 
 
 		 315 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  31.06 
 
 		 312 aa  107  4e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  30.41 
 
 		 341 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2699  2-dehydropantoate 2-reductase  30.72 
 
 		 322 aa  105  7e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  29.72 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  30.15 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  29.1 
 
 		 301 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 		 319 aa  104  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  29.47 
 
 		 309 aa  102  9e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  32.08 
 
 		 345 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  30.74 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  29.45 
 
 		 311 aa  99  9e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  30.27 
 
 		 315 aa  97.1  4e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  30.25 
 
 		 307 aa  95.5  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  30.25 
 
 		 307 aa  94.4  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0552  2-dehydropantoate 2-reductase  27.5 
 
 		 319 aa  94.7  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  28.97 
 
 		 302 aa  94.4  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  26.8 
 
 		 309 aa  91.7  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  31.53 
 
 		 319 aa  90.9  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1293  2-dehydropantoate 2-reductase  27.33 
 
 		 312 aa  90.9  2e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.519384  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  29.85 
 
 		 315 aa  89.7  6e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  29.38 
 
 		 306 aa  89.4  8e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  27.44 
 
 		 302 aa  89.4  9e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>