More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2699 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_2699  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
322 aa  607  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122985  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3888  2-dehydropantoate 2-reductase  44.95 
 
 
324 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0769062  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  36.25 
 
 
332 aa  167  2e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45590  hypothetical protein  41.74 
 
 
359 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1818  2-dehydropantoate 2-reductase  33.23 
 
 
327 aa  162  6e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  35.46 
 
 
332 aa  159  5e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  34.52 
 
 
335 aa  159  6e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  35.48 
 
 
331 aa  157  2e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  33.02 
 
 
326 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  33.23 
 
 
335 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  33.23 
 
 
335 aa  152  8.999999999999999e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  32.91 
 
 
335 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  34.28 
 
 
324 aa  150  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  30.74 
 
 
353 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  32.41 
 
 
336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  29.77 
 
 
324 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4110  2-dehydropantoate 2-reductase  34.33 
 
 
336 aa  145  1e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.661509  normal  0.957383 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2462  2-dehydropantoate 2-reductase  33.87 
 
 
323 aa  143  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3040  2-dehydropantoate 2-reductase  34.59 
 
 
324 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  29.13 
 
 
324 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1845  2-dehydropantoate 2-reductase  36.77 
 
 
332 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.995272  normal  0.0110748 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  33.02 
 
 
337 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3361  2-dehydropantoate 2-reductase  34.2 
 
 
325 aa  138  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5228  2-dehydropantoate 2-reductase  36.45 
 
 
332 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2153  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 
326 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.998843  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  29.87 
 
 
342 aa  136  5e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  30.1 
 
 
325 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6152  2-dehydropantoate 2-reductase  36.13 
 
 
332 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.262393  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1915  2-dehydropantoate 2-reductase  36.01 
 
 
332 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  36.13 
 
 
332 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193569  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0191  2-dehydropantoate 2-reductase  30.19 
 
 
339 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00418767  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  31.79 
 
 
333 aa  134  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  30.79 
 
 
325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3558  2-dehydropantoate 2-reductase  31.05 
 
 
325 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1345  2-dehydropantoate 2-reductase  36.13 
 
 
332 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162184  normal  0.0787128 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1681  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 
326 aa  133  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3234  2-dehydropantoate 2-reductase  30.72 
 
 
325 aa  132  6e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1605  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 
326 aa  132  6e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.799177  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2115  2-dehydropantoate 2-reductase  35.46 
 
 
329 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0197  2-dehydropantoate 2-reductase  33.44 
 
 
324 aa  132  9e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.431306  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1950  2-dehydropantoate 2-reductase  34.84 
 
 
332 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0818482  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2270  2-dehydropantoate 2-reductase  33.88 
 
 
326 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191181  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1558  2-dehydropantoate 2-reductase  34.81 
 
 
447 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  30.42 
 
 
335 aa  129  5.0000000000000004e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3341  2-dehydropantoate 2-reductase  36.54 
 
 
324 aa  129  6e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1471  2-dehydropantoate 2-reductase  36.33 
 
 
329 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1238  2-dehydropantoate 2-reductase  36.33 
 
 
329 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1964  2-dehydropantoate 2-reductase  36.33 
 
 
329 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.734659  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2487  2-dehydropantoate 2-reductase  36.54 
 
 
329 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  32 
 
 
327 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1796  2-dehydropantoate 2-reductase  31.01 
 
 
341 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.275897 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2793  2-dehydropantoate 2-reductase  29.22 
 
 
336 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2330  2-dehydropantoate 2-reductase  34.8 
 
 
337 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.787912  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1724  2-dehydropantoate 2-reductase  30.54 
 
 
331 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2371  2-dehydropantoate 2-reductase  36.08 
 
 
333 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0135  2-dehydropantoate 2-reductase  30.74 
 
 
324 aa  123  5e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.878184  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0234  2-dehydropantoate 2-reductase  32.04 
 
 
325 aa  119  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1224  2-dehydropantoate 2-reductase  30.03 
 
 
327 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318793 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  27.62 
 
 
346 aa  118  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6024  2-dehydropantoate 2-reductase  28.94 
 
 
325 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.578091  normal  0.113365 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5382  2-dehydropantoate 2-reductase  30.32 
 
 
327 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324063  normal  0.227406 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2259  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 
325 aa  112  9e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1471  2-dehydropantoate 2-reductase  29.19 
 
 
334 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0153  2-dehydropantoate 2-reductase  32.88 
 
 
351 aa  97.1  4e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03720  2-dehydropantoate 2-reductase  29.77 
 
 
314 aa  91.3  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.389364  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2022  2-dehydropantoate 2-reductase  26.56 
 
 
310 aa  87  4e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.29792  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  30.03 
 
 
301 aa  86.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41900  2-dehydropantoate 2-reductase  29.25 
 
 
315 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  32.2 
 
 
312 aa  82.4  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0462  2-dehydropantoate 2-reductase  28.44 
 
 
303 aa  80.5  0.00000000000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  28.71 
 
 
306 aa  79  0.0000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  23.08 
 
 
311 aa  78.6  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3657  ketopantoate reductase ApbA/PanE  32.2 
 
 
223 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.7671 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  26.14 
 
 
306 aa  77.4  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  28.21 
 
 
302 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  30.13 
 
 
310 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  28.3 
 
 
299 aa  75.9  0.0000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  23.47 
 
 
307 aa  75.9  0.0000000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  29.78 
 
 
312 aa  75.1  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  29.93 
 
 
300 aa  75.1  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4927  2-dehydropantoate 2-reductase  31.41 
 
 
306 aa  75.1  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332007  normal  0.934837 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  27.16 
 
 
313 aa  75.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  26.75 
 
 
311 aa  75.1  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1293  2-dehydropantoate 2-reductase  24.15 
 
 
312 aa  74.7  0.000000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.519384  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2967  2-dehydropantoate 2-reductase  30 
 
 
311 aa  73.2  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53344  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  26.09 
 
 
313 aa  72.8  0.000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  24.69 
 
 
319 aa  72.8  0.000000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3445  2-dehydropantoate 2-reductase  28.38 
 
 
349 aa  72  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00422056  hitchhiker  0.00254132 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  30.03 
 
 
301 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  26.4 
 
 
317 aa  70.1  0.00000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  27.3 
 
 
302 aa  69.7  0.00000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  27.96 
 
 
314 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  29.69 
 
 
301 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1998  2-dehydropantoate 2-reductase  27.36 
 
 
310 aa  68.6  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  25.78 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  28.27 
 
 
305 aa  67.4  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3892  2-dehydropantoate 2-reductase  27.59 
 
 
310 aa  67  0.0000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2074  2-dehydropantoate 2-reductase  27.45 
 
 
323 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.136591  normal  0.0111283 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2600  2-dehydropantoate 2-reductase  27.36 
 
 
311 aa  67  0.0000000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  26.73 
 
 
296 aa  67  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>