More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2023 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  95.99 
 
 		 324 aa  640    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 324 aa  662    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2153  2-dehydropantoate 2-reductase  92.94 
 
 		 326 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.998843  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  87.35 
 
 		 353 aa  592  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  70.9 
 
 		 346 aa  490  1e-137  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  70.09 
 
 		 342 aa  476  1e-133  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  69.04 
 
 		 325 aa  473  1e-132  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  68.22 
 
 		 335 aa  470  1.0000000000000001e-131  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2259  2-dehydropantoate 2-reductase  67.29 
 
 		 325 aa  463  1e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6024  2-dehydropantoate 2-reductase  65.73 
 
 		 325 aa  455  1e-127  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.578091  normal  0.113365 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  59.44 
 
 		 324 aa  402  1e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  60.92 
 
 		 325 aa  402  1e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3040  2-dehydropantoate 2-reductase  58.82 
 
 		 324 aa  384  1e-106  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2462  2-dehydropantoate 2-reductase  53.11 
 
 		 323 aa  347  1e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  52.85 
 
 		 332 aa  343  2e-93  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  51.58 
 
 		 332 aa  333  3e-90  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  53.53 
 
 		 335 aa  331  8e-90  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  50.63 
 
 		 337 aa  328  7e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2793  2-dehydropantoate 2-reductase  50.97 
 
 		 336 aa  323  2e-87  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  49.68 
 
 		 326 aa  321  9.000000000000001e-87  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0191  2-dehydropantoate 2-reductase  50.63 
 
 		 339 aa  320  1.9999999999999998e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00418767  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  48.73 
 
 		 333 aa  316  3e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1558  2-dehydropantoate 2-reductase  52.78 
 
 		 447 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  47.44 
 
 		 336 aa  308  8e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  48.9 
 
 		 335 aa  301  1e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  47.95 
 
 		 335 aa  291  1e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  47.95 
 
 		 335 aa  291  1e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  44.14 
 
 		 327 aa  279  4e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5382  2-dehydropantoate 2-reductase  45.37 
 
 		 327 aa  278  1e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324063  normal  0.227406 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1224  2-dehydropantoate 2-reductase  45.06 
 
 		 327 aa  272  6e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318793 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  45.08 
 
 		 331 aa  267  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0197  2-dehydropantoate 2-reductase  45.06 
 
 		 324 aa  264  2e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.431306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0135  2-dehydropantoate 2-reductase  45.06 
 
 		 324 aa  263  3e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.878184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3558  2-dehydropantoate 2-reductase  42.9 
 
 		 325 aa  262  6.999999999999999e-69  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1724  2-dehydropantoate 2-reductase  41.36 
 
 		 331 aa  261  1e-68  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3234  2-dehydropantoate 2-reductase  43.21 
 
 		 325 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2270  2-dehydropantoate 2-reductase  40.74 
 
 		 326 aa  257  1e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191181  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1605  2-dehydropantoate 2-reductase  41.36 
 
 		 326 aa  257  2e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.799177  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0234  2-dehydropantoate 2-reductase  44.31 
 
 		 325 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1681  2-dehydropantoate 2-reductase  41.05 
 
 		 326 aa  256  3e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4110  2-dehydropantoate 2-reductase  42.38 
 
 		 336 aa  255  7e-67  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.661509  normal  0.957383 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1471  2-dehydropantoate 2-reductase  43.93 
 
 		 334 aa  250  2e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3341  2-dehydropantoate 2-reductase  41.85 
 
 		 324 aa  249  4e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1471  2-dehydropantoate 2-reductase  41.54 
 
 		 329 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2487  2-dehydropantoate 2-reductase  41.54 
 
 		 329 aa  247  2e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1964  2-dehydropantoate 2-reductase  41.54 
 
 		 329 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.734659  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1238  2-dehydropantoate 2-reductase  41.54 
 
 		 329 aa  247  2e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3361  2-dehydropantoate 2-reductase  41.36 
 
 		 325 aa  246  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2371  2-dehydropantoate 2-reductase  40.55 
 
 		 333 aa  243  3e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2330  2-dehydropantoate 2-reductase  40.06 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.787912  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1345  2-dehydropantoate 2-reductase  41.36 
 
 		 332 aa  240  2e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162184  normal  0.0787128 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1845  2-dehydropantoate 2-reductase  41.41 
 
 		 332 aa  240  2e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.995272  normal  0.0110748 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2115  2-dehydropantoate 2-reductase  41.23 
 
 		 329 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1796  2-dehydropantoate 2-reductase  40.43 
 
 		 341 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275897 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1915  2-dehydropantoate 2-reductase  40.8 
 
 		 332 aa  238  1e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5228  2-dehydropantoate 2-reductase  40.18 
 
 		 332 aa  235  8e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6152  2-dehydropantoate 2-reductase  40.18 
 
 		 332 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.262393  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  40.18 
 
 		 332 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193569  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1950  2-dehydropantoate 2-reductase  40.49 
 
 		 332 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0818482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0153  2-dehydropantoate 2-reductase  38.78 
 
 		 351 aa  203  3e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1818  2-dehydropantoate 2-reductase  34.5 
 
 		 327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45590  hypothetical protein  35.78 
 
 		 359 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3657  ketopantoate reductase ApbA/PanE  43.35 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.7671 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3888  2-dehydropantoate 2-reductase  29.56 
 
 		 324 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0769062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  30.39 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  30.77 
 
 		 309 aa  119  4.9999999999999996e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2699  2-dehydropantoate 2-reductase  29.9 
 
 		 322 aa  117  3e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  28.75 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  32.08 
 
 		 315 aa  116  5e-25  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  29.74 
 
 		 299 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  32.49 
 
 		 299 aa  114  3e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  29.69 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  32.22 
 
 		 341 aa  113  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  30.13 
 
 		 307 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  30.15 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  29.33 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  31.08 
 
 		 323 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  30.41 
 
 		 307 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  29.84 
 
 		 316 aa  109  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  29.77 
 
 		 316 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  32.28 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  31.01 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 		 295 aa  107  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  31.01 
 
 		 316 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  25.61 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  27.76 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  30.72 
 
 		 315 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  27.13 
 
 		 319 aa  103  5e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  28.21 
 
 		 301 aa  103  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  29.78 
 
 		 315 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  28.88 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  28.08 
 
 		 345 aa  101  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03720  2-dehydropantoate 2-reductase  26.67 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.389364  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  28.21 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  27.76 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  27.64 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  26.1 
 
 		 306 aa  99.8  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 		 309 aa  99.4  7e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>