More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3888 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_3888  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 324 aa  629  1e-179  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0769062  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3361  2-dehydropantoate 2-reductase  38.44 
 
 		 325 aa  182  8.000000000000001e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2462  2-dehydropantoate 2-reductase  38.68 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  37.46 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1605  2-dehydropantoate 2-reductase  37.38 
 
 		 326 aa  180  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.799177  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1681  2-dehydropantoate 2-reductase  37.07 
 
 		 326 aa  179  5.999999999999999e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2270  2-dehydropantoate 2-reductase  36.76 
 
 		 326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191181  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  36.39 
 
 		 333 aa  170  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  36.79 
 
 		 332 aa  169  5e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3234  2-dehydropantoate 2-reductase  35.94 
 
 		 325 aa  169  6e-41  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  36.16 
 
 		 332 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0197  2-dehydropantoate 2-reductase  37.38 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.431306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0135  2-dehydropantoate 2-reductase  36.76 
 
 		 324 aa  167  2e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.878184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  35.29 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2699  2-dehydropantoate 2-reductase  44.82 
 
 		 322 aa  165  8e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.122985  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1818  2-dehydropantoate 2-reductase  33.98 
 
 		 327 aa  164  2.0000000000000002e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3040  2-dehydropantoate 2-reductase  37.15 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3558  2-dehydropantoate 2-reductase  35 
 
 		 325 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1724  2-dehydropantoate 2-reductase  32.71 
 
 		 331 aa  160  4e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  37.54 
 
 		 331 aa  159  5e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5228  2-dehydropantoate 2-reductase  37.85 
 
 		 332 aa  159  9e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.724551 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6152  2-dehydropantoate 2-reductase  37.85 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.262393  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  37.85 
 
 		 332 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.193569  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1950  2-dehydropantoate 2-reductase  37.85 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0818482  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45590  hypothetical protein  37.22 
 
 		 359 aa  155  1e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1345  2-dehydropantoate 2-reductase  39.62 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.162184  normal  0.0787128 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3341  2-dehydropantoate 2-reductase  38.36 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1238  2-dehydropantoate 2-reductase  38.36 
 
 		 329 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1471  2-dehydropantoate 2-reductase  38.36 
 
 		 329 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1964  2-dehydropantoate 2-reductase  38.36 
 
 		 329 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.734659  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1915  2-dehydropantoate 2-reductase  37.85 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.546087  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2487  2-dehydropantoate 2-reductase  38.36 
 
 		 329 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  34.27 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1224  2-dehydropantoate 2-reductase  33.86 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.318793 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1845  2-dehydropantoate 2-reductase  36.91 
 
 		 332 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.995272  normal  0.0110748 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  30.91 
 
 		 342 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  31.43 
 
 		 346 aa  149  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2371  2-dehydropantoate 2-reductase  37.89 
 
 		 333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.58261  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5382  2-dehydropantoate 2-reductase  33.12 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324063  normal  0.227406 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1796  2-dehydropantoate 2-reductase  34.77 
 
 		 341 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275897 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2115  2-dehydropantoate 2-reductase  37.66 
 
 		 329 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2330  2-dehydropantoate 2-reductase  37.42 
 
 		 337 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.787912  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  30.48 
 
 		 325 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  33.12 
 
 		 336 aa  143  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0191  2-dehydropantoate 2-reductase  33.99 
 
 		 339 aa  143  4e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00418767  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  32.29 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  32.29 
 
 		 335 aa  143  5e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  32.92 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  31.97 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  30.63 
 
 		 353 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  31.46 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4110  2-dehydropantoate 2-reductase  34.56 
 
 		 336 aa  140  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.661509  normal  0.957383 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  32.32 
 
 		 325 aa  140  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  30.5 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0234  2-dehydropantoate 2-reductase  34.36 
 
 		 325 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2153  2-dehydropantoate 2-reductase  31.25 
 
 		 326 aa  138  1e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.998843  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  29.52 
 
 		 335 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1558  2-dehydropantoate 2-reductase  35.97 
 
 		 447 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2259  2-dehydropantoate 2-reductase  29.69 
 
 		 325 aa  134  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  29.56 
 
 		 324 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1471  2-dehydropantoate 2-reductase  32.88 
 
 		 334 aa  133  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2793  2-dehydropantoate 2-reductase  30.9 
 
 		 336 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6024  2-dehydropantoate 2-reductase  29.06 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.578091  normal  0.113365 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0153  2-dehydropantoate 2-reductase  32.91 
 
 		 351 aa  122  8e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03720  2-dehydropantoate 2-reductase  33.44 
 
 		 314 aa  109  8.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.389364  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  29.14 
 
 		 313 aa  106  6e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  29.91 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  29.32 
 
 		 335 aa  95.1  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  30.7 
 
 		 300 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2500  2-dehydropantoate 2-reductase  32.63 
 
 		 314 aa  90.1  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.637616 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  28.13 
 
 		 307 aa  89  9e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2629  2-dehydropantoate 2-reductase  31.42 
 
 		 314 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  29.06 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  27.52 
 
 		 307 aa  87.8  2e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  28.75 
 
 		 301 aa  87.4  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  24.7 
 
 		 316 aa  87  4e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  26.23 
 
 		 319 aa  87  4e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  30.51 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3657  ketopantoate reductase ApbA/PanE  34.24 
 
 		 223 aa  85.5  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.7671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  29.06 
 
 		 301 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  28.4 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  26.61 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  27.73 
 
 		 329 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  28.75 
 
 		 310 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5912  2-dehydropantoate 2-reductase  30.21 
 
 		 314 aa  82.4  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.579455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3781  2-dehydropantoate 2-reductase  27.18 
 
 		 312 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0449567 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4552  2-dehydropantoate 2-reductase  30 
 
 		 307 aa  81.3  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5770  2-dehydropantoate 2-reductase  28.97 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  28.39 
 
 		 319 aa  80.9  0.00000000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1293  2-dehydropantoate 2-reductase  24.77 
 
 		 312 aa  80.1  0.00000000000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.519384  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  28.08 
 
 		 319 aa  79.3  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  28 
 
 		 312 aa  79.3  0.00000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1970  2-dehydropantoate 2-reductase  29.61 
 
 		 314 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.181266  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2581  2-dehydropantoate 2-reductase  29.61 
 
 		 314 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.331281  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2600  2-dehydropantoate 2-reductase  30.09 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  25.76 
 
 		 314 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  27.95 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  27.95 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  26.71 
 
 		 315 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  30.41 
 
 		 312 aa  75.1  0.000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>