More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_1081 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_1081  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 337 aa  694    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.117992  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0800  2-dehydropantoate 2-reductase  59.69 
 
 		 321 aa  367  1e-100  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  35.98 
 
 		 339 aa  200  3e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4857  2-dehydropantoate 2-reductase  41.61 
 
 		 337 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3780  2-dehydropantoate 2-reductase  41.61 
 
 		 337 aa  193  4e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146686  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1772  2-dehydropantoate 2-reductase  34.87 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03188  2-dehydropantoate 2-reductase  38.51 
 
 		 338 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.460343  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3493  2-dehydropantoate 2-reductase  38.51 
 
 		 336 aa  189  5.999999999999999e-47  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.240886  normal  0.0518644 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2587  2-dehydropantoate 2-reductase  39.48 
 
 		 351 aa  189  7e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.438378  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2457  2-dehydropantoate 2-reductase  38.83 
 
 		 351 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000431048 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0561  2-dehydropantoate 2-reductase  39.87 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.896479  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2264  2-dehydropantoate 2-reductase  39.87 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.584343  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1092  2-dehydropantoate 2-reductase  39.87 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.109673  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2141  2-dehydropantoate 2-reductase  39.87 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0940  2-dehydropantoate 2-reductase  39.87 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0749  2-dehydropantoate 2-reductase  38.01 
 
 		 340 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.770799  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0936  2-dehydropantoate 2-reductase  39.55 
 
 		 340 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.235019  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2563  2-dehydropantoate 2-reductase  36.89 
 
 		 351 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0895867  normal  0.0341922 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5870  2-dehydropantoate 2-reductase  37.54 
 
 		 348 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166245  normal  0.274276 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4737  2-dehydropantoate 2-reductase  36.81 
 
 		 330 aa  152  5e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1927  2-dehydropantoate 2-reductase  36.93 
 
 		 370 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.795027  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2539  2-dehydropantoate 2-reductase  36.93 
 
 		 376 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0470171  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3175  2-dehydropantoate 2-reductase  36.25 
 
 		 344 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  28.12 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  27.52 
 
 		 316 aa  99.4  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  27.22 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  29.45 
 
 		 315 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  26.23 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  28.83 
 
 		 315 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 		 335 aa  93.2  5e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  26.67 
 
 		 309 aa  89.7  5e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  26.23 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  26.36 
 
 		 313 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  27.58 
 
 		 317 aa  88.6  1e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  26.3 
 
 		 341 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  27.38 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  28.45 
 
 		 333 aa  86.7  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  27.93 
 
 		 312 aa  85.9  9e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1323  2-dehydropantoate 2-reductase  27.27 
 
 		 316 aa  85.9  9e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.684769  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 		 300 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  28.09 
 
 		 299 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  26.75 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1115  2-dehydropantoate 2-reductase  26.69 
 
 		 309 aa  81.6  0.00000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.275273  normal  0.917906 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  26.75 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  25.23 
 
 		 329 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  26.16 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0708  2-dehydropantoate 2-reductase  25.9 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3603  2-dehydropantoate 2-reductase  26.2 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0382  2-dehydropantoate 2-reductase  26.27 
 
 		 351 aa  79.7  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.876847  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1567  2-dehydropantoate 2-reductase  24.63 
 
 		 318 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.62221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3535  2-dehydropantoate 2-reductase  25.6 
 
 		 311 aa  79  0.0000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.40675  hitchhiker  0.0000949952 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1894  2-dehydropantoate 2-reductase  26.25 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  25.47 
 
 		 298 aa  78.6  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  26.91 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  26.15 
 
 		 323 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  25.88 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  25.82 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  26.61 
 
 		 305 aa  75.9  0.0000000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  26.61 
 
 		 305 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  26.61 
 
 		 305 aa  75.9  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  25.71 
 
 		 301 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  26.61 
 
 		 305 aa  75.5  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  25.39 
 
 		 301 aa  75.5  0.000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0791  2-dehydropantoate 2-reductase  24.85 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1422  2-dehydropantoate 2-reductase  25.98 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  26.3 
 
 		 316 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4530  2-dehydropantoate 2-reductase  24.57 
 
 		 355 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.247613 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  28.57 
 
 		 336 aa  74.3  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  25.74 
 
 		 311 aa  73.6  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  27.86 
 
 		 337 aa  73.6  0.000000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  26.42 
 
 		 315 aa  73.6  0.000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0958  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 		 294 aa  73.2  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  27.83 
 
 		 332 aa  72.8  0.000000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  22.47 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2858  2-dehydropantoate 2-reductase  25.38 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  26.09 
 
 		 319 aa  72.8  0.000000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6083  2-dehydropantoate 2-reductase  24.84 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  25.16 
 
 		 345 aa  72  0.00000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  23.94 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  27.08 
 
 		 313 aa  71.2  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  23.37 
 
 		 307 aa  72  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2991  2-dehydropantoate 2-reductase  26.54 
 
 		 337 aa  71.6  0.00000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.1296  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3726  2-dehydropantoate 2-reductase  24.92 
 
 		 312 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  26.09 
 
 		 319 aa  70.9  0.00000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  26.54 
 
 		 325 aa  70.5  0.00000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  27 
 
 		 309 aa  69.7  0.00000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 		 296 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1285  2-dehydropantoate 2-reductase  24.68 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000009  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2022  2-dehydropantoate 2-reductase  25.07 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.29792  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0816  2-dehydropantoate 2-reductase  26.79 
 
 		 320 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  26.43 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1893  2-dehydropantoate 2-reductase  26.69 
 
 		 310 aa  68.6  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00746651  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  27.95 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1519  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 		 309 aa  67.8  0.0000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.982841  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  23.93 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002696  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  27.2 
 
 		 335 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  27.2 
 
 		 335 aa  67.4  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1688  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 		 351 aa  67  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.754321  normal  0.201139 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>