More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_1861 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007777  Francci3_1861  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
317 aa  624  1e-178  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  42.57 
 
 
318 aa  204  1e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  40.48 
 
 
315 aa  188  1e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  39.8 
 
 
311 aa  177  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 
309 aa  164  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  36.04 
 
 
307 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  36.04 
 
 
307 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  33.57 
 
 
306 aa  150  4e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  31.82 
 
 
301 aa  142  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2380  2-dehydropantoate 2-reductase  36.97 
 
 
317 aa  141  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0336446 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  32.03 
 
 
301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  31.7 
 
 
301 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  31.13 
 
 
299 aa  132  6e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  32.2 
 
 
300 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  32.89 
 
 
312 aa  128  2.0000000000000002e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3892  2-dehydropantoate 2-reductase  33.55 
 
 
310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0186  2-dehydropantoate 2-reductase  32.04 
 
 
306 aa  125  1e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  32.23 
 
 
315 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  31.15 
 
 
333 aa  123  3e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  32.23 
 
 
315 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  26.82 
 
 
307 aa  122  9.999999999999999e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4927  2-dehydropantoate 2-reductase  31.47 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332007  normal  0.934837 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  30.21 
 
 
337 aa  120  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  29.83 
 
 
311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  31.25 
 
 
299 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0600  2-dehydropantoate 2-reductase  28.9 
 
 
314 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000137771  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  30.67 
 
 
295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  28.1 
 
 
306 aa  117  1.9999999999999998e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  32.34 
 
 
335 aa  117  3e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  31.48 
 
 
305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4726  2-dehydropantoate 2-reductase  31.37 
 
 
315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.14221 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1293  2-dehydropantoate 2-reductase  26.89 
 
 
312 aa  114  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.519384  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4356  2-dehydropantoate 2-reductase  29.5 
 
 
335 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.484695 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  31.39 
 
 
309 aa  114  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1724  2-dehydropantoate 2-reductase  30.19 
 
 
331 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0313  2-dehydropantoate 2-reductase  29.51 
 
 
307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3781  2-dehydropantoate 2-reductase  33.45 
 
 
312 aa  113  5e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0449567 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  31 
 
 
316 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  28.8 
 
 
329 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1681  2-dehydropantoate 2-reductase  31.99 
 
 
326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  30.98 
 
 
326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  27.51 
 
 
314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1605  2-dehydropantoate 2-reductase  31.99 
 
 
326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.799177  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  31 
 
 
316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6167  2-dehydropantoate 2-reductase  32.09 
 
 
314 aa  110  3e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  31.09 
 
 
317 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  30.98 
 
 
341 aa  110  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  28.91 
 
 
325 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  29.91 
 
 
335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2793  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 
336 aa  110  4.0000000000000004e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1224  2-dehydropantoate 2-reductase  29.57 
 
 
327 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.318793 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5461  2-dehydropantoate 2-reductase  33.45 
 
 
315 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.853784  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0163  2-dehydropantoate 2-reductase  30.74 
 
 
306 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2270  2-dehydropantoate 2-reductase  31.46 
 
 
326 aa  109  7.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191181  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  26.3 
 
 
319 aa  109  8.000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  30 
 
 
302 aa  108  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3612  2-dehydropantoate 2-reductase  27.76 
 
 
342 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  29 
 
 
302 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  29.93 
 
 
345 aa  108  1e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  30.3 
 
 
331 aa  107  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0021  2-dehydropantoate 2-reductase  29.28 
 
 
306 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3545  2-dehydropantoate 2-reductase  33.09 
 
 
315 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16372  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3558  2-dehydropantoate 2-reductase  30.03 
 
 
325 aa  107  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4822  2-dehydropantoate 2-reductase  33.09 
 
 
315 aa  106  4e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.117223 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  30.64 
 
 
323 aa  106  5e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  31.05 
 
 
325 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  29.31 
 
 
324 aa  105  8e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0882  2-dehydropantoate 2-reductase  32.37 
 
 
315 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.277426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6024  2-dehydropantoate 2-reductase  27.19 
 
 
325 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.578091  normal  0.113365 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  29.43 
 
 
316 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  29.97 
 
 
325 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  29.43 
 
 
316 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  29.05 
 
 
327 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3361  2-dehydropantoate 2-reductase  30.99 
 
 
325 aa  104  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0729  2-dehydropantoate 2-reductase  31.27 
 
 
306 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.691763  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  29.27 
 
 
332 aa  104  2e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3234  2-dehydropantoate 2-reductase  29.71 
 
 
325 aa  104  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2936  2-dehydropantoate 2-reductase  30.03 
 
 
312 aa  103  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.178942 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2605  2-dehydropantoate 2-reductase  29.25 
 
 
314 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4498  2-dehydropantoate 2-reductase  30.69 
 
 
312 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.399113 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  29.43 
 
 
332 aa  103  4e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4203  2-dehydropantoate 2-reductase  31.37 
 
 
315 aa  103  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.379422  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  26.62 
 
 
307 aa  102  6e-21  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  26.56 
 
 
307 aa  102  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4423  2-dehydropantoate 2-reductase  30.41 
 
 
311 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.852681 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  30.06 
 
 
336 aa  102  8e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5382  2-dehydropantoate 2-reductase  27.68 
 
 
327 aa  102  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.324063  normal  0.227406 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1405  2-dehydropantoate 2-reductase  29.64 
 
 
307 aa  102  9e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  31.25 
 
 
319 aa  102  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0018  2-dehydropantoate 2-reductase  31.32 
 
 
306 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4116  2-dehydropantoate 2-reductase  28.76 
 
 
308 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.605632 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  28.31 
 
 
335 aa  101  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  29.18 
 
 
313 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  28.31 
 
 
335 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 
298 aa  102  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  28.31 
 
 
335 aa  101  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  27.92 
 
 
313 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3881  2-dehydropantoate 2-reductase  36.32 
 
 
310 aa  101  2e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.564166  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  27.27 
 
 
311 aa  101  2e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0016  2-dehydropantoate 2-reductase  29.79 
 
 
307 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>