More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2549 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_2549  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
317 aa  634    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0215033  hitchhiker  0.00000000817655 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41900  2-dehydropantoate 2-reductase  70.42 
 
 
315 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3556  2-dehydropantoate 2-reductase  71.86 
 
 
315 aa  411  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4006  2-dehydropantoate 2-reductase  69.02 
 
 
317 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00143749  normal  0.661851 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2276  2-dehydropantoate 2-reductase  64.4 
 
 
323 aa  394  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00122842  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2325  2-dehydropantoate 2-reductase  66.88 
 
 
315 aa  389  1e-107  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.79299  hitchhiker  0.0000420215 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3445  2-dehydropantoate 2-reductase  66.56 
 
 
349 aa  390  1e-107  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00422056  hitchhiker  0.00254132 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1926  2-dehydropantoate 2-reductase  66.56 
 
 
315 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000062548  hitchhiker  0.000000000000153659 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2074  2-dehydropantoate 2-reductase  64.72 
 
 
323 aa  383  1e-105  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.136591  normal  0.0111283 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1766  2-dehydropantoate 2-reductase  66.56 
 
 
315 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.411691  hitchhiker  0.000000000967397 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  42.95 
 
 
313 aa  251  9.000000000000001e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1293  2-dehydropantoate 2-reductase  39.94 
 
 
312 aa  234  1.0000000000000001e-60  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.519384  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  39.29 
 
 
319 aa  231  1e-59  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  40.8 
 
 
302 aa  208  1e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  39.46 
 
 
302 aa  195  8.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1859  2-dehydropantoate 2-reductase  35.74 
 
 
311 aa  184  2.0000000000000003e-45  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.540128  normal  0.594276 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2230  2-dehydropantoate 2-reductase  35.46 
 
 
305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000157651  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  37.94 
 
 
312 aa  180  2e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 
312 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0552  2-dehydropantoate 2-reductase  33.44 
 
 
319 aa  161  1e-38  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011688  PHATRDRAFT_39578  predicted protein  29.48 
 
 
414 aa  132  7.999999999999999e-30  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  30.66 
 
 
307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  27.18 
 
 
301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  33.22 
 
 
311 aa  108  8.000000000000001e-23  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  29.97 
 
 
307 aa  106  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  32.52 
 
 
315 aa  106  6e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  28.53 
 
 
325 aa  99.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  28.92 
 
 
318 aa  99.4  8e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  27.01 
 
 
345 aa  98.2  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  27.16 
 
 
300 aa  96.7  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001303  ANIA_08718  2-dehydropantoate 2-reductase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G02620)  23.53 
 
 
711 aa  94.4  2e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  27.01 
 
 
299 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  26.13 
 
 
307 aa  93.6  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02389  ketopantoate reductase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_2G14497)  24.35 
 
 
426 aa  93.6  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  26.85 
 
 
333 aa  93.6  4e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  27.74 
 
 
299 aa  92  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  25.83 
 
 
335 aa  92  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  25.38 
 
 
335 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  25.89 
 
 
298 aa  90.9  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  25.38 
 
 
335 aa  90.5  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  27.04 
 
 
319 aa  89.7  6e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_009068  PICST_34207  2-dehydropantoate 2-reductase (Ketopantoate reductase) (KPA reductase) (KPR)  24.92 
 
 
351 aa  88.2  2e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.391649  normal  0.984982 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  24.03 
 
 
295 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  26.38 
 
 
319 aa  86.7  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1216  2-dehydropantoate 2-reductase  27.42 
 
 
325 aa  85.5  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192364  normal  0.954067 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4110  2-dehydropantoate 2-reductase  29.03 
 
 
336 aa  85.5  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.661509  normal  0.957383 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  28.47 
 
 
306 aa  83.6  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0186  2-dehydropantoate 2-reductase  27.48 
 
 
306 aa  82.8  0.000000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  27.24 
 
 
324 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  24.14 
 
 
313 aa  81.3  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0383  2-dehydropantoate 2-reductase  26.8 
 
 
280 aa  80.9  0.00000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0693726 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  25.83 
 
 
337 aa  80.9  0.00000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4655  2-dehydropantoate 2-reductase  27.56 
 
 
306 aa  79.7  0.00000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  29.55 
 
 
312 aa  79.7  0.00000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_08494  conserved hypothetical protein  25.47 
 
 
389 aa  77  0.0000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10126  2-dehydropantoate 2-reductase family protein, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G00740)  24.36 
 
 
367 aa  77.4  0.0000000000003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00458095  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  22.49 
 
 
316 aa  77.4  0.0000000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4927  2-dehydropantoate 2-reductase  27.56 
 
 
306 aa  77  0.0000000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332007  normal  0.934837 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  27.47 
 
 
336 aa  77  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  23.82 
 
 
311 aa  77  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  26.62 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1361  2-dehydropantoate 2-reductase  25.81 
 
 
305 aa  76.6  0.0000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0528481  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  25.56 
 
 
301 aa  76.6  0.0000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0260  2-dehydropantoate 2-reductase  26.06 
 
 
331 aa  76.6  0.0000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006693  CNH01220  conserved hypothetical protein  25.08 
 
 
295 aa  76.3  0.0000000000006  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  25.56 
 
 
301 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  25.84 
 
 
353 aa  76.3  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  25.08 
 
 
317 aa  75.9  0.0000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  26.21 
 
 
309 aa  75.9  0.0000000000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5446  2-dehydropantoate 2-reductase  26.2 
 
 
327 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.686649  normal  0.0261809 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  23.84 
 
 
335 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  24.62 
 
 
332 aa  74.7  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1855  2-dehydropantoate 2-reductase  24.13 
 
 
316 aa  74.3  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0163  2-dehydropantoate 2-reductase  26.05 
 
 
306 aa  73.6  0.000000000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0016  2-dehydropantoate 2-reductase  25.89 
 
 
307 aa  73.6  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0191  2-dehydropantoate 2-reductase  23.36 
 
 
339 aa  73.2  0.000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00418767  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  25.54 
 
 
332 aa  73.2  0.000000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  25.9 
 
 
329 aa  73.2  0.000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3040  2-dehydropantoate 2-reductase  27.16 
 
 
324 aa  72.8  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  25.55 
 
 
326 aa  73.2  0.000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3361  2-dehydropantoate 2-reductase  27.61 
 
 
325 aa  72.8  0.000000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1558  2-dehydropantoate 2-reductase  29.69 
 
 
447 aa  72  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  25.32 
 
 
314 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3569  2-dehydropantoate 2-reductase  27.61 
 
 
296 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  26.47 
 
 
313 aa  71.2  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0095  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 
318 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0453394  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5770  2-dehydropantoate 2-reductase  29.46 
 
 
307 aa  71.2  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2482  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 
318 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.386001  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0889  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 
318 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.298016  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  23.46 
 
 
324 aa  70.9  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2462  2-dehydropantoate 2-reductase  26.05 
 
 
323 aa  70.9  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1738  2-dehydropantoate 2-reductase  24.74 
 
 
314 aa  70.5  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0314725  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1818  2-dehydropantoate 2-reductase  24.85 
 
 
327 aa  70.5  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1724  2-dehydropantoate 2-reductase  25.42 
 
 
331 aa  70.5  0.00000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0647  2-dehydropantoate 2-reductase  28.17 
 
 
318 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00836625  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0348  2-dehydropantoate 2-reductase  28.75 
 
 
313 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4737  ketopantoate reductase ApbA/PanE  29.57 
 
 
310 aa  69.7  0.00000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  25.8 
 
 
307 aa  69.3  0.00000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3558  2-dehydropantoate 2-reductase  27.44 
 
 
325 aa  69.7  0.00000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  26.57 
 
 
306 aa  69.3  0.00000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>