More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4927 on replicon NC_009508
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009508  Swit_4927  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
306 aa  607  1e-173  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0332007  normal  0.934837 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3892  2-dehydropantoate 2-reductase  42.52 
 
 
310 aa  222  4.9999999999999996e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0713  2-dehydropantoate 2-reductase  33.7 
 
 
306 aa  136  4e-31  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  35.11 
 
 
311 aa  136  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  34.93 
 
 
315 aa  135  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  33.09 
 
 
318 aa  122  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  29.17 
 
 
306 aa  119  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4956  2-dehydropantoate 2-reductase  31.71 
 
 
298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2380  2-dehydropantoate 2-reductase  33.45 
 
 
317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0336446 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5042  2-dehydropantoate 2-reductase  28.08 
 
 
301 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  27.53 
 
 
307 aa  110  3e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1861  2-dehydropantoate 2-reductase  30.32 
 
 
317 aa  108  9.000000000000001e-23  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0375  hypothetical protein  28.14 
 
 
302 aa  104  1e-21  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  29.9 
 
 
299 aa  103  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  30.65 
 
 
332 aa  101  2e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  28.19 
 
 
300 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5051  2-dehydropantoate 2-reductase  30.34 
 
 
325 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.317407  normal  0.691254 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1400  2-dehydropantoate 2-reductase  30.72 
 
 
345 aa  99.4  6e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  31.05 
 
 
337 aa  99.4  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3920  2-dehydropantoate 2-reductase  26.06 
 
 
295 aa  99  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0600  2-dehydropantoate 2-reductase  25.87 
 
 
314 aa  98.6  1e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000137771  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4967  ketopantoate reductase ApbA/PanE  29.23 
 
 
299 aa  97.4  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2929  2-dehydropantoate 2-reductase  28.17 
 
 
313 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1790  2-dehydropantoate 2-reductase  32.08 
 
 
332 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  31.05 
 
 
332 aa  97.4  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0211  2-dehydropantoate 2-reductase  31.27 
 
 
324 aa  96.7  4e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.817769  normal  0.569864 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4016  2-dehydropantoate 2-reductase  28.72 
 
 
317 aa  95.9  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  27.11 
 
 
307 aa  95.5  9e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  29.32 
 
 
336 aa  94.4  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2023  2-dehydropantoate 2-reductase  27.92 
 
 
324 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.607439  normal  0.396245 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1719  2-dehydropantoate 2-reductase  31.7 
 
 
312 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.11731  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  29.07 
 
 
326 aa  93.6  3e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  27.11 
 
 
307 aa  92.8  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2159  2-dehydropantoate 2-reductase  32.2 
 
 
312 aa  92.4  8e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  26.37 
 
 
309 aa  92  1e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1448  2-dehydropantoate 2-reductase  28.91 
 
 
329 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.619429  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6482  2-dehydropantoate 2-reductase  29.01 
 
 
301 aa  90.5  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.201709  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3431  2-dehydropantoate 2-reductase  27.42 
 
 
324 aa  90.5  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.990914  normal  0.0502044 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  27.08 
 
 
312 aa  90.1  4e-17  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0729  2-dehydropantoate 2-reductase  26.64 
 
 
306 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.691763  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1181  putative oxidoreductase  24.64 
 
 
307 aa  90.5  4e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.169664  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0377  2-dehydropantoate 2-reductase  24.91 
 
 
316 aa  89.7  5e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4116  2-dehydropantoate 2-reductase  29.55 
 
 
308 aa  89.7  5e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.605632 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0743  ketopantoate reductase ApbA/PanE  25.89 
 
 
311 aa  89.7  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.786977  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  28.43 
 
 
335 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5729  2-dehydropantoate 2-reductase  28.1 
 
 
301 aa  88.2  1e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.807147  normal  0.396858 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1698  2-dehydropantoate 2-reductase  24.75 
 
 
306 aa  87.8  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.656315  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4498  2-dehydropantoate 2-reductase  27.44 
 
 
312 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.399113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0021  2-dehydropantoate 2-reductase  28.03 
 
 
306 aa  87.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0191  2-dehydropantoate 2-reductase  25.75 
 
 
339 aa  86.7  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00418767  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0791  2-dehydropantoate 2-reductase  27.15 
 
 
303 aa  87  4e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3687  2-dehydropantoate 2-reductase  30.33 
 
 
302 aa  86.3  6e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0771  2-dehydropantoate 2-reductase  22.97 
 
 
309 aa  85.9  8e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.794348  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  26.07 
 
 
307 aa  85.9  8e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1891  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 
313 aa  85.9  8e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.417292  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2981  2-dehydropantoate 2-reductase  27.18 
 
 
319 aa  85.5  9e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.3758  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1850  2-dehydropantoate 2-reductase  27.33 
 
 
353 aa  85.5  9e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.9641 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0480  2-dehydropantoate 2-reductase  29.9 
 
 
346 aa  85.9  9e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0107  2-dehydropantoate 2-reductase  26.8 
 
 
333 aa  85.1  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  25.44 
 
 
305 aa  85.5  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4423  2-dehydropantoate 2-reductase  25.53 
 
 
311 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.852681 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1405  2-dehydropantoate 2-reductase  23.78 
 
 
307 aa  85.5  0.000000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  25.44 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  25.44 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2153  2-dehydropantoate 2-reductase  26.13 
 
 
326 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.998843  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  25.44 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0186  2-dehydropantoate 2-reductase  25.34 
 
 
306 aa  83.6  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0383  2-dehydropantoate 2-reductase  28.43 
 
 
280 aa  83.6  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.0693726 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  22.64 
 
 
309 aa  83.6  0.000000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000509369  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2270  2-dehydropantoate 2-reductase  28.85 
 
 
326 aa  82.4  0.000000000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191181  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0016  2-dehydropantoate 2-reductase  27.43 
 
 
307 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4671  2-dehydropantoate 2-reductase  27.18 
 
 
325 aa  82.4  0.000000000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3118  2-dehydropantoate 2-reductase  25.52 
 
 
312 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.782034 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  25.09 
 
 
305 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2408  2-dehydropantoate 2-reductase  28.82 
 
 
306 aa  81.3  0.00000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0790989 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02678  2-dehydropantoate 2-reductase  25.31 
 
 
339 aa  80.9  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.321227  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0018  2-dehydropantoate 2-reductase  25.87 
 
 
306 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0313  2-dehydropantoate 2-reductase  29.07 
 
 
307 aa  80.9  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6159  2-dehydropantoate 2-reductase  25.52 
 
 
314 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.33113  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  27.55 
 
 
335 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5770  2-dehydropantoate 2-reductase  28.04 
 
 
307 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1918  2-dehydropantoate 2-reductase  22.99 
 
 
314 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000931177 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2753  2-dehydropantoate 2-reductase  24.74 
 
 
309 aa  80.5  0.00000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  27.24 
 
 
312 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2980  Ketopantoate reductase ApbA/PanE domain protein  28.1 
 
 
323 aa  80.5  0.00000000000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0902  2-dehydropantoate 2-reductase  27.17 
 
 
294 aa  80.1  0.00000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06250  2-dehydropantoate 2-reductase  28.04 
 
 
305 aa  80.1  0.00000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3139  2-dehydropantoate 2-reductase  27.57 
 
 
319 aa  80.1  0.00000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.13385  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  26.94 
 
 
311 aa  79.7  0.00000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1681  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 
326 aa  79.3  0.00000000000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1605  2-dehydropantoate 2-reductase  28.62 
 
 
326 aa  79.3  0.00000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.799177  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1519  2-dehydropantoate 2-reductase  23.75 
 
 
309 aa  79.3  0.00000000000007  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.982841  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1546  2-dehydropantoate 2-reductase  26.28 
 
 
312 aa  79.3  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  28.25 
 
 
313 aa  79.3  0.00000000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2486  2-dehydropantoate 2-reductase  27.57 
 
 
319 aa  79.3  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.570621  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1541  2-dehydropantoate 2-reductase  27.7 
 
 
311 aa  79  0.00000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1991  2-dehydropantoate 2-reductase  22.63 
 
 
314 aa  79  0.00000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1913  ketopantoate reductase ApbA/PanE  26.71 
 
 
304 aa  78.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1884  2-dehydropantoate 2-reductase  23.36 
 
 
314 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  25.74 
 
 
307 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>