More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0729 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0729  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 		 306 aa  607  1e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.691763  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0018  2-dehydropantoate 2-reductase  86.93 
 
 		 306 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0021  2-dehydropantoate 2-reductase  77.12 
 
 		 306 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0016  2-dehydropantoate 2-reductase  71.57 
 
 		 307 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0163  2-dehydropantoate 2-reductase  65.36 
 
 		 306 aa  408  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0313  2-dehydropantoate 2-reductase  68.54 
 
 		 307 aa  406  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0186  2-dehydropantoate 2-reductase  65.03 
 
 		 306 aa  407  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4498  2-dehydropantoate 2-reductase  59.61 
 
 		 312 aa  355  6.999999999999999e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.399113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6687  2-dehydropantoate 2-reductase  59.54 
 
 		 312 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3118  2-dehydropantoate 2-reductase  57.52 
 
 		 312 aa  332  5e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.782034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4726  2-dehydropantoate 2-reductase  58.42 
 
 		 315 aa  329  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.14221 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2967  2-dehydropantoate 2-reductase  54.28 
 
 		 311 aa  326  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53344  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0882  2-dehydropantoate 2-reductase  57.98 
 
 		 315 aa  323  2e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.277426 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4423  2-dehydropantoate 2-reductase  56.72 
 
 		 311 aa  323  3e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.852681 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6167  2-dehydropantoate 2-reductase  57.76 
 
 		 314 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5461  2-dehydropantoate 2-reductase  57.33 
 
 		 315 aa  320  1.9999999999999998e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.853784  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3162  2-dehydropantoate 2-reductase  57 
 
 		 312 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3545  2-dehydropantoate 2-reductase  57.33 
 
 		 315 aa  319  3e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16372  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4822  2-dehydropantoate 2-reductase  57.33 
 
 		 315 aa  319  3e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.117223 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5770  2-dehydropantoate 2-reductase  52.65 
 
 		 307 aa  318  5e-86  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2936  2-dehydropantoate 2-reductase  56.68 
 
 		 312 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.178942 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3781  2-dehydropantoate 2-reductase  56.95 
 
 		 312 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0449567 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0743  ketopantoate reductase ApbA/PanE  55.74 
 
 		 311 aa  317  2e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.786977  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4203  2-dehydropantoate 2-reductase  58.42 
 
 		 315 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.379422  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0085  2-dehydropantoate 2-reductase  55.88 
 
 		 314 aa  306  3e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2600  2-dehydropantoate 2-reductase  52.65 
 
 		 311 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2669  2-dehydropantoate 2-reductase  51.99 
 
 		 310 aa  301  9e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0588922  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0191  2-dehydropantoate 2-reductase  53.64 
 
 		 305 aa  286  2.9999999999999996e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  45.21 
 
 		 306 aa  258  9e-68  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3518  2-dehydropantoate 2-reductase  49.12 
 
 		 305 aa  257  2e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0059  2-dehydropantoate 2-reductase  50 
 
 		 321 aa  249  4e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2980  Ketopantoate reductase ApbA/PanE domain protein  46.5 
 
 		 323 aa  248  6e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0067  2-dehydropantoate 2-reductase  50 
 
 		 321 aa  247  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0174  2-dehydropantoate 2-reductase  51.28 
 
 		 313 aa  246  3e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3883  2-dehydropantoate 2-reductase  48.38 
 
 		 312 aa  226  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.535579 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1405  2-dehydropantoate 2-reductase  42.05 
 
 		 307 aa  224  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0600  2-dehydropantoate 2-reductase  39.74 
 
 		 314 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000137771  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1913  ketopantoate reductase ApbA/PanE  44.68 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2408  2-dehydropantoate 2-reductase  39.87 
 
 		 306 aa  217  2e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0790989 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4552  2-dehydropantoate 2-reductase  42.38 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02788  2-dehydropantoate 2-reductase  45.81 
 
 		 312 aa  211  1e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4116  2-dehydropantoate 2-reductase  40.66 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.605632 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1738  2-dehydropantoate 2-reductase  35.66 
 
 		 314 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0314725  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4737  ketopantoate reductase ApbA/PanE  41.97 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1991  2-dehydropantoate 2-reductase  36.49 
 
 		 314 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000310773  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1877  2-dehydropantoate 2-reductase  36.84 
 
 		 314 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0355332  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3467  2-dehydropantoate 2-reductase  36.49 
 
 		 314 aa  194  1e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000905297  hitchhiker  8.32908e-18 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06250  2-dehydropantoate 2-reductase  46.07 
 
 		 305 aa  192  4e-48  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1964  2-dehydropantoate 2-reductase  34.74 
 
 		 314 aa  192  8e-48  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00305796  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1918  2-dehydropantoate 2-reductase  35.07 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000931177 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1107  2-dehydropantoate 2-reductase  43.41 
 
 		 319 aa  191  2e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1746  2-dehydropantoate 2-reductase  34.04 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1884  2-dehydropantoate 2-reductase  34.04 
 
 		 314 aa  188  1e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1696  2-dehydropantoate 2-reductase  33.45 
 
 		 314 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.231571  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  33.55 
 
 		 307 aa  158  1e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  32.38 
 
 		 307 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000000387537  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  32.38 
 
 		 307 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  35.19 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  28.07 
 
 		 309 aa  109  6e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  34.24 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  29.43 
 
 		 336 aa  105  9e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  27.33 
 
 		 335 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  29.74 
 
 		 299 aa  103  5e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  28.01 
 
 		 307 aa  102  7e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  28.98 
 
 		 316 aa  102  8e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  33.1 
 
 		 318 aa  101  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 341 aa  100  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  31.13 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  32.08 
 
 		 316 aa  100  3e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  31.13 
 
 		 315 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  29.65 
 
 		 326 aa  99  8e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  28.66 
 
 		 316 aa  99.4  8e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  33.19 
 
 		 302 aa  98.2  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  29.18 
 
 		 335 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  29.71 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  33.33 
 
 		 323 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  29.71 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  30.1 
 
 		 312 aa  97.4  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3896  ketopantoate reductase ApbA/PanE  28.96 
 
 		 337 aa  97.4  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  27.36 
 
 		 337 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1695  ketopantoate reductase ApbA/PanE-like protein  28.57 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1673  ketopantoate reductase ApbA/PanE  28.57 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.662338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1723  ketopantoate reductase ApbA/PanE  28.57 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.711694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1739  ketopantoate reductase ApbA/PanE  28.57 
 
 		 334 aa  95.1  1e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.753948  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  26.92 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  26.92 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  27.39 
 
 		 312 aa  93.6  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  26.92 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0557  ketopantoate reductase ApbA/PanE  28.27 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.302954  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  26.92 
 
 		 305 aa  92.8  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2643  2-dehydropantoate 2-reductase  32.77 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0600227  normal  0.533415 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  26.92 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0716  2-dehydropantoate 2-reductase  30.53 
 
 		 310 aa  92  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.379767 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0533  ketopantoate reductase ApbA/PanE  27.68 
 
 		 334 aa  92  1e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1997  2-dehydropantoate 2-reductase  28.52 
 
 		 315 aa  92  1e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.515886 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  27.05 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  27.12 
 
 		 311 aa  91.3  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  27.05 
 
 		 335 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  26.71 
 
 		 307 aa  90.9  2e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2230  2-dehydropantoate 2-reductase  32.55 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000157651  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>