60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2006 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2006  DoxX family protein  100 
 
 		 160 aa  318  3e-86  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.439778  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2400  DoxX family protein  91.39 
 
 		 162 aa  211  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3295  DoxX family protein  92.05 
 
 		 162 aa  210  7e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1906  DoxX family protein  87.18 
 
 		 162 aa  206  8e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.646959  normal  0.313164 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3375  DoxX  66.01 
 
 		 171 aa  193  7e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.239229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0991  hypothetical protein  74.32 
 
 		 169 aa  184  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.311155  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1303  DoxX family protein  59.87 
 
 		 173 aa  175  3e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.279966 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1137  hypothetical protein  52.48 
 
 		 152 aa  141  3e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2637  DoxX family protein  40 
 
 		 153 aa  107  6e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.920826  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0809  DoxD family protein  34.51 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.570745  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3092  hypothetical protein  33.1 
 
 		 147 aa  64.3  0.0000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1803  integral membrane protein  37.23 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000242993  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1456  hypothetical protein  30.85 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.32928  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1616  DoxX  30.11 
 
 		 216 aa  55.1  0.0000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0320  DoxX family protein  30.43 
 
 		 144 aa  54.3  0.0000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21600  hypothetical protein  32.2 
 
 		 196 aa  53.9  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1376  DoxX family protein  31.25 
 
 		 143 aa  53.1  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.813801 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2748  DoxX family protein  30.77 
 
 		 198 aa  52.8  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.505798 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1531  DoxX family protein  29.67 
 
 		 197 aa  51.6  0.000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00355  NADH dehydrogenase  32.39 
 
 		 151 aa  51.2  0.000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3395  DoxD family protein  36.78 
 
 		 156 aa  51.2  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.586532  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1556  DoxX family protein  31.79 
 
 		 199 aa  50.4  0.000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.783773  normal  0.0736532 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2495  DoxX family protein  29.73 
 
 		 197 aa  50.4  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.640487  hitchhiker  0.00764206 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0540  DoxX family protein  29.56 
 
 		 154 aa  49.7  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1839  hypothetical protein  32.2 
 
 		 196 aa  50.1  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.780129  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2375  DoxX family protein  29.51 
 
 		 197 aa  49.7  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65179  normal  0.888641 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01645  DoxX  29.51 
 
 		 204 aa  49.3  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0455186  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1922  DoxX  28.38 
 
 		 149 aa  48.5  0.00004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.439341  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002082  membrane protein  28.87 
 
 		 151 aa  48.5  0.00004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4788  DoxX  31.08 
 
 		 154 aa  48.5  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1799  DoxX family protein  29.78 
 
 		 197 aa  47.8  0.00006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.534282  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3394  hypothetical protein  31.37 
 
 		 141 aa  47.8  0.00007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.763235  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0467  DoxX family protein  30 
 
 		 148 aa  47  0.0001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0022  hypothetical protein  32.9 
 
 		 146 aa  46.6  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.1744499999999998e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1605  DoxX  30.53 
 
 		 175 aa  46.6  0.0001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4649  DoxX  30.34 
 
 		 174 aa  47  0.0001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2305  DoxX family protein  35.85 
 
 		 202 aa  46.2  0.0002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0149049  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1002  hypothetical protein  26.58 
 
 		 154 aa  46.2  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.527815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_07631  hypothetical protein  31.72 
 
 		 185 aa  45.4  0.0003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.0159355 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2690  DoxX  34.83 
 
 		 152 aa  45.8  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.360255  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0131  hypothetical protein  31.69 
 
 		 185 aa  44.7  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3022  DoxX family protein  30 
 
 		 153 aa  44.7  0.0005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.43506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3051  DoxX family protein  28.87 
 
 		 136 aa  43.9  0.0008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.127697 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1790  DoxX  30.15 
 
 		 134 aa  44.3  0.0008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.146919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2328  DoxX family protein  27.21 
 
 		 137 aa  44.3  0.0008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.380358 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6307  DoxX family protein  34.23 
 
 		 161 aa  43.9  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.188963  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1739  DoxX family protein  27.88 
 
 		 196 aa  43.5  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2032  hypothetical protein  38.74 
 
 		 167 aa  43.1  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4682  thiosulphate:quinone oxidoreductase (TQO) small subunit(DoxD domain)  34.78 
 
 		 156 aa  43.5  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.459173  normal  0.864959 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5146  DoxX family protein  37.84 
 
 		 154 aa  42.7  0.002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.535914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7034  DoxX family protein  38.67 
 
 		 139 aa  43.1  0.002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.182123  normal  0.352709 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0559  DoxX family protein  27.59 
 
 		 159 aa  43.1  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.212401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2679  DoxX  26.95 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.777331 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1774  DoxD-like family protein  29.22 
 
 		 148 aa  42.7  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1770  DoxD-like family protein  30.13 
 
 		 148 aa  42  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1832  DoxX family protein  28.8 
 
 		 197 aa  42  0.004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.174691  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5936  DoxX family protein  30.32 
 
 		 172 aa  42  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01610  hypothetical protein  29.03 
 
 		 123 aa  41.6  0.005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.186029  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2361  DoxX family protein  40 
 
 		 160 aa  41.2  0.006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.182713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4189  DoxX family protein  31.39 
 
 		 164 aa  40.8  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>