154 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3603 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3603  transport-associated  100 
 
 		 116 aa  226  8e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.335448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43670  Transport-associated protein  63.11 
 
 		 120 aa  133  8e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.226738  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62690  hypothetical protein  66.67 
 
 		 114 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5456  hypothetical protein  66.67 
 
 		 114 aa  129  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.469146  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4484  hypothetical protein  53.61 
 
 		 117 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0726  transport-associated  50 
 
 		 117 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.724439  normal  0.0177667 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4706  transport-associated  50.86 
 
 		 116 aa  85.9  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.275207  normal  0.0404063 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04303  putative phospholipid-binding domain family  48.42 
 
 		 120 aa  83.6  9e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4818  transport-associated protein  47.46 
 
 		 118 aa  82  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.958315  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0262  transport-associated protein  51.69 
 
 		 279 aa  81.3  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4707  transport-associated protein  52.33 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4572  transport-associated  52.33 
 
 		 116 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.414411  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0333  hypothetical protein  54.29 
 
 		 279 aa  77  0.00000000000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4175  transport-associated protein  47.42 
 
 		 117 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0177  transport-associated  48 
 
 		 276 aa  75.9  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3436  transport-associated  45.37 
 
 		 127 aa  73.9  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865751  normal  0.0604848 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1784  transport-associated  45.21 
 
 		 275 aa  73.6  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010501  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0278  periplasmic or secreted lipoprotein  49.35 
 
 		 103 aa  68.2  0.00000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2261  transport-associated  47.44 
 
 		 282 aa  67.4  0.00000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2553  hypothetical protein  44.93 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5094  transport-associated  42.67 
 
 		 273 aa  65.5  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0983587  normal  0.219919 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1193  transport-associated protein  48.57 
 
 		 199 aa  64.7  0.0000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1195  transport-associated protein  50.77 
 
 		 192 aa  63.9  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0151  transport-associated  42.47 
 
 		 273 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0134  transport-associated protein  42.47 
 
 		 273 aa  63.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.892998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1642  putative periplasmic protein  46.48 
 
 		 144 aa  62.8  0.000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0830703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0149  transport-associated  41.1 
 
 		 273 aa  62  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798997 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5156  transport-associated protein  43.21 
 
 		 115 aa  61.2  0.000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.609853 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0836  periplasmic protein  34.43 
 
 		 204 aa  59.3  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3632  periplasmic protein  34.43 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3503  periplasmic protein  34.43 
 
 		 204 aa  58.9  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5244  transport-associated  37.74 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.797989  normal  0.73518 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3412  transport-associated  37.74 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3027  phospholipid-binding domain-containing protein  43.28 
 
 		 184 aa  57.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.119447  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0535  periplasmic protein  38.98 
 
 		 205 aa  58.2  0.00000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388761  hitchhiker  0.00819185 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3587  transport-associated  42.19 
 
 		 191 aa  57.8  0.00000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3156  phospholipid-binding domain-containing protein  43.28 
 
 		 246 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4815  periplasmic protein  43.04 
 
 		 205 aa  57  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4917  periplasmic protein  43.04 
 
 		 205 aa  57  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1376  osmotically inducible protein Y  43.28 
 
 		 174 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.177857  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2682  transport-associated protein  45.07 
 
 		 116 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4976  periplasmic protein  43.04 
 
 		 205 aa  57  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.163142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4882  periplasmic protein  43.04 
 
 		 205 aa  57  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0715597  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4969  periplasmic protein  43.04 
 
 		 205 aa  57  0.00000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2047  transport-associated protein  36.79 
 
 		 104 aa  57  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0454  periplasmic protein  35.9 
 
 		 202 aa  55.5  0.0000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390695  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0950  transport-associated  46.15 
 
 		 171 aa  55.5  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.788848 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1094  transport-associated  46.15 
 
 		 171 aa  55.5  0.0000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3297  transport-associated  41.79 
 
 		 201 aa  55.1  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.173268  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1446  transport-associated  35.71 
 
 		 125 aa  55.1  0.0000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.609395  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4923  periplasmic protein  37.84 
 
 		 201 aa  54.3  0.0000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.497608  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2170  transport-associated  36.26 
 
 		 104 aa  54.3  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.395466  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04251  periplasmic protein  37.84 
 
 		 201 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3623  transport-associated  37.84 
 
 		 201 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3681  periplasmic protein  37.84 
 
 		 201 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.261916  hitchhiker  0.00179473 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04217  hypothetical protein  37.84 
 
 		 201 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5888  periplasmic protein  37.84 
 
 		 201 aa  54.3  0.0000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.223121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4610  periplasmic protein  37.84 
 
 		 201 aa  53.9  0.0000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0762495  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01237  putative hyperosmotically inducible periplasmic protein  41.54 
 
 		 175 aa  53.9  0.0000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.315155  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4919  periplasmic protein  37.84 
 
 		 201 aa  53.9  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.618733  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3995  transport-associated  42.19 
 
 		 182 aa  53.9  0.0000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000543546  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0653  periplasmic protein  32.79 
 
 		 204 aa  53.9  0.0000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5639  transport-associated  40 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.149696 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6387  transport-associated  40 
 
 		 134 aa  53.1  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.508762 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5083  transport-associated protein  36.49 
 
 		 151 aa  52.8  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0073  transport-associated  47.06 
 
 		 196 aa  52.8  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4052  transport-associated  42.25 
 
 		 116 aa  52  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3469  transport-associated  42.25 
 
 		 116 aa  52  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4973  periplasmic protein  36.84 
 
 		 201 aa  52.4  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00297721  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3707  transport-associated  36.78 
 
 		 181 aa  51.6  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.101636  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4133  transport-associated  43.84 
 
 		 188 aa  52  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0477  transport-associated  38.57 
 
 		 103 aa  52  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2052  transport-associated protein  44.62 
 
 		 139 aa  51.6  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1501  transport-associated protein  35.85 
 
 		 104 aa  50.8  0.000006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0110  putative lipoprotein  41.79 
 
 		 189 aa  50.8  0.000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.319547  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  34.19 
 
 		 202 aa  50.4  0.000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3465  periplasmic protein  42.47 
 
 		 202 aa  50.4  0.000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1788  transport-associated  31.96 
 
 		 103 aa  50.4  0.000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0663263  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4039  transport-associated protein  38.67 
 
 		 156 aa  50.4  0.000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130048  normal  0.0885216 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0874  transport-associated  41.18 
 
 		 163 aa  50.4  0.000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.586964 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5303  transport-associated  33.01 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.320232  normal  0.0505821 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2319  phospholipid-binding domain-containing protein  34.25 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2048  transport-associated  34.25 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1939  phospholipid-binding domain-containing protein  34.25 
 
 		 104 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.315443  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4236  transport-associated protein  35.51 
 
 		 175 aa  49.3  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2407  transport-associated protein  40.26 
 
 		 104 aa  48.9  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00333473  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0010  transport-associated  38.3 
 
 		 101 aa  48.9  0.00003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0916  transport-associated  36.56 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6049  transport-associated  37.1 
 
 		 134 aa  48.5  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0480722 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1671  transport-associated  41.33 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2673  transport-associated  36.76 
 
 		 104 aa  48.5  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000178392 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2542  transport-associated protein  41.33 
 
 		 105 aa  48.5  0.00003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000702242 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1372  transport-associated  35.38 
 
 		 136 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.389649  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6457  transport-associated  35.38 
 
 		 136 aa  48.1  0.00004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.591912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5453  transport-associated protein  35.38 
 
 		 134 aa  48.1  0.00004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.627587  hitchhiker  0.00543554 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2076  transport-associated protein  34.31 
 
 		 107 aa  47.8  0.00005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.585071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2185  transport-associated  38.89 
 
 		 255 aa  47.4  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0224  transport-associated  45.9 
 
 		 189 aa  47  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.130883  normal  0.197651 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3696  transport-associated  37.31 
 
 		 192 aa  47  0.00009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.148519  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1033  transport-associated  33.59 
 
 		 134 aa  46.2  0.0001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.232129  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>