145 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_4706 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_4706  transport-associated  100 
 
 		 116 aa  222  1e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.275207  normal  0.0404063 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4818  transport-associated protein  83.9 
 
 		 118 aa  163  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.958315  normal  0.118263 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4484  hypothetical protein  82.91 
 
 		 117 aa  149  1e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0726  transport-associated  75.21 
 
 		 117 aa  137  6e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.724439  normal  0.0177667 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4707  transport-associated protein  74.14 
 
 		 116 aa  136  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00217947 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4572  transport-associated  74.14 
 
 		 116 aa  136  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.414411  normal  0.472278 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4175  transport-associated protein  75.21 
 
 		 117 aa  125  3e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62690  hypothetical protein  59.22 
 
 		 114 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5456  hypothetical protein  59.22 
 
 		 114 aa  105  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.469146  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3603  transport-associated  50.86 
 
 		 116 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.335448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43670  Transport-associated protein  48.72 
 
 		 120 aa  90.1  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.226738  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04303  putative phospholipid-binding domain family  46.88 
 
 		 120 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3436  transport-associated  49.07 
 
 		 127 aa  75.9  0.0000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.865751  normal  0.0604848 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0262  transport-associated protein  53.52 
 
 		 279 aa  67.8  0.00000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0333  hypothetical protein  52.11 
 
 		 279 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0177  transport-associated  42.11 
 
 		 276 aa  65.9  0.0000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5244  transport-associated  39.09 
 
 		 116 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.797989  normal  0.73518 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3412  transport-associated  40 
 
 		 116 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1195  transport-associated protein  46.46 
 
 		 192 aa  60.5  0.000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1784  transport-associated  43.28 
 
 		 275 aa  58.9  0.00000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0010501  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5156  transport-associated protein  44.74 
 
 		 115 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.609853 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4052  transport-associated  40.91 
 
 		 116 aa  57  0.00000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3469  transport-associated  40.91 
 
 		 116 aa  57  0.00000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2682  transport-associated protein  40.91 
 
 		 116 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1446  transport-associated  35.59 
 
 		 125 aa  56.6  0.0000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.609395  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2553  hypothetical protein  41.79 
 
 		 278 aa  54.3  0.0000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0278  periplasmic or secreted lipoprotein  49.18 
 
 		 103 aa  53.5  0.0000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.406104  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0950  transport-associated  52.46 
 
 		 171 aa  52.8  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.788848 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1094  transport-associated  52.46 
 
 		 171 aa  52.8  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0454  periplasmic protein  48.57 
 
 		 202 aa  52.4  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.390695  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3063  hypothetical protein  36.92 
 
 		 190 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2920  hypothetical protein  36.92 
 
 		 190 aa  52.4  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5094  transport-associated  34.34 
 
 		 273 aa  52.8  0.000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0983587  normal  0.219919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0134  transport-associated protein  41.18 
 
 		 273 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.892998  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1193  transport-associated protein  54.69 
 
 		 199 aa  51.6  0.000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0151  transport-associated  41.18 
 
 		 273 aa  52  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0149  transport-associated  41.18 
 
 		 273 aa  50.8  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.798997 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0653  periplasmic protein  48.44 
 
 		 204 aa  50.8  0.000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3263  transport-associated protein  45 
 
 		 272 aa  49.7  0.00001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.369629  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3503  periplasmic protein  47.06 
 
 		 204 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0836  periplasmic protein  47.06 
 
 		 204 aa  49.7  0.00001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3632  periplasmic protein  47.06 
 
 		 204 aa  49.7  0.00001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03017  hypothetical protein  33.98 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0555  transport-associated  33.98 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3445  hypothetical protein  33.98 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3622  hypothetical protein  33.98 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4469  hypothetical protein  33.98 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02968  hypothetical protein  33.98 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0110  putative lipoprotein  40.48 
 
 		 189 aa  49.3  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.319547  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3342  hypothetical protein  33.98 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3632  hypothetical protein  33.98 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0548  hypothetical protein  33.98 
 
 		 191 aa  48.9  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.496742  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4236  transport-associated protein  35.4 
 
 		 175 aa  48.1  0.00004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3428  transport-associated  42.86 
 
 		 284 aa  48.1  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.179471  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3297  transport-associated  41.79 
 
 		 201 aa  47.8  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.173268  normal  0.854509 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0249  transport-associated  40.28 
 
 		 189 aa  48.1  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0552  periplasmic protein  45.71 
 
 		 202 aa  47.8  0.00005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.783524  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3695  transport-associated  38.89 
 
 		 188 aa  47.4  0.00006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.904296  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4882  periplasmic protein  48.39 
 
 		 205 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0715597  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4969  periplasmic protein  48.39 
 
 		 205 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4976  periplasmic protein  48.39 
 
 		 205 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.163142  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4815  periplasmic protein  48.39 
 
 		 205 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4917  periplasmic protein  48.39 
 
 		 205 aa  47.4  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.292031  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0472  hypothetical protein  44.62 
 
 		 191 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0536  hypothetical protein  44.62 
 
 		 191 aa  47.4  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.35439  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2047  transport-associated protein  42.65 
 
 		 104 aa  47  0.00009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.186123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4998  putative lipoprotein  38.1 
 
 		 192 aa  47  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.263747  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0257  lipoprotein  33.03 
 
 		 191 aa  47  0.00009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1936  putative phospholipid-binding liporotein  33.03 
 
 		 191 aa  47  0.00009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00720124  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1123  hypothetical protein  44.62 
 
 		 191 aa  47  0.00009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4526  transport-associated  38.71 
 
 		 192 aa  47  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1322  transport-associated protein  38.71 
 
 		 192 aa  46.2  0.0001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4923  periplasmic protein  40.51 
 
 		 201 aa  46.2  0.0001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.497608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3454  hypothetical protein  41.54 
 
 		 191 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3622  hypothetical protein  41.54 
 
 		 191 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3456  hypothetical protein  41.54 
 
 		 191 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3562  hypothetical protein  41.54 
 
 		 191 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0930  transport-associated  38.1 
 
 		 192 aa  47  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4402  transport-associated  38.71 
 
 		 192 aa  46.6  0.0001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.148625 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1939  phospholipid-binding domain-containing protein  46.03 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.315443  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3525  hypothetical protein  41.54 
 
 		 191 aa  46.6  0.0001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.950572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5453  transport-associated protein  44.93 
 
 		 134 aa  46.6  0.0001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.627587  hitchhiker  0.00543554 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2319  phospholipid-binding domain-containing protein  46.03 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2048  transport-associated  46.03 
 
 		 104 aa  46.6  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04251  periplasmic protein  40.51 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.368391  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3623  transport-associated  40.51 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04217  hypothetical protein  40.51 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.310729  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5888  periplasmic protein  39.24 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.223121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004504  putative hemolysin  43.08 
 
 		 221 aa  45.8  0.0002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000407403  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4919  periplasmic protein  40.51 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.618733  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3681  periplasmic protein  40.51 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.261916  hitchhiker  0.00179473 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4610  periplasmic protein  40.51 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0762495  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4973  periplasmic protein  40.51 
 
 		 201 aa  45.8  0.0002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00297721  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4339  hypothetical protein  43.08 
 
 		 191 aa  45.4  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.135394 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1372  transport-associated  40.58 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.389649  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5639  transport-associated  42.62 
 
 		 134 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.149696 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6457  transport-associated  40.58 
 
 		 136 aa  45.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.591912  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6387  transport-associated  42.62 
 
 		 134 aa  45.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.508762 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4102  transport-associated  38.89 
 
 		 188 aa  45.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0535  periplasmic protein  46.77 
 
 		 205 aa  45.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.388761  hitchhiker  0.00819185 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>