233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3566 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_3566  ornithine cyclodeaminase  100 
 
 		 319 aa  645    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.296808  normal  0.752967 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0970  ornithine cyclodeaminase  68.47 
 
 		 314 aa  395  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14020  hypothetical protein  68.14 
 
 		 315 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0278351 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1243  hypothetical protein  67.82 
 
 		 315 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3938  ornithine cyclodeaminase  56.83 
 
 		 320 aa  323  3e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.41875  normal  0.0125846 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0740  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  55.24 
 
 		 320 aa  320  3e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00849934 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0820  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  54.69 
 
 		 320 aa  318  1e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.199129  normal  0.205343 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0365  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  54.31 
 
 		 324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0848  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  54.31 
 
 		 324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196428  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2539  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  52.8 
 
 		 323 aa  309  4e-83  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.682047 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2072  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  51.75 
 
 		 322 aa  307  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0241262 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3431  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  54.63 
 
 		 321 aa  304  1.0000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.606988  normal  0.893267 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0723  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  55.24 
 
 		 320 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2032  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  31.45 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.46077  normal  0.343668 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1923  Ornithine cyclodeaminase  28.21 
 
 		 332 aa  105  1e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2120  hypothetical protein  26.1 
 
 		 323 aa  101  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2145  hypothetical protein  25.76 
 
 		 323 aa  99.8  6e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3942  Ornithine cyclodeaminase  26.6 
 
 		 342 aa  97.1  4e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2752  Ornithine cyclodeaminase  27.67 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000954732  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1386  ornithine cyclodeaminase  28.05 
 
 		 320 aa  92.8  7e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1928  ornithine cyclodeaminase  27.03 
 
 		 324 aa  92  1e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3634  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  29.15 
 
 		 325 aa  90.1  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0238  L-alanine dehydrogenase  25.81 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1709  Ornithine cyclodeaminase  25 
 
 		 327 aa  86.7  5e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2787  Ornithine cyclodeaminase  27.9 
 
 		 336 aa  85.9  7e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0192  ornithine cyclodeaminase  21.04 
 
 		 316 aa  86.3  7e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0057728  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3761  ornithine cyclodeaminase  28.28 
 
 		 310 aa  85.9  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04330  predicted ornithine cyclodeaminase, mu-crystallin  29.47 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.861698 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4344  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  27.14 
 
 		 303 aa  84  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2927  ornithine cyclodeaminase  27.48 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1004  ornithine cyclodeaminase  26.99 
 
 		 313 aa  83.2  0.000000000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0342377  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0460  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  28.3 
 
 		 321 aa  82.8  0.000000000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.534041  normal  0.268997 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_140  ornithine cyclodeaminase  24.28 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0803  ornithine cyclodeaminase  22.8 
 
 		 325 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0854  ornithine cyclodeaminase  21.83 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0902  ornithine cyclodeaminase  21.83 
 
 		 325 aa  80.9  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.350786  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2639  Ornithine cyclodeaminase  27.67 
 
 		 320 aa  80.9  0.00000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.436683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1351  ornithine cyclodeaminase  28.4 
 
 		 326 aa  80.9  0.00000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0591538  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0995  ornithine cyclodeaminase  23.05 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1083  ornithine cyclodeaminase  22.36 
 
 		 325 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0990  ornithine cyclodeaminase  22.57 
 
 		 325 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.7286400000000005e-62 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1566  ornithine cyclodeaminase  33.18 
 
 		 331 aa  79.3  0.00000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0844  ornithine cyclodeaminase  27.74 
 
 		 311 aa  79.3  0.00000000000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0801  ornithine cyclodeaminase  21.65 
 
 		 325 aa  78.6  0.0000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.272961  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3715  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  26.53 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.245475 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2097  ornithine cyclodeaminase  26.52 
 
 		 316 aa  76.6  0.0000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00174569  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0800  ornithine cyclodeaminase  22 
 
 		 325 aa  76.3  0.0000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0340  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  26.27 
 
 		 344 aa  76.3  0.0000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.826722 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4059  Ornithine cyclodeaminase  27.44 
 
 		 329 aa  76.3  0.0000000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4387  ornithine cyclodeaminase  22.35 
 
 		 325 aa  75.5  0.000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.196038  hitchhiker  2.3288500000000002e-24 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5996  ornithine cyclodeaminase  26.28 
 
 		 308 aa  75.9  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.346178  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3596  ornithine cyclodeaminase  25.86 
 
 		 328 aa  75.5  0.000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3503  ornithine cyclodeaminase  24.58 
 
 		 318 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.599895 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3918  ornithine cyclodeaminase  27.52 
 
 		 320 aa  74.7  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.438934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0944  ornithine cyclodeaminase  21.69 
 
 		 325 aa  74.3  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00286859  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2042  ornithine cyclodeaminase  25.85 
 
 		 324 aa  73.6  0.000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.234067  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2540  ornithine cyclodeaminase  23.87 
 
 		 314 aa  73.9  0.000000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.984456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3081  Ornithine cyclodeaminase  23.64 
 
 		 329 aa  73.2  0.000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.305858  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4227  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  30.28 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4824  putative ornithine cyclodeaminase  26.84 
 
 		 326 aa  72  0.00000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0411643  normal  0.294021 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0713  alanine dehydrogenase  24.35 
 
 		 324 aa  71.6  0.00000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1799  ornithine cyclodeaminase  25.73 
 
 		 298 aa  72.4  0.00000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3909  ornithine cyclodeaminase  26.14 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263994  normal  0.077542 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7814  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  25.88 
 
 		 348 aa  70.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1163  ornithine cyclodeaminase  23 
 
 		 318 aa  71.6  0.00000000002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1111  Ornithine cyclodeaminase  26.85 
 
 		 328 aa  71.2  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00600131  unclonable  0.0000000383135 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4650  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  30.87 
 
 		 304 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0439  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  24.18 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.25136 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1184  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  27.57 
 
 		 334 aa  70.1  0.00000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0433932  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1829  ornithine cyclodeaminase  27.1 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1041  ornithine cyclodeaminase  23.87 
 
 		 329 aa  69.7  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.726287  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0978  Ornithine cyclodeaminase  25.89 
 
 		 330 aa  69.3  0.00000000008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.311273 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2722  ectoine utilization protein EutC  23.62 
 
 		 319 aa  69.3  0.00000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.667084  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2955  ornithine cyclodeaminase  23.48 
 
 		 314 aa  69.3  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0527705  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3506  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  26.5 
 
 		 310 aa  68.9  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.639111  normal  0.353812 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06630  ornithine cyclodeaminase  30.38 
 
 		 340 aa  68.9  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.859061  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4886  putative ornithine cyclodeaminase  23.1 
 
 		 345 aa  68.2  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3024  ornithine cyclodeaminase  26.87 
 
 		 318 aa  67.8  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5302  ornithine cyclodeaminase  25.37 
 
 		 323 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.599287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4262  ornithine cyclodeaminase  26.75 
 
 		 335 aa  67.8  0.0000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0899  ornithine cyclodeaminase  27.08 
 
 		 358 aa  66.6  0.0000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.212548  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1455  ornithine cyclodeaminase  23.26 
 
 		 316 aa  66.2  0.0000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3170  ornithine cyclodeaminase  23.4 
 
 		 315 aa  66.2  0.0000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0842  ornithine cyclodeaminase  27.08 
 
 		 358 aa  66.2  0.0000000007  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.450318  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1163  ornithine cyclodeaminase  25.98 
 
 		 348 aa  65.9  0.0000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.833995  decreased coverage  0.00431249 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1274  alanine dehydrogenase  21.41 
 
 		 326 aa  65.1  0.000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3483  ornithine cyclodeaminase  25 
 
 		 323 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.738983  normal  0.0519836 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000639  ornithine cyclodeaminase  23.84 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3962  ornithine cyclodeaminase  25.69 
 
 		 350 aa  64.3  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0978  ornithine cyclodeaminase  25.25 
 
 		 333 aa  64.3  0.000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.553397  normal  0.242292 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1509  ornithine cyclodeaminase  24.37 
 
 		 313 aa  64.3  0.000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.591483  normal  0.249154 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2555  ornithine cyclodeaminase  25.84 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.660441 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0899  ornithine cyclodeaminase  24.71 
 
 		 341 aa  63.9  0.000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0072  ornithine cyclodeaminase  28.57 
 
 		 306 aa  63.5  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64850  ornithine cyclodeaminase  27.64 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000000404548  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2556  ornithine cyclodeaminase/mu-crystallin  26.67 
 
 		 306 aa  63.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.370427  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3660  Ornithine cyclodeaminase  25.33 
 
 		 331 aa  62.8  0.000000007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3192  alanine dehydrogenase  21.36 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.897841  hitchhiker  0.00412741 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0191  ornithine cyclodeaminase  25.73 
 
 		 312 aa  62.8  0.000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.0529745 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0890  ornithine cyclodeaminase  23.77 
 
 		 330 aa  62  0.00000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.506898 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>