More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4876 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4876  dihydrodipicolinate synthetase  100 
 
 		 296 aa  600  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.389418 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2368  dihydrodipicolinate synthetase  58.64 
 
 		 301 aa  356  2.9999999999999997e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8494  dihydrodipicolinate synthase  57.04 
 
 		 313 aa  349  4e-95  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.515104  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5472  dihydrodipicolinate synthetase  56.8 
 
 		 306 aa  341  1e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4686  dihydrodipicolinate synthetase  34.38 
 
 		 298 aa  186  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.749909 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1150  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 291 aa  160  3e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 		 292 aa  157  3e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1458  dihydrodipicolinate synthase  32.98 
 
 		 291 aa  154  2e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.370783  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0103  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 293 aa  151  1e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.148353  normal  0.278132 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0159  dihydrodipicolinate synthase  34.15 
 
 		 290 aa  150  2e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.865785  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0147  dihydrodipicolinate synthase  33.79 
 
 		 291 aa  150  3e-35  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0667  dihydrodipicolinate synthase  31.97 
 
 		 332 aa  149  7e-35  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.448308  decreased coverage  0.00548285 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1492  dihydrodipicolinate synthase  31.34 
 
 		 291 aa  147  1.0000000000000001e-34  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.944504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0476  dihydrodipicolinate synthase  32.51 
 
 		 291 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0211  dihydrodipicolinate synthase  33.45 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.397143  hitchhiker  0.00000000242674 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1396  dihydrodipicolinate synthase  31.74 
 
 		 313 aa  145  8.000000000000001e-34  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.158147  normal  0.212421 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0826  dihydrodipicolinate synthase  32.64 
 
 		 295 aa  145  1e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.545696  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1296  dihydrodipicolinate synthase  34.11 
 
 		 292 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.000060181  normal  0.083937 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0979  dihydrodipicolinate synthase  31.25 
 
 		 307 aa  144  3e-33  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.0699558  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0593  dihydrodipicolinate synthase  30.38 
 
 		 297 aa  143  3e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.147808 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0562  dihydrodipicolinate synthase  31.78 
 
 		 292 aa  142  7e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00078537 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3043  dihydrodipicolinate synthase  32.16 
 
 		 290 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.366614  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4144  dihydrodipicolinate synthase  33.46 
 
 		 290 aa  140  1.9999999999999998e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2421  dihydrodipicolinate synthase  32.68 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000015991  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0794  dihydrodipicolinate synthase  31.86 
 
 		 314 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  34.23 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4054  dihydrodipicolinate synthase  33.08 
 
 		 290 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2744  dihydrodipicolinate synthase  31.63 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.67132  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0697  dihydrodipicolinate synthase  33.09 
 
 		 300 aa  137  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.31564  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2493  dihydrodipicolinate synthase  31.72 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.667256 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1797  dihydrodipicolinate synthase  31.66 
 
 		 292 aa  137  2e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000131213  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0056  dihydrodipicolinate synthase  31.56 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.821032  normal  0.798921 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3063  dihydrodipicolinate synthase  31.48 
 
 		 290 aa  136  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0542018  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1865  dihydrodipicolinate synthase  33.21 
 
 		 293 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4694  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 296 aa  135  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111541 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1450  dihydrodipicolinate synthase  30.74 
 
 		 296 aa  135  7.000000000000001e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0882  dihydrodipicolinate synthase  33.92 
 
 		 295 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  31.25 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2542  dihydrodipicolinate synthase  33.92 
 
 		 290 aa  135  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0922563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  31.6 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2538  dihydrodipicolinate synthase  29.02 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.127413 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3953  dihydrodipicolinate synthase  31.69 
 
 		 292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.121624  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2438  dihydrodipicolinate synthase  30.88 
 
 		 291 aa  134  1.9999999999999998e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.220136  normal  0.277798 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0908  dihydrodipicolinate synthase  29.86 
 
 		 288 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3111  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  30.42 
 
 		 313 aa  133  3e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2987  dihydrodipicolinate synthase  28.62 
 
 		 294 aa  133  3e-30  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00573153  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0647  dihydrodipicolinate synthase  31.4 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.443428  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0341  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  31.91 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  30.86 
 
 		 297 aa  132  5e-30  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0526  dihydrodipicolinate synthase  30.18 
 
 		 293 aa  133  5e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00000316742  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35340  dihydrodipicolinate synthase  31.34 
 
 		 287 aa  132  5e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1269  dihydrodipicolinate synthase  30.12 
 
 		 292 aa  132  5e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000240328  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0097  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0317  dihydrodipicolinate synthase  27.82 
 
 		 289 aa  132  6e-30  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3473  dihydrodipicolinate synthase  30.19 
 
 		 292 aa  132  6.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0644338  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1874  dihydrodipicolinate synthase  32.22 
 
 		 292 aa  132  7.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.013061 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0515  dihydrodipicolinate synthase  29.21 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00442329 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0234  dihydrodipicolinate synthase  31.73 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0941  dihydrodipicolinate synthase  33.85 
 
 		 293 aa  131  1.0000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0386855  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00780  dihydrodipicolinate synthase  32.87 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.868751  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3829  dihydrodipicolinate synthase  32.23 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.277082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0530  dihydrodipicolinate synthase  29.15 
 
 		 297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.4261 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3191  dihydrodipicolinate synthase  32.33 
 
 		 297 aa  130  2.0000000000000002e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0102406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1548  dihydrodipicolinate synthase  31.69 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0406446  normal  0.0313891 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0964  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  29.12 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  32.69 
 
 		 293 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1449  dihydrodipicolinate synthase  27.82 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0149  dihydrodipicolinate synthase  33.83 
 
 		 291 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02370  dihydrodipicolinate synthase  29.92 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2850  dihydrodipicolinate synthase  29.92 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3700  dihydrodipicolinate synthase  29.92 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02332  hypothetical protein  29.92 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2643  dihydrodipicolinate synthase  34.92 
 
 		 316 aa  129  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.445991  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2760  dihydrodipicolinate synthase  29.92 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2610  dihydrodipicolinate synthase  29.92 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2625  dihydrodipicolinate synthase  29.92 
 
 		 292 aa  129  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_3171  dihydrodipicolinate synthase  32.07 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.288667 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2614  dihydrodipicolinate synthase  34.92 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7523  dihydrodipicolinate synthase  34.07 
 
 		 304 aa  129  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664922  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1273  dihydrodipicolinate synthase  31.47 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12766  dihydrodipicolinate synthase  33.33 
 
 		 300 aa  129  6e-29  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2658  dihydrodipicolinate synthase  34.92 
 
 		 316 aa  129  6e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28394  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  32.31 
 
 		 293 aa  129  7.000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4192  dihydrodipicolinate synthase  32.69 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0124  dihydrodipicolinate synthase  32.86 
 
 		 290 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.139881  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4069  dihydrodipicolinate synthase  32.69 
 
 		 295 aa  129  9.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1031  dihydrodipicolinate synthase  27.82 
 
 		 289 aa  128  9.000000000000001e-29  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.432132  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1613  dihydrodipicolinate synthase  28.33 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.390661 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1848  dihydrodipicolinate synthase  31.48 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0192558  normal  0.0461975 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4217  dihydrodipicolinate synthase  33.07 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00266238  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1191  dihydrodipicolinate synthase  29.55 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2524  dihydrodipicolinate synthase subfamily protein  30.6 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2634  dihydrodipicolinate synthase  30.68 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2748  dihydrodipicolinate synthase  30.68 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4387  dihydrodipicolinate synthase  30.47 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2682  dihydrodipicolinate synthase  30.68 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.958571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51270  dihydrodipicolinate synthase  30.47 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000235612 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2723  dihydrodipicolinate synthase  30.68 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.155977  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1198  dihydrodipicolinate synthase  29.55 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2855  dihydrodipicolinate synthase  30.68 
 
 		 292 aa  127  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.239791  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>