93 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4254 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4254  hypothetical protein  100 
 
 		 245 aa  450  1e-125  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0115  protein of unknown function DUF81  35.43 
 
 		 262 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0136  hypothetical protein  35.14 
 
 		 262 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4756  hypothetical protein  39.63 
 
 		 251 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0695  hypothetical protein  36.96 
 
 		 252 aa  89  6e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3173  hypothetical protein  36.44 
 
 		 245 aa  88.6  8e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1485  hypothetical protein  32.02 
 
 		 255 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0614  hypothetical protein  30.64 
 
 		 247 aa  76.3  0.0000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0558  hypothetical protein  33.19 
 
 		 243 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0211  hypothetical protein  29.26 
 
 		 258 aa  73.9  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4043  hypothetical protein  31.17 
 
 		 244 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2748  hypothetical protein  24.5 
 
 		 272 aa  72.4  0.000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0050  hypothetical protein  29.69 
 
 		 245 aa  72.4  0.000000000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.113555 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4163  hypothetical protein  27.31 
 
 		 246 aa  72  0.000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1317  protein of unknown function DUF81  31.14 
 
 		 263 aa  71.6  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3658  hypothetical protein  26.44 
 
 		 241 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4058  hypothetical protein  30.64 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0510  hypothetical protein  29.06 
 
 		 247 aa  70.5  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3441  hypothetical protein  29.06 
 
 		 247 aa  70.1  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1687  hypothetical protein  25.48 
 
 		 241 aa  69.7  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3616  hypothetical protein  28.63 
 
 		 247 aa  69.3  0.00000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.632032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0534  hypothetical protein  29.06 
 
 		 247 aa  67.8  0.0000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1229  protein of unknown function DUF81  29.52 
 
 		 263 aa  67  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559154  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3342  hypothetical protein  27.83 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321446  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1737  hypothetical protein  25.48 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.593381  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1794  hypothetical protein  26.44 
 
 		 241 aa  65.9  0.0000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0613  hypothetical protein  31.63 
 
 		 244 aa  65.5  0.0000000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3778  hypothetical protein  28.63 
 
 		 247 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0562  protein of unknown function DUF81  28.63 
 
 		 247 aa  65.1  0.0000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0558  hypothetical protein  28.21 
 
 		 247 aa  64.3  0.000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2931  hypothetical protein  29.49 
 
 		 240 aa  63.5  0.000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1535  hypothetical protein  25.45 
 
 		 241 aa  63.2  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.671723  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0203  hypothetical protein  33.1 
 
 		 216 aa  63.2  0.000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0354  protein of unknown function DUF81  25.93 
 
 		 239 aa  62.4  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0620  hypothetical protein  31.33 
 
 		 244 aa  61.6  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3833  protein of unknown function DUF81  26.86 
 
 		 267 aa  60.1  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0518  hypothetical protein  29.91 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1591  protein of unknown function DUF81  28.37 
 
 		 247 aa  60.1  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0129546  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3036  protein of unknown function DUF81  25.54 
 
 		 261 aa  59.7  0.00000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22430  protein of unknown function DUF81  29.29 
 
 		 238 aa  58.9  0.00000006  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.745875  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1495  membrane protein  24.88 
 
 		 241 aa  58.9  0.00000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1086  hypothetical protein  28.16 
 
 		 250 aa  58.5  0.00000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0866441 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1716  hypothetical protein  25.96 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1530  hypothetical protein  24.88 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1649  hypothetical protein  24.88 
 
 		 241 aa  58.5  0.00000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1504  membrane protein  24.41 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000123127  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3174  hypothetical protein  29.67 
 
 		 244 aa  54.7  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.997879  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0033  protein of unknown function DUF81  31.06 
 
 		 241 aa  55.1  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.37483 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3677  hypothetical protein  30.34 
 
 		 255 aa  54.3  0.000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3553  hypothetical protein  33.18 
 
 		 246 aa  53.9  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.767129  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0506  hypothetical protein  31.41 
 
 		 244 aa  53.5  0.000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0953317  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3856  hypothetical protein  29.15 
 
 		 241 aa  52.4  0.000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.497532  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0154  hypothetical protein  26.43 
 
 		 250 aa  52.4  0.000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.418576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5981  hypothetical protein  29.49 
 
 		 248 aa  52  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.561817  normal  0.461484 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2849  protein of unknown function DUF81  27.86 
 
 		 261 aa  52  0.000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7709  hypothetical protein  28.21 
 
 		 260 aa  50.8  0.00002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.858783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1919  hypothetical protein  33.87 
 
 		 268 aa  50.4  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.28526  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5062  hypothetical protein  28.63 
 
 		 241 aa  50.1  0.00003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4590  hypothetical protein  29.96 
 
 		 255 aa  50.1  0.00003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1751  protein of unknown function DUF81  28.19 
 
 		 240 aa  49.3  0.00005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.138812  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4346  hypothetical protein  29.52 
 
 		 251 aa  49.7  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4415  protein of unknown function DUF81  30.48 
 
 		 252 aa  49.7  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.201945  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3181  hypothetical protein  27.96 
 
 		 257 aa  48.5  0.00009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.721835  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0160  hypothetical protein  31.65 
 
 		 250 aa  48.1  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1263  membrane protein  33.05 
 
 		 242 aa  48.1  0.0001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1702  hypothetical protein  31.08 
 
 		 254 aa  47  0.0002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0934945  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2445  hypothetical protein  28.22 
 
 		 255 aa  47.8  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.315917  normal  0.587426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4196  hypothetical protein  29.54 
 
 		 251 aa  46.6  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.690464  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1175  protein of unknown function DUF81  24.36 
 
 		 257 aa  46.2  0.0004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.358804  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2917  hypothetical protein  25.11 
 
 		 247 aa  46.6  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.862692 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0062  hypothetical protein  24.14 
 
 		 245 aa  45.4  0.0008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.33836  hitchhiker  0.00207124 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4297  hypothetical protein  24.14 
 
 		 245 aa  45.4  0.0009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.147725  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0057  hypothetical protein  24.14 
 
 		 245 aa  45.4  0.0009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0676  hypothetical protein  25.42 
 
 		 236 aa  44.7  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119238  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4529  hypothetical protein  26.18 
 
 		 235 aa  44.3  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0062  hypothetical protein  24.29 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000018824 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0061  protein of unknown function DUF81  24.14 
 
 		 245 aa  43.9  0.002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0058  hypothetical protein  24.29 
 
 		 245 aa  44.3  0.002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.101674  hitchhiker  0.000370653 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0060  hypothetical protein  24.29 
 
 		 245 aa  43.9  0.002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128142  decreased coverage  0.0000000546938 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000279  hypothetical protein  25.59 
 
 		 240 aa  43.9  0.002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05889  hypothetical protein  25.97 
 
 		 240 aa  44.3  0.002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0652  hypothetical protein  27.71 
 
 		 250 aa  43.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0416  hypothetical protein  31.31 
 
 		 242 aa  43.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  0.0000000286057  normal  0.0207815 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1898  protein of unknown function DUF81  23.83 
 
 		 247 aa  42.4  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4204  hypothetical protein  34.35 
 
 		 174 aa  42.4  0.006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1234  hypothetical protein  35.05 
 
 		 251 aa  42.4  0.007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.197  normal  0.95925 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1367  hypothetical protein  27.23 
 
 		 282 aa  42.4  0.008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.113148 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1069  hypothetical protein  29.41 
 
 		 251 aa  42.4  0.008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4251  putative domain of unknown function  25.82 
 
 		 291 aa  42  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4342  hypothetical protein  25.82 
 
 		 291 aa  42  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4296  hypothetical protein  25.82 
 
 		 291 aa  42  0.009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2327  hypothetical protein  33.04 
 
 		 247 aa  42  0.01  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.042109  normal  0.153019 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1029  hypothetical protein  29.41 
 
 		 251 aa  42  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>