80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_0115 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0115  protein of unknown function DUF81  100 
 
 
262 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.117057  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0136  hypothetical protein  77.1 
 
 
262 aa  363  1e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4756  hypothetical protein  48.02 
 
 
251 aa  191  9e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4254  hypothetical protein  36.87 
 
 
245 aa  117  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1485  hypothetical protein  32.31 
 
 
255 aa  104  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0695  hypothetical protein  33.33 
 
 
252 aa  92.8  5e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1317  protein of unknown function DUF81  28.87 
 
 
263 aa  82  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0160  hypothetical protein  35.16 
 
 
250 aa  79.7  0.00000000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1229  protein of unknown function DUF81  28.87 
 
 
263 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.559154  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0050  hypothetical protein  27.95 
 
 
245 aa  77  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.113555 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3342  hypothetical protein  29.23 
 
 
255 aa  76.6  0.0000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.321446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4043  hypothetical protein  30.17 
 
 
244 aa  76.3  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1794  hypothetical protein  26.38 
 
 
241 aa  76.3  0.0000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1495  membrane protein  27.23 
 
 
241 aa  74.7  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3833  protein of unknown function DUF81  28.92 
 
 
267 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1737  hypothetical protein  26.27 
 
 
241 aa  73.9  0.000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.593381  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0211  hypothetical protein  27.27 
 
 
258 aa  73.2  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.963682  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0203  hypothetical protein  32.18 
 
 
216 aa  73.2  0.000000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1716  hypothetical protein  26.84 
 
 
241 aa  72.8  0.000000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0558  hypothetical protein  29.54 
 
 
243 aa  72.4  0.000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1504  membrane protein  26.85 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000123127  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1649  hypothetical protein  26.84 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1530  hypothetical protein  26.84 
 
 
241 aa  72.4  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3616  hypothetical protein  30.68 
 
 
247 aa  70.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.632032  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4058  hypothetical protein  29.55 
 
 
247 aa  70.5  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3441  hypothetical protein  30.28 
 
 
247 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0510  hypothetical protein  29.2 
 
 
247 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1535  hypothetical protein  26.52 
 
 
241 aa  69.3  0.00000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.671723  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0614  hypothetical protein  29.46 
 
 
247 aa  69.3  0.00000000006  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3173  hypothetical protein  28.99 
 
 
245 aa  68.9  0.00000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3658  hypothetical protein  25.46 
 
 
241 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1687  hypothetical protein  25.54 
 
 
241 aa  66.6  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3036  protein of unknown function DUF81  29.57 
 
 
261 aa  62.8  0.000000006  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5325  hypothetical membrane protein  26.75 
 
 
291 aa  60.1  0.00000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.483179 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0518  hypothetical protein  30.64 
 
 
246 aa  60.1  0.00000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0300  hypothetical protein  38.96 
 
 
248 aa  58.9  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000467082 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2931  hypothetical protein  25.62 
 
 
240 aa  57.4  0.0000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4296  hypothetical protein  25.51 
 
 
291 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4342  hypothetical protein  25.51 
 
 
291 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4251  putative domain of unknown function  25.51 
 
 
291 aa  57.4  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1828  hypothetical protein  33.33 
 
 
247 aa  57  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.501819  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0558  hypothetical protein  30.5 
 
 
247 aa  56.6  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0354  protein of unknown function DUF81  21.66 
 
 
239 aa  56.6  0.0000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0534  hypothetical protein  28.27 
 
 
247 aa  56.2  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1086  hypothetical protein  25.94 
 
 
250 aa  55.5  0.0000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0866441 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0562  protein of unknown function DUF81  30.5 
 
 
247 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3778  hypothetical protein  30.5 
 
 
247 aa  55.5  0.0000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1591  protein of unknown function DUF81  27.98 
 
 
247 aa  55.1  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0129546  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0936  putative integral membrane protein  29 
 
 
278 aa  54.7  0.000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1803  hypothetical protein  25.12 
 
 
242 aa  54.3  0.000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.426487  normal  0.0717892 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22430  protein of unknown function DUF81  32 
 
 
238 aa  53.9  0.000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.745875  normal  0.877077 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0154  hypothetical protein  24.78 
 
 
250 aa  53.5  0.000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.418576  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2327  hypothetical protein  32.88 
 
 
247 aa  53.5  0.000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.042109  normal  0.153019 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2202  hypothetical protein  28.33 
 
 
251 aa  53.9  0.000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0392424  normal  0.159254 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4163  hypothetical protein  24.38 
 
 
246 aa  52.8  0.000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2748  hypothetical protein  20.41 
 
 
272 aa  52.8  0.000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1751  protein of unknown function DUF81  31.79 
 
 
240 aa  52  0.000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.138812  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3174  hypothetical protein  26 
 
 
244 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.997879  normal  0.0905883 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2351  hypothetical protein  30.24 
 
 
253 aa  50.8  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000279  hypothetical protein  27.81 
 
 
240 aa  50.4  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1940  hypothetical protein  29.33 
 
 
284 aa  50.4  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000335524  normal  0.789392 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2380  hypothetical protein  27.5 
 
 
240 aa  49.7  0.00004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.333988 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0613  hypothetical protein  29.19 
 
 
244 aa  50.1  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1986  protein of unknown function DUF81  30.2 
 
 
251 aa  49.3  0.00007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.368291  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1898  protein of unknown function DUF81  21.55 
 
 
247 aa  48.1  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4196  hypothetical protein  27.87 
 
 
251 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.690464  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4590  hypothetical protein  28.7 
 
 
255 aa  47.4  0.0002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1069  hypothetical protein  27.64 
 
 
251 aa  46.2  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1263  membrane protein  24.89 
 
 
242 aa  46.2  0.0005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1029  hypothetical protein  27.64 
 
 
251 aa  46.2  0.0006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4529  hypothetical protein  29.44 
 
 
235 aa  45.4  0.0008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5609  protein of unknown function DUF81  27.18 
 
 
251 aa  45.4  0.0009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3856  hypothetical protein  22.92 
 
 
241 aa  45.4  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.497532  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0127  protein of unknown function DUF81  25.11 
 
 
252 aa  44.3  0.002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000037107  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05889  hypothetical protein  26.74 
 
 
240 aa  43.5  0.003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2505  hypothetical protein  25.94 
 
 
245 aa  43.9  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00117063  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1027  hypothetical protein  27.24 
 
 
251 aa  43.1  0.004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4346  hypothetical protein  26.61 
 
 
251 aa  43.1  0.005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0620  hypothetical protein  29.06 
 
 
244 aa  42.4  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1995  hypothetical protein  28.99 
 
 
255 aa  42  0.01  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.204412  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>