148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2606 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  100 
 
 		 161 aa  316  1e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1155  OstA-like protein  54.14 
 
 		 163 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2816  OstA family protein  54.14 
 
 		 163 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  49.31 
 
 		 170 aa  124  7e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  50.35 
 
 		 144 aa  121  5e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0226  OstA-like protein  44.3 
 
 		 160 aa  115  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2772  OstA family protein  51.85 
 
 		 168 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  33.9 
 
 		 225 aa  79.7  0.00000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0177  OstA-like protein  31.64 
 
 		 228 aa  79  0.00000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0249318  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  35 
 
 		 189 aa  77  0.00000000000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  34.29 
 
 		 189 aa  75.5  0.0000000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0194  cell envelope biogenesis YhbN  36.36 
 
 		 197 aa  75.5  0.0000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106383  normal  0.827244 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2905  OstA family protein  33.33 
 
 		 173 aa  73.9  0.0000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  35.51 
 
 		 157 aa  73.9  0.0000000000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  29.59 
 
 		 181 aa  72  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  30.37 
 
 		 221 aa  70.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3249  OstA-like protein  34.78 
 
 		 184 aa  70.1  0.00000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  33.72 
 
 		 230 aa  69.7  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0151  hypothetical protein  31.45 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0300186  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0657  OstA-like protein  28.21 
 
 		 219 aa  68.6  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2341  OstA-like protein  32.76 
 
 		 191 aa  68.2  0.00000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.58 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.58 
 
 		 181 aa  68.2  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.58 
 
 		 181 aa  67.8  0.00000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0156  hypothetical protein  31.58 
 
 		 204 aa  67.4  0.00000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  30.49 
 
 		 169 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0173  OstA-like protein  28.57 
 
 		 227 aa  67.4  0.00000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0168  OstA family protein  31.82 
 
 		 216 aa  67  0.0000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0406  cell envelope biogenesis protein YhbN  31.62 
 
 		 187 aa  66.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  27.92 
 
 		 221 aa  67  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2416  cell envelope biogenesis YhbN  28.22 
 
 		 175 aa  65.9  0.0000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.972183  normal  0.0334942 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.5 
 
 		 179 aa  66.2  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.66 
 
 		 189 aa  63.9  0.0000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  27.85 
 
 		 166 aa  63.2  0.000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  31.58 
 
 		 184 aa  63.2  0.000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  28.93 
 
 		 179 aa  63.2  0.000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  33.85 
 
 		 167 aa  62.4  0.000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  31.01 
 
 		 169 aa  62  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 184 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 184 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 184 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 184 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 184 aa  62  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4956  OstA family protein  30.63 
 
 		 196 aa  62.4  0.000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3669  OstA-like protein  30.5 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.11 
 
 		 185 aa  61.6  0.000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  30.06 
 
 		 173 aa  61.2  0.000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0017  OstA family protein  30.37 
 
 		 186 aa  61.6  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148492 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  31.36 
 
 		 188 aa  61.2  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2499  OstA family protein  30.59 
 
 		 242 aa  61.2  0.000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0667889  normal  0.241313 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.12 
 
 		 194 aa  61.2  0.000000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4238  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.66 
 
 		 196 aa  60.8  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000789736 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  29.19 
 
 		 183 aa  60.8  0.000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.56 
 
 		 190 aa  60.5  0.000000009  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  25.79 
 
 		 275 aa  60.1  0.00000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  28.4 
 
 		 180 aa  60.5  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  32 
 
 		 179 aa  59.7  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0417  OstA-like protein  26.54 
 
 		 225 aa  60.5  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0675  OstA family protein  29.19 
 
 		 183 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.155422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.93 
 
 		 157 aa  60.1  0.00000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2427  OstA family protein  29.56 
 
 		 250 aa  60.5  0.00000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0150816  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.47 
 
 		 202 aa  60.1  0.00000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  28.66 
 
 		 223 aa  60.1  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  28.48 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2722  OstA family protein  29.89 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.475694  normal  0.0622049 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  30.29 
 
 		 181 aa  59.3  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  27.74 
 
 		 172 aa  59.3  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  28.57 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  28.57 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  28.48 
 
 		 185 aa  59.3  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 		 184 aa  59.3  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.57 
 
 		 174 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  27.45 
 
 		 177 aa  58.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  30.77 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.77 
 
 		 182 aa  58.5  0.00000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.34 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.62 
 
 		 179 aa  58.9  0.00000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  27.39 
 
 		 184 aa  58.9  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1369  OstA family protein  27.78 
 
 		 200 aa  58.9  0.00000003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.524769  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.86 
 
 		 190 aa  58.2  0.00000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  27.11 
 
 		 175 aa  57.8  0.00000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  25.3 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0674  OstA family protein  27.95 
 
 		 183 aa  56.6  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20726  normal  0.0960529 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.56 
 
 		 207 aa  57  0.0000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0062  OstA family protein  26.25 
 
 		 204 aa  57  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3309  OstA family protein  28.93 
 
 		 181 aa  56.6  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000684229  normal  0.786006 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0046  OstA family protein  29.49 
 
 		 211 aa  55.8  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3392  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.5 
 
 		 162 aa  55.8  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.61 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  24.85 
 
 		 176 aa  55.1  0.0000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3336  OstA family protein  29.93 
 
 		 179 aa  55.1  0.0000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0717  OstA family protein  28.12 
 
 		 184 aa  54.7  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.184609  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  29.2 
 
 		 164 aa  54.7  0.0000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0491  OstA-like protein  27.7 
 
 		 184 aa  54.3  0.0000007  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>