128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SYO3AOP1_0206 on replicon NC_010730
Organism: Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 
179 aa  357  7e-98  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.5 
 
 
170 aa  90.5  1e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  27.92 
 
 
167 aa  88.2  6e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2168  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.69 
 
 
182 aa  80.9  0.000000000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  32.14 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4238  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.65 
 
 
196 aa  72.4  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000789736 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.86 
 
 
207 aa  71.6  0.000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  29.94 
 
 
169 aa  69.7  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  29.33 
 
 
184 aa  68.9  0.00000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  29.25 
 
 
174 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  29.25 
 
 
174 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.25 
 
 
174 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0972  OstA family protein  35.11 
 
 
174 aa  67  0.0000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000111121  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0152  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.5 
 
 
175 aa  66.6  0.0000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.301086  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0570  OstA family protein  29.66 
 
 
212 aa  66.6  0.0000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  28.93 
 
 
188 aa  65.5  0.0000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0226  OstA-like protein  26.52 
 
 
160 aa  65.1  0.0000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.33 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  33.33 
 
 
182 aa  63.9  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  25.88 
 
 
181 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0168  OstA family protein  26.15 
 
 
216 aa  63.5  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.7 
 
 
174 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2224  OstA-like protein  26.85 
 
 
174 aa  62.8  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  27.15 
 
 
175 aa  62.4  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  27.15 
 
 
175 aa  62.8  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  25.6 
 
 
180 aa  62  0.000000005  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1603  OstA family protein  24.26 
 
 
181 aa  61.6  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3392  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.85 
 
 
162 aa  61.2  0.000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3614  cell envelope biogenesis YhbN  31.41 
 
 
179 aa  59.7  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0599225  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1940  hypothetical protein  28.57 
 
 
166 aa  58.2  0.00000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.946021  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0867  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.85 
 
 
162 aa  57.8  0.00000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778662  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1769  hypothetical protein  20.11 
 
 
179 aa  57  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3336  OstA family protein  28.4 
 
 
179 aa  57.4  0.0000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  25.29 
 
 
181 aa  56.2  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0429  OstA family protein  20.33 
 
 
224 aa  56.6  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.034618 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  29.41 
 
 
176 aa  55.8  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1507  OstA family protein  22.47 
 
 
196 aa  55.8  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.167722  decreased coverage  0.000611674 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  31.01 
 
 
179 aa  55.8  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  23.56 
 
 
189 aa  54.7  0.0000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0156  hypothetical protein  26.25 
 
 
204 aa  54.7  0.0000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.22 
 
 
157 aa  54.7  0.0000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  23.12 
 
 
189 aa  54.3  0.000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0151  hypothetical protein  25.95 
 
 
216 aa  53.9  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0300186  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  22.3 
 
 
157 aa  53.5  0.000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.51 
 
 
185 aa  53.9  0.000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  25.17 
 
 
275 aa  53.1  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.99 
 
 
202 aa  53.5  0.000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  26.62 
 
 
161 aa  53.1  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3309  OstA family protein  32.59 
 
 
181 aa  52.8  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000684229  normal  0.786006 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.66 
 
 
189 aa  53.1  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  29.58 
 
 
177 aa  52.4  0.000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.11 
 
 
184 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.11 
 
 
184 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.11 
 
 
184 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.11 
 
 
184 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.11 
 
 
184 aa  52.4  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4145  OstA-like protein  25.83 
 
 
182 aa  52.4  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  24.16 
 
 
221 aa  51.6  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  23.81 
 
 
221 aa  51.6  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  27.34 
 
 
164 aa  51.6  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  23.26 
 
 
144 aa  51.2  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0657  OstA-like protein  25.33 
 
 
219 aa  50.8  0.000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3086  OstA-like protein  30.4 
 
 
184 aa  50.8  0.000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431766  normal  0.101166 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  25.9 
 
 
185 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  28.32 
 
 
200 aa  50.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  25.9 
 
 
185 aa  50.4  0.00001  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  23.33 
 
 
175 aa  50.4  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  25.15 
 
 
173 aa  50.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4451  ostA family protein  25.5 
 
 
182 aa  49.7  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.953915  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3375  OstA family protein  27.65 
 
 
193 aa  50.1  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.25365  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0675  OstA family protein  33.88 
 
 
183 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.155422  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  33.88 
 
 
183 aa  49.3  0.00003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0491  OstA-like protein  26.09 
 
 
184 aa  48.5  0.00004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5924  OstA family protein  21.64 
 
 
239 aa  48.9  0.00004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.657817  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  25.17 
 
 
230 aa  48.1  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4956  OstA family protein  24.03 
 
 
196 aa  48.1  0.00006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  22.22 
 
 
223 aa  48.5  0.00006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1660  OstA-like protein  24.81 
 
 
760 aa  48.1  0.00007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.173094  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  26.71 
 
 
166 aa  48.1  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.06 
 
 
184 aa  47.8  0.00008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  33.06 
 
 
184 aa  47.8  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  33.06 
 
 
184 aa  47.8  0.00008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.06 
 
 
184 aa  47.8  0.00008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1155  OstA-like protein  21.78 
 
 
163 aa  47.8  0.00009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2816  OstA family protein  21.78 
 
 
163 aa  47.8  0.00009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  24.04 
 
 
223 aa  47.4  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  24.46 
 
 
164 aa  47.4  0.0001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.56 
 
 
190 aa  47.4  0.0001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25 
 
 
223 aa  47.4  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  22.44 
 
 
180 aa  46.6  0.0002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0674  OstA family protein  33.06 
 
 
183 aa  47  0.0002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20726  normal  0.0960529 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0717  OstA family protein  32.23 
 
 
184 aa  47  0.0002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.184609  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  21.77 
 
 
225 aa  46.6  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0508  OstA family protein  22.29 
 
 
198 aa  47  0.0002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.346357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>