63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0657 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0657  OstA-like protein  100 
 
 
219 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.292624 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0176  OstA-like protein  84.68 
 
 
221 aa  362  2e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.435721  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0049  OstA family protein  83.43 
 
 
221 aa  285  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.162045  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0417  OstA-like protein  76.8 
 
 
225 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0177  OstA-like protein  69.19 
 
 
228 aa  277  7e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0249318  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0123  hypothetical protein  70.1 
 
 
225 aa  253  1.0000000000000001e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0308315  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0173  OstA-like protein  75.45 
 
 
227 aa  238  6.999999999999999e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.65593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0066  OstA family protein  48.37 
 
 
230 aa  152  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.297106  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5924  OstA family protein  39.77 
 
 
239 aa  113  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.657817  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2427  OstA family protein  41.29 
 
 
250 aa  111  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0150816  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5469  OstA family protein  41.18 
 
 
223 aa  109  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.12141  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1369  OstA family protein  34.59 
 
 
200 aa  109  3e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.524769  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2499  OstA family protein  40.4 
 
 
242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0667889  normal  0.241313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2722  OstA family protein  38.71 
 
 
246 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.475694  normal  0.0622049 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0046  OstA family protein  38.58 
 
 
211 aa  105  6e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.135443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5273  OstA family protein  32.35 
 
 
285 aa  101  1e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.267021  normal  0.0648485 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0062  OstA family protein  35.57 
 
 
204 aa  95.1  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0194  cell envelope biogenesis YhbN  35.88 
 
 
197 aa  94.4  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106383  normal  0.827244 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0570  OstA family protein  35.9 
 
 
212 aa  92.8  4e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0151  hypothetical protein  35.5 
 
 
216 aa  91.3  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0300186  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0156  hypothetical protein  34.91 
 
 
204 aa  89  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0017  OstA family protein  34.16 
 
 
186 aa  88.6  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148492 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3669  OstA-like protein  34.18 
 
 
186 aa  87.4  1e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0406  cell envelope biogenesis protein YhbN  35.9 
 
 
187 aa  87  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0157  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.56 
 
 
207 aa  85.9  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.503776 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0168  OstA family protein  35.48 
 
 
216 aa  86.3  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0226  OstA-like protein  32.28 
 
 
160 aa  82.4  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2816  OstA family protein  33.33 
 
 
163 aa  82  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.402903  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1155  OstA-like protein  33.33 
 
 
163 aa  82  0.000000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2772  OstA family protein  32.69 
 
 
168 aa  78.2  0.00000000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2341  OstA-like protein  28.02 
 
 
191 aa  75.1  0.0000000000007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.239355 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4956  OstA family protein  30.46 
 
 
196 aa  74.3  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3586  OstA family protein  30.41 
 
 
170 aa  74.7  0.000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2905  OstA family protein  30.6 
 
 
173 aa  70.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358104  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3249  OstA-like protein  29.37 
 
 
184 aa  69.3  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  28.21 
 
 
161 aa  64.7  0.000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0107  OstA family protein  29.11 
 
 
180 aa  64.3  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.587032 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0012  hypothetical protein  31.25 
 
 
323 aa  62.8  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.541863  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0152  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.12 
 
 
175 aa  59.7  0.00000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.301086  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  29.61 
 
 
144 aa  59.7  0.00000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2168  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.48 
 
 
182 aa  59.3  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2071  OstA family protein  30.72 
 
 
199 aa  58.9  0.00000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0437606  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1603  OstA family protein  29.11 
 
 
181 aa  58.5  0.00000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1672  OstA family protein  40.51 
 
 
323 aa  57  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  29.27 
 
 
169 aa  52.8  0.000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  23.75 
 
 
170 aa  52.8  0.000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  26.02 
 
 
167 aa  50.8  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3392  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 
162 aa  50.8  0.00001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.33 
 
 
179 aa  50.8  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0336  OstA family protein  32.14 
 
 
362 aa  50.1  0.00003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0497543  normal  0.164761 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0867  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.57 
 
 
162 aa  48.9  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0778662  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  26.19 
 
 
188 aa  48.9  0.00006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3336  OstA family protein  27.91 
 
 
179 aa  48.9  0.00006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  29.6 
 
 
275 aa  48.9  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  27.56 
 
 
169 aa  48.5  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1235  Organic solvent tolerance protein  32.14 
 
 
705 aa  47.4  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  21.99 
 
 
176 aa  45.8  0.0004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0972  OstA family protein  27.52 
 
 
174 aa  45.8  0.0004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000111121  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0508  OstA family protein  25.79 
 
 
198 aa  45.8  0.0005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.346357  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  25.88 
 
 
180 aa  44.7  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.14 
 
 
180 aa  42.7  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  22.67 
 
 
177 aa  42.4  0.006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0429  OstA family protein  24.47 
 
 
224 aa  42  0.007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.034618 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>