88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4238 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_4238  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 196 aa  393  1e-108  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000789736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0728  OstA family protein  76.19 
 
 		 217 aa  281  4.0000000000000003e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.201644 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3309  OstA family protein  72.13 
 
 		 181 aa  262  2e-69  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000684229  normal  0.786006 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3614  cell envelope biogenesis YhbN  72.63 
 
 		 179 aa  259  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0599225  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  68.75 
 
 		 184 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  68.75 
 
 		 184 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  68.75 
 
 		 184 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  68.75 
 
 		 184 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  66.85 
 
 		 183 aa  241  3.9999999999999997e-63  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0675  OstA family protein  66.3 
 
 		 183 aa  239  1e-62  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.155422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0674  OstA family protein  66.3 
 
 		 183 aa  239  2e-62  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20726  normal  0.0960529 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0717  OstA family protein  66.48 
 
 		 184 aa  237  9e-62  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.184609  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3959  hypothetical protein  71.01 
 
 		 183 aa  221  4.9999999999999996e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3375  OstA family protein  57.75 
 
 		 193 aa  210  7.999999999999999e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.25365  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0491  OstA-like protein  56.84 
 
 		 184 aa  201  5e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3086  OstA-like protein  51.65 
 
 		 184 aa  176  3e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431766  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  40.23 
 
 		 184 aa  123  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.02 
 
 		 190 aa  120  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.68 
 
 		 202 aa  118  4.9999999999999996e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  43.24 
 
 		 166 aa  117  7.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  38.51 
 
 		 173 aa  117  9.999999999999999e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  36.9 
 
 		 190 aa  115  6e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.5 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.5 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.5 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.5 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  34.5 
 
 		 184 aa  113  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.25 
 
 		 157 aa  111  7.000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  36.02 
 
 		 189 aa  111  7.000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  41.61 
 
 		 164 aa  108  4.0000000000000004e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0566  OstA-like protein  38.32 
 
 		 173 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.256416  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  40.15 
 
 		 164 aa  107  8.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  38.12 
 
 		 179 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  37.2 
 
 		 172 aa  104  7e-22  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.54 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.54 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.54 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.54 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.54 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.54 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.54 
 
 		 185 aa  103  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4541  OstA family protein  34.36 
 
 		 201 aa  102  5e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  32.92 
 
 		 185 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  32.92 
 
 		 185 aa  100  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.94 
 
 		 179 aa  94.4  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.17 
 
 		 181 aa  90.5  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.69 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.69 
 
 		 181 aa  89.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.34 
 
 		 194 aa  79  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0206  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.65 
 
 		 179 aa  72.4  0.000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  32.24 
 
 		 180 aa  68.6  0.00000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  33.57 
 
 		 179 aa  67.8  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.38 
 
 		 176 aa  67.8  0.0000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0758  hypothetical protein  31.33 
 
 		 176 aa  67.4  0.0000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0899  hypothetical protein  30 
 
 		 169 aa  65.9  0.0000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0868  hypothetical protein  30 
 
 		 169 aa  65.5  0.0000000005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  29.75 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  29.75 
 
 		 189 aa  65.1  0.0000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  30.32 
 
 		 188 aa  64.7  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02229  hypothetical protein  35.09 
 
 		 179 aa  63.9  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.70202  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  31.58 
 
 		 157 aa  63.5  0.000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  28.49 
 
 		 275 aa  62  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  28.67 
 
 		 180 aa  60.8  0.00000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  29.14 
 
 		 175 aa  60.1  0.00000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  27.92 
 
 		 184 aa  59.7  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2124  OstA family protein  28.03 
 
 		 175 aa  56.6  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  29.5 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  28.03 
 
 		 177 aa  55.1  0.0000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  28.99 
 
 		 181 aa  54.7  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0956  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25.31 
 
 		 183 aa  54.3  0.000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226208 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  30.06 
 
 		 175 aa  53.9  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  28.68 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  28.68 
 
 		 182 aa  53.5  0.000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0760  hypothetical protein  33.61 
 
 		 171 aa  52  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.879513  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1205  cell envelope biogenesis protein YhbN  33.61 
 
 		 171 aa  52  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  29.45 
 
 		 175 aa  51.2  0.00001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.34 
 
 		 174 aa  50.8  0.00001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2416  cell envelope biogenesis YhbN  30.5 
 
 		 175 aa  48.1  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.972183  normal  0.0334942 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  24.54 
 
 		 181 aa  47.4  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  25 
 
 		 174 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  25 
 
 		 174 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1889  hypothetical protein  25.47 
 
 		 167 aa  46.2  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  25 
 
 		 174 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  30.97 
 
 		 180 aa  45.8  0.0004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0025  OstA-like protein  26.62 
 
 		 144 aa  42.7  0.003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00942039  normal  0.387287 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  28.25 
 
 		 190 aa  42.7  0.004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  27.54 
 
 		 170 aa  42  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  25.93 
 
 		 176 aa  41.6  0.007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>