148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcSMS35_3496 on replicon NC_010498
Organism: Escherichia coli SMS-3-5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001637  EcDH1_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 185 aa  375  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3570  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 185 aa  375  1e-103  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4522  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 185 aa  375  1e-103  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.599849  normal  0.710923 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3393  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 185 aa  375  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3688  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 185 aa  375  1e-103  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0500  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 185 aa  375  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.850542  normal  0.391623 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3496  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  100 
 
 		 185 aa  375  1e-103  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03065  predicted transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  99.46 
 
 		 185 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000332715  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03016  hypothetical protein  99.46 
 
 		 185 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000479332  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3579  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  91.89 
 
 		 184 aa  347  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3510  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  91.89 
 
 		 184 aa  347  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3615  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  91.89 
 
 		 184 aa  347  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.190854 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3508  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  91.89 
 
 		 184 aa  347  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3677  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  91.89 
 
 		 184 aa  347  8e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.148558 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3636  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  86.71 
 
 		 157 aa  281  3.0000000000000004e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.34297  normal  0.130415 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0276  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  73.45 
 
 		 190 aa  274  6e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0311412  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3655  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  72.07 
 
 		 202 aa  272  2.0000000000000002e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0283  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  73.14 
 
 		 190 aa  270  9e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.24235  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3813  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  73.41 
 
 		 189 aa  268  2.9999999999999997e-71  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.277414  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4365  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  65.41 
 
 		 179 aa  251  4.0000000000000004e-66  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.201613  normal  0.154984 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0443  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  70.83 
 
 		 181 aa  224  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1151  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  70.83 
 
 		 181 aa  224  4e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0507  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  70.14 
 
 		 181 aa  224  5.0000000000000005e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.970543  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1175  hypothetical protein  49.43 
 
 		 172 aa  172  1.9999999999999998e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0500  hypothetical protein  50.6 
 
 		 166 aa  165  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.108043  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2107  hypothetical protein  45.61 
 
 		 179 aa  139  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2890  OstA family protein  40.34 
 
 		 173 aa  127  6e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.745795  normal  0.143441 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03662  hypothetical protein  43.66 
 
 		 164 aa  125  3e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002405  LptA protein  42.25 
 
 		 164 aa  121  5e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.122787  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0674  OstA family protein  36.72 
 
 		 183 aa  108  5e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.20726  normal  0.0960529 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3347  OstA family protein  36.16 
 
 		 183 aa  106  2e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00730418  normal  0.133661 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0717  OstA family protein  37.57 
 
 		 184 aa  105  3e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.184609  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0675  OstA family protein  35.59 
 
 		 183 aa  104  8e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.155422  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3666  OstA family protein  36.78 
 
 		 184 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000733032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0688  cell envelope biogenesis YhbN  36.78 
 
 		 184 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00274419  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0718  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  36.78 
 
 		 184 aa  103  1e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.460129 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4238  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  33.54 
 
 		 196 aa  103  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000789736 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0709  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  36.21 
 
 		 184 aa  102  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.686411  normal  0.0194673 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3375  OstA family protein  40 
 
 		 193 aa  101  6e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.25365  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03191  OstA-like protein  35.09 
 
 		 184 aa  97.8  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3309  OstA family protein  33.14 
 
 		 181 aa  97.4  1e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000684229  normal  0.786006 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3959  hypothetical protein  36.72 
 
 		 183 aa  94.4  8e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0728  OstA family protein  33.16 
 
 		 217 aa  92  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.201644 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3614  cell envelope biogenesis YhbN  35.84 
 
 		 179 aa  92  4e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0599225  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4541  OstA family protein  34.57 
 
 		 201 aa  92  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0491  OstA-like protein  35.09 
 
 		 184 aa  89.4  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.148147  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0728  OstA-like protein  31.61 
 
 		 180 aa  85.9  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2416  cell envelope biogenesis YhbN  29.94 
 
 		 175 aa  82.8  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.972183  normal  0.0334942 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02229  hypothetical protein  33.57 
 
 		 179 aa  80.5  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.70202  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0753  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.29 
 
 		 194 aa  80.1  0.00000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.703312  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0859  OstA-like protein  32.48 
 
 		 181 aa  79  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.492596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0140  OstA-like protein  36.03 
 
 		 176 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4261  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  37.6 
 
 		 174 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0825  cell envelope biogenesis YhbN  31.58 
 
 		 157 aa  77  0.0000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0925  OstA-like protein  32.03 
 
 		 189 aa  76.6  0.0000000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1489  OstA-like protein  31.13 
 
 		 189 aa  76.3  0.0000000000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0428752  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0086  OstA-like protein  32.81 
 
 		 190 aa  74.7  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100502  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0954  hypothetical protein  35.82 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0993  cell envelope biogenesis YhbN  35.82 
 
 		 174 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0961  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.82 
 
 		 174 aa  74.3  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0672  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.94 
 
 		 176 aa  72.8  0.000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2791  OstA-like protein  30.77 
 
 		 275 aa  71.6  0.000000000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.127705  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0872  OstA family protein  32.52 
 
 		 181 aa  71.6  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0206259  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4451  ostA family protein  35.71 
 
 		 182 aa  71.6  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.953915  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4145  OstA-like protein  33.95 
 
 		 182 aa  71.2  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0758  hypothetical protein  30.67 
 
 		 176 aa  71.2  0.000000000007  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3086  OstA-like protein  30.22 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.431766  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3177  alpha amylase domain-containing protein  31.94 
 
 		 179 aa  68.6  0.00000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2228  OstA family protein  30.92 
 
 		 175 aa  68.6  0.00000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0535  OstA-like family protein  29.11 
 
 		 177 aa  68.2  0.00000000006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.872333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0566  OstA-like protein  30.77 
 
 		 173 aa  68.2  0.00000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.256416  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3421  OstA-like protein  26.92 
 
 		 200 aa  67.4  0.0000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.44027e-25  normal  0.738624 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0877  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35.77 
 
 		 180 aa  67  0.0000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000011507  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12810  LPS transport protein LptA  31.65 
 
 		 184 aa  67.4  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5033  hypothetical protein  29.49 
 
 		 175 aa  66.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0234887  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0396  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.88 
 
 		 170 aa  65.5  0.0000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.110787  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57920  hypothetical protein  31.14 
 
 		 175 aa  65.1  0.0000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0974  OstA-like protein  28.92 
 
 		 180 aa  64.3  0.0000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0956  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  29.81 
 
 		 183 aa  63.9  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226208 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2713  OstA family protein  28.49 
 
 		 188 aa  63.5  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2635  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  32.74 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.317916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3027  hypothetical protein  32.74 
 
 		 182 aa  63.2  0.000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2124  OstA family protein  27.46 
 
 		 175 aa  62  0.000000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0598  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  35 
 
 		 223 aa  60.8  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0397055 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4120  hypothetical protein  32.5 
 
 		 223 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0760  hypothetical protein  30.34 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.879513  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1205  cell envelope biogenesis protein YhbN  30.34 
 
 		 171 aa  58.5  0.00000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0488  OstA-like protein  31.01 
 
 		 221 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.298829  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1281  OstA-like protein  32.17 
 
 		 169 aa  57.4  0.0000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000052201 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2606  OstA family protein  27.95 
 
 		 161 aa  57.8  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.664042 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0328  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  31.78 
 
 		 225 aa  57.4  0.0000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.331017  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2974  OstA family protein  30.43 
 
 		 169 aa  57.8  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000275423  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0767  OstA-like family protein  30.77 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2168  lipopolysaccharide transport periplasmic protein LptA  26.74 
 
 		 182 aa  56.2  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0074  hypothetical protein  30.77 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1516  hypothetical protein  30.77 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0583  hypothetical protein  30.77 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0599  hypothetical protein  30.77 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2944  hypothetical protein  30.77 
 
 		 221 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0743  hypothetical protein  27.82 
 
 		 177 aa  55.5  0.0000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0171086  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>